В конце сентября Штельцера захотел видеть гофмаршал императорского двора Дюрок: «После многочисленных любезностей он (Дюрок. -
Штельцер оказался для французов прекрасной находкой - его включили в состав созданного оккупационной властью городского муниципалитета, численность которого составляла 65 человек. Кого-то туда заставили войти под страхом наказания (в основном купцов), иных же, преимущественно московских иностранцев, упрашивать не пришлось. Штельцера назначили в отдел, занимавшийся в муниципалитете «общей безопасностью, спокойствием и правосудием». Позднее профессору пришлось оправдываться перед следствием - откуда взялась его подпись на четырех протоколах заседаний муниципалитета, если, как он пишет, он «нес бремя не на заседаниях». И с какой стати маршал Ней выделил охрану из пятнадцати человек семье Штельцера, перебравшейся из
Богородска в Москву, ведь все нормальные люди двигались в это время в обратном направлении. В ответ на это Штельцер отвечал, что его волновали в эти дни только безопасность университетского имущества и собственной семьи. Штельцеру не поверили, в июле 1815 года Сенат приговорил его к лишению чина и высылке. Из Москвы ему пришлось уехать, но недалеко - в 1816 году профессор стал ректором Дерптского университета.
Но подавляющее число студентов и преподавателей университета повели себя совершенно по-иному: записывались в народное ополчение, жертвовали личные средства на борьбу с оккупантами. Университетские врачи участвовали в Бородинском сражении, работали в полковых госпиталях. За недостатком подвод и лошадей пришлось бросить немалую часть имущества университета в Москве, а не успевшие ранее выехать профессора были вынуждены покидать Москву пешком. Выделенная университету французская охрана уже в тот же день перепилась и не спасла его от мародеров и пожара, организованного Ростопчиным. Графу помог ветер, порывы которого были таковы, что превратили Москву в огромную огненную воронку. Ни до, ни после москвичи подобного смерча не припоминали. Достаточно было нескольких принесенным ветром головешек, чтобы крыша университета запылала. Музейные коллекции и лаборатории, библиотека в 20 тысяч томов - все это сгорело в начавшемся в ночь 3 сентября пожаре. Бушевал он почти неделю. Из редких книг библиотеки осталось чуть более шестидесяти изданий и древних рукописей - все, что успели вывезти в августе. Уникальное свидетельство о том, что творилось в университете при французах, оставил Федор Васильевич Беккер (1804-1881) - не генерал и не чиновник, а убеленный сединами скромный доктор, ребенком переживший французскую оккупацию Москвы. Семья его принадлежала к многочисленной колонии московских немцев и проживала в Москве в Бронной слободе. Судя по тому, что свои воспоминания он написал в 1870 году, то есть почти через шестьдесятлет после описываемых событий, памятью Беккер обладал отменной.
Выпускник медицинского факультета Московского университета 1828 года, с 1831 года начал он свою врачебную практику, которой приобрел «безбедное состояние, а в сравнении с детством и молодостью - даже весьма хорошее».