С ноября 1917 года решением высшего политического руководства отряды моряков направлялись на юг страны для подавления вооружённого сопротивления противников Советской власти. Так, по распоряжению Петроградского ВРК 10 ноября 1917 года из Москвы на юг страны отправились отряды в четырёх эшелонах для борьбы с контрреволюцией а 25 ноября 1917 года – на борьбу с оренбургскими белоказаками атамана А.И. Дутова 10 декабря 1917 г. полевой штаб главнокомандующего Петроградским военным округом обратился в Верховную морскую коллегию с просьбой о выделении в распоряжение наркома по борьбе с контрреволюцией на юге страны В.А. Антонова-Овсеенко отряда моряков. В тот же день нарком по морским делам П.Е. Дыбенко приказал выслать для этой цели 120 моряков из Кронштадта.
Для ликвидации антибольшевистских вооруженных выступлений, направленных против Советской власти, вооруженные отряды создавались не только Балтийским флотом, но и другими флотами. В частности, по решению Севастопольского Совета 17 ноября 1917 г. для борьбы с контрреволюцией на Дону Черноморским флотом был создан Черноморский революционный отряд под командованием А.В. Мокроусова, а 22 ноября по решению исполкома Севастопольского Совета отряду были приданы два гидросамолёта До конца декабря отряд вёл активные боевые действия на юге против вооруженного сопротивления противников Советской власти. На Морском заводе в Севастополе для отряда был оборудован блиндированный поезд, вооружённый 4 75-мм орудиями и пулемётами. Командиром поезда назначен бывший артиллерийский кондуктор флота Г.И. Барановский 23 января 1918 года Черноморский революционный отряд в количестве 475 матросов, вооружённый орудиями и пулемётами, под командованием матроса- анархиста А.В. Мокроусова, был подчинен В.А. Антонову-Овсиенко, командовавшему всеми советскими войсками юга России. Вплоть до весны 1918 года отряд вёл бои в Крыму и на юге страны. В начале января в Севастополе был сформирован ещё один отряд черноморских моряков, в который вошло около 300 человек из экипажей линкоров «Воля», «Георгий Победоносец», крейсера «Очаков» и эсминца «Фидониси». Командиром отряда стал матрос-анархист с эсминца «Фидониси» А.В. Полупанов. Вскоре отряд был направлен на борьбу с контрреволюцией на Дон. В пути следования к матросам присоединилась группа красногвардейцев. 19 января 1918 года Севастопольский военно-революционный штаб дал указание ЦК Черноморского флота выделить для отправки на Дон ещё двести матросов из команды линкора «Три Святителя» и сто человек с линкора «Иоанн Златоуст». В тот же день в Черноморском флотском экипаже был сформирован отряд из 500 черноморцев.
Кроме этого, отдельным отрядам матросам поручались важные правительственные и другие важные оперативные задачи. Это были, как правило, охрана правительственных учреждений, арест бывших руководителей русской Армии и флота, а также подавления вооружённого сопротивления в отдельных районах или частях армии. Фактически эти отряды выполняли карательные функции.
Так около 90 моряков, во главе с матросом Н. Кирилловым, были направлены в Вятку в распоряжение местного Совета для укрепления революционного порядка. Часть моряков, из состава Сводного отряда, захватившего Ставку, убыла затем на Украину для борьбы с буржуазными националистами. Формировали и другие отряды матросов для выполнения подобного рода задач. В частности, 3 ноября 1917 года, по предписанию ВРК Эстонского края, в город Везенберг для ареста комиссаров Временного правительства, было направлено 30 матросов с крейсера «Рюрик».
Балтийский флот в период становления Советской власти сформировал большое количество сухопутных отрядов. В их числе был и Сводный отряд балтийских моряков под командованием матроса Н. Яковлева, который был отправлен в Белоруссию, для противостояния германской агрессии и установлению Советской власти. В составе отряда насчитывалось более 300 матросов. Балтийцы усилили состав 3-й колонны 1-го Минского революционного отряда.
8 ноября 1917 года для оказания помощи трудящимся Вологды и Вятки в установлении Советской власти Петроградский ВРК направил отряд из 500 балтийских моряков под командованием Ю.А. Дрылевского. Балтийцы обеспечили доставку в столицу продовольствия и участвовала в установлении власти Советов в Яранске и Елабуге.
В ноябре для выполнения оперативных заданий ВМРК Центробалт выделил 210 моряков с крейсеров «Адмирал Макаров», «Олег», «Рюрик», посыльного судна «Кречет», воздушных станций «Бригитовка» и «Ревель», из Южного района Службы связи Балтийского моря, Ревельского флотского полуэкипажа, 1-го и 2-го отдельных батальонов артиллерии Приморского фронта и 100 моряков из частей Або-Аландской укреплённой позиции. Тогда же для несения пограничной службы на железнодорожной станции Торнео (Торнио) из Гельсингфорса было направлено 40 матросов.