Предписание главного комиссара Балтийского флота И.П. Флеровского председателю Кронштадтского Военно-морского комитета И.А. Загвоздкину об отборе моряков для миноносцев, отправляющихся на Каспий: «Предлагаю вам немедленно озаботиться проверкой команд 4 миноносцев: «Поражающий», «Прыткий», «Разящий», «Ретивый», приготовляющихся к отправке в Каспий. На них должны быть исключительно моряки, сознающие свой долг перед революцией и Советской властью. Шкурников и ненадежных политически удалить. Об исполнении сообщить».
Однако прибывшие на миноносцы «сознательные» линкоровские и крейсерские матросы особенностей механизмов миноносцев не знали, поэтому сразу же начался выход из строя техники. Кроме этого, во время перехода миноносцев на Волгу, чекисты арестовали почти всех находившихся на кораблях офицеров, в т. ч. и командира дивизиона. В результате начались постоянные поломки техники. Ф.Ф. Раскольников писал: «Слишком болезненно дает себя знать отсутствие бывших флотских офицеров, способных командовать флотилией…»
От захвата миноносец, с Троцким и Раскольниковым на борту, спасло лишь то, что, не ожидавшие такого оборота дела белые, не успели вовремя сориентироваться. Впоследствии Л.Д. Троцкий хватался: «Казань попадала в клещи. Наш ночной налет, как выяснилось вскоре через разведку, надломил силу сопротивления белых… Из Казани началось повальное бегство зажиточных слоев».
Одновременно была отбита попытки войск полковника В.О. Каппеля окружить Свияжск, после чего открывалась дорога на Нижний Новгород и далее на Москву. Решающую роль в отражении наступления отряда В.О. Каппеля сыграли матросы десантного отряда Волжской флотилии и прибывшего из Москвы отряда матроса-большевика В.Л. Панюшкина.
Постепенно репрессиями, улучшением организации и воспитательной работы ситуацию в войсках удалось переломить. Красные вначале прекратили отступать, а затем и сами перешли в наступление. Начала и более активно действовать и Волжская флотилия. Вначале при появлении флотилии белых, красные всегда отходили, но затем начали постепенно переходить к более активным действиям. На Волге произошло несколько ожесточенных боев. По мере того, как части Красной армии начали переходить в наступление, продвигалась вперед и флотилия. По мере продвижения по Волге, вооруженные суда обстреливали позиции белых, высаживали десанты, для чего был сформирован матросский отряд под командой бывшего мичмана И. Кожанова.
О тактике, применявшейся противоборствующими сторонами на Волге в 1918 году, лейтенант Г. Мейрер вспоминал так: «Речная война похожа на действия двух бронепоездов, находящихся на том же пути. Уйти от боя можно лишь отступая в одном направлении – на свою базу. Маневрировать в бою можно лишь в пределах ширины реки. Таким образом, и в стратегическом, и в тактическом отношении можно лишь двигаться в двух направлениях: вперед и назад. Так вся кампания и велась – нос к носу с противником. Тактически, где ширина реки позволяла, выстраивались в строй фронта и шли в атаку. Такой боевой порядок уменьшал вероятность попадания, так как построение было по малому диаметру эллипса рассеивания снарядов противника. Меняя скорости, можно было с некоторым успехом уходить из вилки. К счастью, красные не применяли системы завесы при стрельбе с кораблей, но береговые батареи устраивали завесы, и тогда их надо было прорывать на больших ходах и стараться войти в их мертвый угол, то есть жаться к высокому правому берегу. Если бы красные владели левым берегом и имели бы на нем свои батареи, белой флотилии пришлось бы намного труднее. Действия полковника В.О. Каппеля, с которым флотилия координировала свои действия, помогали ее продвижению, так как иначе пришлось бы считаться с установленными на уровне воды кинжальными батареями». 10 сентября, при решающем участии десантов Волжской флотилии, была взята Казань. Сам город белые оставили почти без боя. Первым по пустой Казани по ней с целью устрашения местного населения прошел сводный отряд матросов флотилии под красным флагом. В Москву от Л.Д. Троцкого тогда же ушла телеграмма: «Казань пуста, ни одного монаха, попа, буржуя. Некого и расстрелять. Вынесено всего шесть приговоров». В освобожденной Казани матросы нашли винные склады и перепились. Поэтому Н.Г. Маркин приказал все запасы вина уничтожить.