На это событие оказал определенное влияние матросский фактор. Роль здесь играли, прежде всего, общие проявления матросского экстремизма. Так, колчаковский генерал М.К. Дитерихс, занимавшийся расследованием убийства, называет его причиной очерствение народа, вызванного Кронштадтскими, Выборгскими, Севастопольскими и другими событиями, совершёнными «матроснёй и чернью». Некоторые историки правомерно видят связь между событиями 6–7 июля и происшедшим через десять дней убийством царской семьи. Но была и непосредственная причастность моряков к трагичной судьбе царской семьи.
Матросы еще со времени Февральской революции из соображений революционной бдительности очень интересовались судьбой Николая II и его родственников, несмотря на последующую ссылку царской семьи в Тобольск. После Октября, откликаясь на желание матросов, Петроградский ВРК обратился в Совнарком с предложением о переводе Романовых под охрану в Кронштадт, а затем 21 ноября предписал Севастопольскому ВРК арестовать великого князя Николая Николаевича и «других контрреволюционеров», находящихся в Крыму. 30 ноября Совнарком обсуждал вопрос «О переводе Николая II в Кронштадт», но признал перевод преждевременным, стремясь успокоить матросов рядом публикаций, опровергающих слухи о бегстве царя из Тобольска. Причем кадеты, например, считали, что данные слухи «были пущены с определенной целью – дать большевикам возможность спешно провезти в Сибирь несколько отрядов с матросами в целях борьбы с вождями Сибирской республики».
Однако Совнаркому было тогда не под силу прекратить стремление матросов взять царскую семью под контроль. Газеты писали об отправке матросов для того, чтобы стеречь бывшего царя, и обыватель считал, что это пахнет «тем, что Николая укокают, как Духонина».
Большое внимание вопросу ссылки Николая II уделял, например, уже упоминавшийся нами выше Северный летучий отряд мичмана С.Д. Павлова во время экспедиции его на дутовский фронт в конце 1917 года. На Урале во время «чисток буржуазии» матросы задерживали всех мало-мальски подозрительных лиц, имеющих отношение к Тобольску. Таким образом, они, не подозревая об этом, действительно сорвали попытку группы офицеров вывезти бывшего царя. 11 декабря матросы торжественно проводили специально выделенный для Тобольска отряд с комиссаром Я. Запкусом, которому С.Д. Павлов вручил боевое Красное знамя. В этой деятельности Северный летучий отряд опирался на поддержку других моряков, которых в 1917–1918 годах вообще скопилось много на Урале, и которые принимали активное участие во всех происходящих здесь революционных событиях. В начале апреля 1918 года делегированный Центробалтом матрос И.П. Сапожников с группой уральских красногвардейцев отправился в Березов, находившийся по Оби ниже Тобольска, с целью недопущения попытки вывоза царской семьи на английском крейсере. Но отряд Я. Запкуса так и не достиг Тобольска, отряд И.П. Сапожникова и вовсе был арестован в Березове местными властями. Местное население в отношении охраны бывшего царя проявляло сверхбдительность и революционный «имидж» матросов здесь не срабатывал. Тем более что при наследнике присутствовали матросы И.П. Седнев и К.Г. Нагорный (до ареста их 28 мая).
Большую роль в решении судьбы Николая II сыграл матрос-большевик с линкора «Заря свободы» П.Д. Хохряков. П.Д. Хохряков в 1917 году, при участии Я.М. Свердлова, был делегирован в Екатеринбург, стал там начальником Центрального штаба Красной гвардии и членом исполкома совета. В марте 1918 года он с отрядом, основу которого составляли матросы и латыши, отправился в Тобольск для «ликвидации монархического заговора». В начале своей миссии П.Д. Хохряков встретил мощное сопротивление конкурировавших между собой местных советских властей, прибывшего ранее омского отряда, охраны царской семьи во главе с особым комитетом, и не только не был сразу признан и допущен к царю, но – чуть ли не арестован. Ему пришлось пробираться в Тобольск подпольно, совершив фиктивный брак, затем избираться председателем Тобольского совета и только потом он смог решать вопросы, связанные с судьбой царя.