Беккер пишет о скитаниях своего отца по горевшей Москве: «Везде шел без остановки, как вдруг на углу Старого университета, который уже сгорел, его остановили два француза: один верхом - гусар, а другой пеший, имевший в руке толстую восковую церковную свечу. Гусар стал ему кричать: “панталон, панталон”. Отец мой отговаривался по-немецки, что не знает, где их взять, чего тот не понимал или не хотел понимать, а пеший стоял и не пускал его. Уловивши, как ему казалось, удобный момент, отец хотел бежать, но в эту минуту пеший ударил его свечою по голове, так что он упал. Тогда солдат его втолкнул в подвальный этаж университета, где еще тлели и дымились остатки строения. От падения отец пришел в себя и выскочил в противуположную сторону на двор. Увидевши это, гусар заехал кругом и хотел воспрепятствовать ему вылезть. Но отец, увидавши на дворе солдат, начал кричать о помощи. К счастью, то случились немцы, виртембергцы. Они подскочили, отогнали гусара, взяли к себе отца, растерли вином шишку, которая у него вскочила на голове, дали выпить немного вина и отпустили».
Именно в упомянутом Беккером подвале и были собраны материальные ценности, которые не успели вывезти во время эвакуации.
Итак, огонь не пощадил здание университета на Моховой улице. Когда в 1813 году обсуждался вопрос о возвращении университета в Москву, было неясно, где же проводить занятия. Заключили договор о найме зданий, принадлежавших купцу А.Т. Заикину, рядом с университетом (Долгоруковский пер., 5). Здесь и разместился университет и работал до 1818 года, когда открылся главный его корпус.
Уже 11 июля 1813 года состоялось первое заседание профессоров, на котором решено было обратиться с открытым воззванием к обществу с просьбой делать пожертвования и дары университету для восстановления его научного фонда.
К 1826 году университет вновь обладал библиотекой в 30 тысяч томов, гербарием из 21 тысячи растений, ботаническим садом, химическим и анатомическим кабинетами. Общая сумма пожертвований на восстановление университета превышала один миллион рублей.
Восстановление главного корпуса началось с 1816 года по проекту архитектора Дементия (Доменико) Жилярди, сохранившего прежние масштабы здания, но изменившего его фасад в стиле ампир. Портик стал дорическим с широким фронтоном, завершенным большим, нежели ранее, куполом. Зодчий намеревался сократить число колонн до четырех, но в итоге их количество осталось прежним. Внешний вид здания приобрел значительную строгость и лаконичность. По цоколю расположились необычные львиные маски, числом сто одиннадцать. В то же время старые мелкие детали оформления стены Жилярди убрал, желая таким образом подчеркнуть ее протяженность. Помогал ему архитектор Дормидонт Григорьев, исполнявший должность университетского архитектора в 1819-1832 годах и спроектировавший ряд учебных корпусов.
Жилярди задумал поместить на фасад университета барельеф с изображениями девяти муз науки и искусства, согласно древнегреческой мифологии родившихся от бога Зевса и богини Мнемозины. Перечислим этих красавиц: Клио - муза истории, Талия - муза комедии, Эрато -муза лирической поэзии, Евтерпа - муза музыки, Полигимния - муза пения, Каллиопа - муза эпической поэзии, Терпсихора - муза танца, Урания - муза астрономии и Мельпомена - муза трагедии. В основу был положен барельеф с римского саркофага II века, подлинник которого находится в парижском Лувре (копия - в Музее изобразительных искусств имени Пушкина). Эскиз будущего барельефа Жилярди нарисовал лично, аза воплощением обратился к скульптору Гавриилу Замараеву, о чем позднее писал: «Академии художник Таврило Замараев припоставил на главном университетском корпусе барельеф по усмотрению моему и по показанию прибавил к оному несколько фигур не означенных в показанном ему рисунке, которые служат гораздо к большему украшению того барельефа». Кого же добавил Замараев и почему? Дело в том, что барельеф должен был делиться колоннадой на три части, вот скульптор и поместил по три музы в каждом пролете, а дабы не нарушить общей композиционной связи, придумал новых персонажей скульптурной композиции: двух амурчиков и одного крылатого гения с книгой в руках. Так и получилась композиция «Торжество наук и искусств».
Скульптору Замараеву помогал в создании барельефа лепщик Иван Емельянов. Они же вдвоем исполнили для фронтона герб с двуглавым орлом в обрамлении лавровых венков с научными инструментами и львиные маски. Интерьер актового зала университета украсился барельефами и росписью, выполненной С.И. Ульделли.