Вскоре Л.Д. Троцкий начал действовать. «Свежий полк, – вспоминал он впоследствии, – на который мы так рассчитывали, снялся с фронта во главе с комиссаром и командиром, захватил со штыками на перевес пароход и погрузился на него, чтобы отплыть в Нижний. Волна тревоги прошла по фронту. Все стали озираться на реку». В данной ситуации достойно проявил себя Н.Г. Маркин. С двумя десятками преданных матросов на вооруженном пароходе, он взял дезертиров «на испуг» угрозой открытия огня, после чего заставил беглецов причалить к берегу. Л.Д. Троцкий назначил полевой трибунал, который приговорил к расстрелу 21 человека, в том числе комиссара и командира. По другим данным были расстреляны более 40 человек из 2-го Петроградского полка. При этом трупы расстрелянных побросали в воду, после чего для верности матросы «поутюжили» винтами своих катеров- истребителей воду, чтобы трупы нельзя было опознать. Следующим утром жители Свияжска выловили несколько обезображенных тел. Это были погибшие петроградские рабочие – полиграфисты, не обученные даже азам военного дела. Этот случай стал известен как первая децимация Л.Д. Троцкого, которая считаться первым актом официального красного террора. 21 августа 1918 года, – свидетельствует С.И. Аралов, – части белочешских войск и группа Каппеля подошла к Свияжску, в котором находился штаб 5-й армии. Катастрофа казалась неизбежной. Резервов не было. Все вокруг перемешалось… Но вот подошла флотилия, на помощь которой рассчитывал В.И. Ленин. Флотилия открыла огонь по противнику и высадила десант у Свияжского моста. Появление моряков-балтийцев подняло дух защитников штаба 5-й армии… Об этом бое доложили Ленину. Он был очень доволен».
При этом Ф.Ф. Раскольников легко оттеснил в сторону малоавторитетного Бернгардта и обратился за поддержкой к Троцкому. Тот своему любимцу в просьбе не отказал и 23 августа состоялся приказ о назначении Ф.Ф. Раскольникова командующим Волжской военной флотилией. А уже 2 сентября он становится и членом Реввоенсовета Республики. 24 августа уже приказом Раскольникова его бывший соперник Н.Г. Маркин был назначен на малозначащую должность помощника командующего флотилией. Начальником штаба стал недоучившийся студент П.И. Смирнов. Впрочем, вскоре даже Раскольгникову стало ясно, что Смирнов в военно- морских делах полный ноль и на его место был определен прибывший с Балтики мичман В.Н. Варваци. Начальником оперативного отдела штаба стал черноморский матрос С.М. Лепетенко, сыгравший значительную роль в борьбе за уход Черноморского флота из Севастополя в Новороссийск и его там потопление.
Сама флотилия была доформирована и получила новую организацию. Выборные судовые комитеты ликвидировались, на все суда были назначены командиры и политические комиссары. В первые дни своего командования, Раскольников публично расстрелял несколько анархиствующих матросов. Остальная «братва» несколько притихла. 26 августа был издан приказ по флотилии с напоминанием о необходимости поддержания «славной традиции моряков и революционеров». Одновременно с этим, были усилены карательные меры в отношении анархистов.
Н.Г. Маркин, например, ввел ограничение – матрос отныне имел право в увольнении отъезжать не более 10 верст от судна, если же его обнаруживали дальше, то объявляли дезертиром и отдавали под суд. Так, в Нижегородской газете «Гражданская война» № 6 от 20 сентября был опубликован приговор трибунала, рассмотревшего дело матроса П. Афонского, который две ночи подряд уходил со своего судна к сожительнице. С учетом молодости и неопытности обвиняемого, к нему было применено минимальное наказание – исключение из рядов Красной Армии и 5 лет заключения под стражу. 27 августа с Балтики по Мариинской водной системе прибыли эскадренные миноносцы «Ретивый», «Прыткий» и «Прочный». А уже через день Л.Д. Троцкий принял участие в ночном набеге этих миноносцев на казанский берег, закончившийся обстрелом и уничтожением нескольких судов. Эта операция, план которой составил командующий флотилией Ф.Ф. Раскольников, носила явно авантюрный характер и вполне могла стать не только первой, но и последней для будущего вождя Красной Армии. Дело в том, что в какой-то момент миноносец, с Л.Д. Троцким и Ф.Ф. Раскольниковым на борту, потерял управление и был снесен к казанскому берегу. Причиной потери хода стало отсутствие профессионально подготовленных механиков.
Причиной этому явилось то, что, не доверяя матросам оппозиционной большевикам Минной дивизии, комиссар Балтийского флота И.П. Флеровский приказал укомплектовать уходящие на Волгу миноносцы сборными командами с линкоров и крейсеров, которые плохо знали особенности миноносцев.