Командующим Волжской флотилии был назначен бывший офицер Р.М. Бернгардт, а для Ф.Ф. Раскольников была придумана должность командующего охраной и обороной всех водных путей на Волге и Каме. Но Р.М. Бернгардт находился еще в Питере, реально же разрабатывал операции и командовал ими начальник оперативного отдела флотилии бывший капитан 2 ранга Н.Н. Струйский, а все полнота политической власти осталась за Ф.Ф. Раскольниковым, который отодвинул Н.Г. Маркина на второстепенную должность.
Именно Ф.Ф. Раскольников организовывал, провозглашенный большевиками красный террор, в Волжском регионе. Уже 28 июля он доложил Л.Д. Троцкому свои взгляды на организацию красного террора на Восточном фронте: «Все активные белогвардейцы», а также «черносотенные агитаторы (т. е. анархиствующие матросы – В.Ш.), призывающие к свержению советской власти, все содействующие чехословацким и белогвардейским бандам, в чем бы то ни было, а равно все лица, осмелившиеся принять власть временно в том или ином месте, выпавшую из рук Советов, объявляются вне закона и караются смертью без следствия и суда». При этом Ф.Ф. Раскольников оговаривал, что «контрреволюционеры, спекулянты и саботажники, не подходящие под вышеуказанные категории, могут быть подвергнуты лишению жизни не иначе как после самого тщательного расследования… Все начальники отрядов и военные комиссары, позволившие себе произвести расстрел без достаточных оснований, будут привлекаться к ответственности как за уголовное убийство, отягченное должностным преступлением». Таким образом, Раскольников допускал широкое толкование понятия контрреволюционера, что открывало простор для произвола карательным органам.
Впрочем, Ф.Ф. Раскольников все же требовал введения расстрелов в определенные рамки.
Отметим, что идеи Ф.Ф. Раскольникова о применимости террора были сразу же подхвачены В.И. Лениным и всем большевистским руководством. В ответных телеграммах руководителям Восточного фронта Москва настаивала на применении террора и в отношении «партийных товарищей», комиссаров, допускавших измену, а также вообще всех участников антибольшевистских заговоров. Об этом говорилось и в постановлении ЦК РКП(б) от 29 июля 1918 года.
2 августа на заседании Совнаркома, под председательством В.И. Ленина, был заслушан доклад об ассигновании средств Морскому комиссариату на формирование Волжской флотилии. По постановлению правительства, подписанному В.И. Лениным, для этой цели выделялось дополнительно еще 25 млн. рублей. От флотилии требовалось дать Москве и Петрограду хлеб. 4 августа комиссар 2-го отряда флотилии матрос А.В. Бабкин донес Ф.Ф. Раскольникову об удачном рейде по реке Белой от Дюртюлей на Бирск. У деревни Казанцево матросы нашли большие запасы хлеба, которые погрузили на баржу и забрали себе.
Но если хлеб матросы научились реквизировать, то воевать с равным по силам противником пока получалось не очень. Так 4 и 5 августа корабли бывшего Самарского отряда «Лев». «Ольга» и «Братство», встретив в открытом бою корабли Волжской флотилии Самарского Комуча, солдат В.О. Каппеля и чехословаков, не приняв боя, ушли от Казани, а батальон матросов не смог выйти на позиции, так как его личный состав повально страдал от вензаболеваний. Взбешенный Главком Восточного фронта И.И. Вацетис отдал приказ об отдании матросов, командиров и всего личного состава отступивших красных кораблей и матросского батальона моряков под суд.
Из приказа И.И. Вацетиса в августе 1918 года под Казанью: «2-го августа Казанский социалистический батальон моряков получил боевой приказ выступить из Казани на позиции для обороны устья Камы. В ответ на этот приказ представители батальона в лице командира батальона и политического комиссара явились ко мне и заявили решение общего собрания моряков о возможности выступить на позиции лишь по удовлетворении их вперед жалованием на месяц, провизией, боевыми припасами и т. д. Мною было приказано немедленно их всем этим удовлетворить и утром 3-го августа отправить на позиции. Этот приказ не был выполнен. Обнаружилось, что вследствие разгульной жизни в батальоне моряков оказалось много больных венерическими болезнями, неспособных выступить в поход. Батальон моряков, имея по списку около 500 человек, выступил через два дня после назначенного срока в составе около сотни человек. Узнав у дер. Нижний- Услон о бегстве нашей Волжской флотилии, Казанский социалистический батальон моряков присоединился к беглецам, и вместе с последними, покинул Казань, убежав на пароходе вверх по Волге, и никакого участия в боевых действиях под Казанью и на ее подступах не принимал. За неисполнение боевого приказа предается военно-революционному трибуналу командир означенного батальона и политический комиссар. Батальон же за столь позорное поведение расформировывается».