Миллер не только побуждал других к самостоятельному изучению Библии, но и сам поступал точно так же. Именно в результате такого рода исследований Библии он пришел к своим потрясающим выводам. Его подход отличался тщательностью и методичностью. Что касается его первых шагов в изучении Библии, то он отмечал, что начал с Книги Бытие и прочитывал строку за строкой,
«не продвигаясь вперед до тех пор, пока смысл того или иного отрывка не раскрывался до такой степени, что уже не оставалось никаких колебаний касательно какого–либо мистицизма или противоречий».
«Когда я сталкивался с какой–то неясностью, — объяснял он, — я обыкновенно сравнивал этот текст со всеми параллельными отрывками; с помощью симфонии Крудена я изучал все библейские тексты, в которых встречались сколь бы то ни было неясные слова. Затем, когда каждое слово обретало свой смысл в предмете текста и когда мой взгляд на этот текст приходил в соответствие со всеми параллельными отрывками в Библии, он переставал вызывать затруднение»
Библейские исследования Миллера были не только интенсивными, но и обширными. В первый раз у него ушло около двух лет почти ежедневных многочасовых исследований на то, чтобы «пройти» Библию от начала до конца. На тот момент он «вполне убедился, что Библия истолковывает сама себя» и что она «представляет собой систему открытых Богом истин, изложенных столь ясно и просто, что „идущие этим путем, даже и неопытные, не заблудятся"» (там же). К 1818 году его исследования привели его к выводам, которые он провозглашал остаток жизни, хотя и продолжал углублять свои библейские познания на протяжении еще десяти лет.
Будучи методичным человеком, который смотрел на Библию как на «пир разума» (там же, с. 12), Миллер разработал хорошо продуманный набор правил толкования Библии. Его правила можно поделить на две группы. Первые пять правил касаются общих принципов толкования Библии в целом, тогда как остальные девять относятся прежде всего к толкованию пророческих писаний.
В центре общих принципов библейского толкования у Миллера была мысль о том, что «писания нужны все» и что в поиске истины нельзя пренебрегать ни одним библейским отрывком. Более того, он был твердо уверен, что Бог обязательно откроет Свою волю тем, кто усердно и с верой изучает Его Слово. Чтобы понять то или иное библейское учение, исследователю необходимо «собрать воедино все писания на тему, которую он желает изучить; затем пусть каждое слово обретет надлежащий смысл, и если он сможет составить свой вывод без противоречия, значит, он наверняка не заблуждается». Отражая реставрационистский менталитет того времени, Миллер считал, что Библия должна «комментировать сама себя». Сопоставляя один отрывок с другим, человек может раскрыть смысл Библии. Таким образом, Библия становится авторитетным источником для человека, тогда как если бы таким авторитетом служили какой–то символ веры или другие люди или их труды, то во главе угла у них был бы этот внешний авторитет, а не учения самой Библии (см.
Миллеровские принципы толкования пророчества основывались на концепциях, изложенных в его общих правилах. Он старался сделать так, чтобы исследователи собирали все имеющиеся библейские учения, касающиеся того или иного пророчества, и сопоставляли их с тем, чтобы толкование этого пророчества проистекало из Библии, а не привносилось в нее извне. Такое же точно сопоставление он рекомендовал и при исследовании символического языка и образов. Далее он предлагал исследователям пророчества сопоставлять события светской истории с их пророческим толкованием, дабы прийти к полному пониманию того, на каком этапе пророческой истории они находятся (там же).