Самолеты первых производственных серий оснащались пневматической системой антиобледенения «Гудрич», установленной на передних кромках крыльев, киля и горизонтального стабилизатора. Система антиобледенения представляла собой резиновые камеры, куда под давлением импульсами подавался воздух. В результате образовывавшаяся наледь стряхивалась. Но в боевой обстановке антиобледенители часто снимали, так как при повреждении они ощутимо нарушали работу рулей. Вскоре от антиобледенителей отказались вообще. После войны антиобледенители ставили на самолеты В-29, приспособленные для эксплуатации в арктических условиях. Некоторые машины, участвовавшие в войне в Корее, также были оснащены антиобледенителями.
Самолет нес стандартный комплект наружных позиционных огней: красный на левом крыле, зеленый на правом, белый на хвосте. Голубые огни для полетов в строю имелись на верхней стороне обоих крыльев (по три на крыло) и на верхней стороне фюзеляжа (по два). Идентификационные огни стояли на верхней стороне (один белый) и днище (красный. зеленый и янтарный) фюзеляжа. Белый огонь, загоравшийся перед сбросом бомб, служил для предостережения шедших следом самолетов. Этот огонь помешался под обтекателем над кабиной хвостового стрелка.
Самолет нес стандартное навигационное и радиооборудование ВВС США. Для связи с самолетами, землей и между членами экипажа использовались приемопередатчик SCR-274N и SCR-287. измеритель частоты SCR-211. интерком RC-36 и радиофильтр RC-198. В состав навигационного оборудования входили: радиокомпас SCR-269G. радиомаяк RC- 43А. Самолет также оборудовался системой посадки по приборам RC-103. устройством определения «свой-чужой» SCR-695 и аварийным передатчиком SCR-578, установленным в спасательной лодке.
Самолеты В-29 и В-29А оснащались радаром AN/APQ-13. сканирующим поверхность земли. Радар имел убирающуюся антенну, установленную под обтекателем из диэлектрика между бомбовыми отсеками в днище фюзеляжа. Этот радар использовался для навигации и бомбометания с большой высоты. Дополнительно самолет нес устройство AN/APQ-4, служившее для определения географических координат машины.
Бомбардировщики В-29В несли совсем другие типы радаров. Для навигации и бомбометания на этих машинах имелся радар AN/APQ-7 «Игл». Радар оснащался антенной шириной 4,8 м, установленной под днищем фюзеляжа между передним и задним бомбовым отсеком. Радар AN/APQ-7 имел довольно узкое поле зрения, направленное вперед и вниз. Благодаря этому, а также высокой частоте рабочего сигнала, радар отличался очень высокой разрешающей способностью.
Позднее самолеты В-29В оснащались радаром AN/APQ-15B. сопряженный с прицелом хвостовой пулеметной установки. Радар применялся для обнаружения истребителей противника, атакующих из задней полусферы.
Система измерения скорости состояла из двух зондов с трубкой Пито тип G- 2 и ряда отверстий размером 9/32 дюйма(22,9/81,3 см). В отверстиях стояли датчики статического давления. Оба зонда стояли на носу фюзеляжа. Отверстия с датчиками статического давления находились на верхней стороне фюзеляжа, непосредственно рядом с иллюминатором у места штурмана (и симметрично ему с правой стороны).
Стандартно В-29 оборудовался тремя фотокамерами, используемыми во время бомбометания. Камеры стояли в хвостовой части фюзеляжа, между задней и хвостовой гермокабинами. Одна камера смотрела вертикально вниз, две другие – диагонально вбок. Камеры управлялись дистанционно. Обычно применялись камеры К-22, К-18 и К-7С.
Дополнительно некоторые члены экипажа располагали ручными фотокамерами К-20. Одна лента позволяла делать 50 снимков размером 4x5 дюймов (10.16x12,7 см).
Самолет В-29 имел два бомбовых отсека: передний и задний. – разделенные центропланом. Внутри отсеков находились вертикальные стойки с замками для бомб. Кроме бомб разной массы к стойкам можно было крепить дополнительные бензобаки или грузовые контейнеры.
Первоначально самолеты оснащались электрическим приводом створок бомболюков. На подлете к цели включались электромоторы, которые плавно распахивали створки. На открытие створок уходило довольно много времени, что давало возможность противнику сориентироваться в ситуации. Кроме того, открывающиеся створки создавали большое сопротивление воздушному потоку и вызывали ощутимые вибрации. Поэтому было решено заменить электрический механизм пневматическим. Пневматический привод распахивал створки за несколько секунд. Но, с другой стороны, пневматический привод представлял большую опасность на земле, так как резко распахивающиеся створки люка могли причинить стоящему под ними человеку тяжелые травмы. Поэтому повсеместной практикой стало держать створки бомболюков на земле зафиксированными в распахнутом состоянии.
Самолеты В-29 могли брать бомбы следующих типов и массы: