Как и было задумано Шуваловым и Ломоносовым, библиотека стала первой публичной в России: «Московского Императорского Университета библиотека, состоящая из знатного числа книг почти на всех европейских языках в удовольствие любителям наук и охотников до чтения книг, имеет быть отворена завтрашнего дня и впредь во всякую среду и субботу от двух до пяти пополудни», - извещали «Московские ведомости» в 1756 году.
Попробуйте сегодня зайти в любую библиотеку и попросить кустоса. На вас посмотрят удивленными глазами, ибо это не кто иной, как хранитель книг. Тогда эту должность обычно исправлял студент, а над ним сидел суббиблиотекариус и обербиблиотекариус (директор, значит). Всего три человека обслуживали читателей в XVIII веке. Первым обербиблиотекариусом назначили Хераскова, управлявшего еще и типографией университета, ставшей поначалу основным источником для пополнения библиотеки. Одним из первых в университетской типографии отпечатали собрание сочинений Ломоносова, представляющее на сегодняшний день исключительную историческую ценность.
Для развития типографского дела в университете немало сделал Николай Новиков. В апреле 1779 года он по контракту арендовал на десять лет университетскую типографию. Оригинал контракта долгое время не был известен исследователям. Из документа следует, что официально университет имел дело с одним Новиковым, который считался единственным распорядителем предприятия; статьи контракта определяли расположение типографии, словолитной, книжной лавки и магазина, устанавливали количество книг и газет, которые должны выдаваться университету в качестве обязательного экземпляра. Прошло пять лет, и некогда убыточное предприятие превратилось в одну из самых больших по мощности типографий, выпускавшую журналы и книги, общее число названий которых к 1785 году дошло до четырехсот. Благодаря Новикову во многих городах России, в том числе и в Петербурге, стали появляться издания с маркой Московского университета. Способствовали этому и университетские книжные лавки, одна из которых была на Страстном бульваре Москвы.
По университетскому уставу 1803 года устанавливалась ежегодная сумма финансирования библиотеки - полторы тысячи рублей. Комплектование библиотеки осуществлялось следующим образом: в конце года деканы отделений представляли Совету университета список необходимых книг, который с учетом имевшихся средств принимал окончательное решение. Библиотеку в разное время возглавляли ученые и профессора университета: А.А. Тельс, И.Т. Рейхель, Х.А. Чеботарев, И.А. Гейм, Ф.Ф. Рейсс, А.И. Калишевский.
Когда в 1786 году началось строительство здания университета на Моховой, там предусматривалось и помещение под библиотеку, но процесс из-за отсутствия средств затягивался. Вместе с тем фонды книгохранилища росли, и в 1791 году библиотека переехала во флигеля усадьбы князя Репнина на Моховой улице (не сохранились).
В 1793 году библиотека разместилась в правом крыле нового здания университета на третьем этаже, в актовом зале с галереей, и пребывала там до 1812 года, когда была почти вся уничтожена пожаром. Процесс восстановления фондов растянулся на несколько лет. Первым, что купили для библиотеки после пожара, стало весьма символичное издание - географическая карта «Театр войны». Министр народного просвещения А.К. Разумовский предложил для пополнения фондов прислать дублетные экземпляры книг из библиотеки Академии наук. Через «Московские ведомости» университет обратился «ко всем любителям отечественного просвещения» с просьбой «к посильным пожертвованиям книгами, или другим образом, для скорейшего восстановления» библиотеки. Дарители не замедлили откликнуться. Книги прислали из Дерптского и Казанского университетов, от Московского отделения Медико-хирургической академии, помогли и частные лица, в том числе владелец металлургических заводов Никита Демидов, мореплаватели Иван Крузенштерн и Юрий Лисянский. К началу 1815 года количество изданий в библиотеке удалось довести до более чем семи тысяч книг. К тому времени библиотека устроилась во временно отведенном ей помещении отремонтированного анатомического корпуса, что стоял во дворе главного здания.
Прошло более трех десятков лет, и библиотека занимала почти весь этаж крыла старого корпуса, что выходил на Большую Никитскую улицу. Там разместились читальный зал, каталоги, стол с периодическими изданиями, к 1848 году в библиотеке насчитывалась почти 51 тысяча книг и 1000 газет и журналов. С 1863 года библиотека стала называться фундаментальной, а на покупку книг ежегодно выделялось по 6000 рублей.