Впрочем, едва П.Д. Хохряков вошел во власть, теперь уже он встретил «в штыки» прибывшего в Тобольск 22 апреля нового претендента на контроль за царской семьей, присланного Москвой комиссара В.В. Яковлева, у которого были самые авторитетные мандаты за подписями В.И. Ленина и Я.М. Свердлова. Более того, П.Д. Хохряков хорошо знал В.В. Яковлева по общему революционному прошлому. В исторической литературе В.В. Яковлева оценивают по-разному. Историк М.А. Елизаров дал ему наиболее верное определение – «гуманный авантюрист». Отметим, что В.В. Яковлев, несмотря на то, что ни дня не служил на флоте, постоянно носил матросскую форму и по фигуре и манере поведения окружающие его принимали за матроса. С Яковлевым в Тобольск прибыл и отряд в сто человек, состоящий из матросов и латышей. Заметим, что В.В. Яковлев выдвинулся в комиссары высокого ранга во многом именно пройдя школу руководства матросскими отрядами во время Октябрьской революции, а также закрепления Советской власти в Петрограде. Неприятие и игнорирование Яковлева является наглядным показателем того, что для П.Д. Хохрякова Екатеринбург и местные власти с их более радикальной позицией были уже намного авторитетнее Москвы. Дело едва не дошло до прямого столкновения с отрядом В.В. Яковлева с целью его ареста, когда обнаружилось, что В.В. Яковлев пытается самочинно вывезти бывшего царя через Омск. В конце-концов, после долгих и трудных согласований, телеграфных переговоров с Екатеринбургом и Москвой, попыток объявления Уралоблсоветом В.В. Яковлева изменником, он доставил Николая II с женой и одной из дочерей в Екатеринбург. Затем, в двадцатых числах мая П.Д. Хохряков с отрядом доставил туда остальных членов царской семьи с окружением. Причем ближайшим помощником П.Д. Хохрякова был матрос Родионов, который, по словам М.К. Дитерихса, был участником убийства Н.Н. Духонина и особенно издевательски относился к царской семье. В Екатеринбурге царская семья, как известно, была помещена в дом Ипатьева, и там начался ее хорошо известный «путь на Голгофу».
История конфликта лжематроса В.В. Яковлева с матросом П.Д. Хохряковым и его сторонниками в Тобольске, носит яркий отпечаток матросской «левой» инициативы с обеих сторон. Историк М.А. Елизаров и считает, что данный конфликт имел самые трагические последствия для семьи Николая II. В этот конфликт были невольно втянуты Председатель ВЦИК, советские власти таких мощных регионов, как Урал и Западная Сибирь. Именно межличностный конфликт лжематроса и матроса накалил отношения между ними, накалил и общую политическую обстановку.
М.А. Елизаров пишет: «Спор за бывшего царя выиграл Уралоблсовет. Главным средством, которое позволило ему это сделать, явилась предельно «левая» позиция, проявление сверхреволюционной бдительности по отношению к монархическим заговорам для освобождения царя. Но заговоры так и не были обнаружены, а необходимость и дальше проявлять крайне левую позицию, быть последовательным в отношении Николая II, для Уралоблсовета осталась. Очевидно, это сыграло немалую роль в принятии решения о казни царской семьи».
Сам же П.Д. Хохряков, как и большинство комиссаров, общавшихся с царской семьей, склонялся к реабилитации Николая II. Во всяком случае, доставив детей бывшего царя со свитой в Екатеринбург и, возможно, почувствовав ожидавший их конец, он потерял интерес к «проблеме царя», и вскоре вернулся к знакомой флотской работе – возглавил флотилию, образовавшуюся в Тюмени на реке Туре. В дни красного террора П.Д. Хохрякову иногда приписывают руководство расстрелом в Перми 4 сентября 1918 года части свиты царской семьи, не попавшей в дом Ипатьева. Но в отношении других родственников царя матросы играли скорее позитивную роль. В частности, так было в Перми (районе Мотовилихи), где началось истребление Романовых с убийства в начале июля 1918 года последнего официального русского царя Михаила. Организовавший убийство Михаила, под видом его побега, председатель Мотовилихинского исполкома Г.И. Мясников писал, что у него были трудности с охраной Михаила из 12 человек «во флотской одежде». Матросы арестовали Михаила еще в Гатчине после «мятежа Керенского- Краснова». Однако затем их основной целью стала… охрана Михаила от возможных самосудов.