Период пребывания царской семьи в доме Ипатьева в Екатеринбурге до ее расстрела также не обошелся без участия матросов. Он достаточно подробно исследован в исторической литературе. Главными непосредственными организаторами убийства Николая II и его семьи были Я.М. Юровский и его ближайшие помощники П. Ермаков (имевший, в частности, опыт совместной с матросами борьбы с «контрреволюцией» в январе 1918 года в районе Нижнего Тагила) и соратник П.Д. Хохрякова матрос-чекист М.А. Медведев (Кудрин). В числе непосредственных организаторов убийства и захоронения царской семьи значится и кронштадтский матрос С. Ваганов. В «расстрельно-похоронной» и охранной командах так же были и другие матросы. Отметим, что в ходе дальнейшей Гражданской войны время от времени объявлялись матросы, которые утверждали, что они участвовали и в расстреле царской семьи. М.А. Елизаров считает, что «большинство таких фактов было, скорее всего, безосновательным хвастовством. Но общая действительная причастность матросов к судьбе царя поддерживала эти слухи и в целом продолжала работать на мессианскую роль матросов в дальнейших событиях». Что касается матроса П.Д. Хохрякова, то он вскоре погиб в бою. Из воспоминаний бывшего командира батальона 1-го Горного полка С.Г. Пичугова: «П.Д. Хохряков увидел со своего командного пункта отходящих красноармейцев-алапаевцев и побежал к ним наперерез. Поднявшись на насыпь железнодорожного полотна, размахивая маузером, он зычно закричал алапаевцам: «Вперед!», пересыпая свои приказания крепкими матросскими выражениями. Вдруг Хохряков, как-то неловко и резко повернулся и, хватая ртом воздух, упал на линию между рельс. Я понял, что он ранен и, громко крикнув по цепи санитара, пополз к Хохрякову. Хохряков лежал вниз лицом, раскинув руки. Я начал его осторожно переворачивать, чтобы стащить с насыпи. Хохряков открыл на миг глаза, вопросительно посмотрел на меня, попытался что-то сказать, но не мог. Он с трудом выдохнул одно слово: «Не надо». Взор его помутился».
Примечателен следующий факт – сын Я.М. Юровского, А.Я. Юровский стал впоследствии контр-адмиралом ВМФ СССР. Будучи, казалось бы, более других заинтересованным «не ворошить» историю с убийством царя, он, по сути, положил начало истории обнаружения останков царской семьи. В беседе с писателем Г. Рябовым у них родилась идея розыска останков после того, как Юровский-младший предоставил режиссеру Г. Рябову записку своего отца, которая и позволила последнему вместе со своим бывшим сослуживцем по МВД определить место захоронения царской семьи и найти ее останки. Таким образом, святое дело розыска останков царской семьи и их последующее перезахоронение с покаянием было выполнено никак не по инициативе непримиримых противников большевиков, что также свидетельствует об объективности причин гибели бывшего царя. Так что представитель ВМФ (хотя и сын главного убийцы) принял непосредственное участие в восстановления памяти в отношении Николая II.
Имели матросы самое непосредственное отношение и к той части семьи Романовых, которая оказалась зимой 1917–1918 года в Крыму. Охрана Романовых (вдовствующая императрица Мария Федоровна, ее дочь и трое великих князей с семьями) была поручена отряду революционных матросов, во главе с матросом Качинского авиаотряда Черноморского флота, комиссаром Севастопольского Совета Ф.Л. Задорожным, который фактически и спас Романовых от расправы местных Советов и бесчинствующих анархистов.
Великая княжна Ксения Александровна (младшая сестра императора Николая II) впоследствии вспоминала, что Задорожный, «верзила в матросской форме», появился в имении Ай-Тодор и объявил, что он назначен представителем власти в данном районе, и всем Романовым, вместе с прислугой, необходимо перебраться из их имений на Южном берегу Крыма в имение Дюльбер, построенное в стиле средневекового замка, т. к. его легче защищать. Возможно, на столь заботливое отношение Задорожного к пленникам повлияло то, что он лично знал по Качинской школе авиации, ее основателя великого князя Александра Михайловича, пользовавшегося большим авторитетом среди черноморцев. Впоследствии сам Александр Михайлович написал: «Моя семья терялась в догадках, по поводу нашего мирного содружества с Задорожным… Великим благом было для нас очутиться под такой стражей. При своих товарищах он обращался с нами жестко, не выдавая истинных чувств…». Более того, Задорожный просил великого князя помогать ему, составлять письменные рапорты в Севастопольский совет о поведении находящихся под арестом великих князей. Вдовствующая императрица Мария Федоровна вспоминала: «Забота о нас Задорожного и желание его охранить нас от жестокости революции приближают нас, людей, к Богу».