По семейному преданию, корни рода Нащокиных тянутся из европейского Средневековья. Якобы ещё в начале XIV века некий итальянский герцог Величка приехал на Русь служить тверскому князю Александру Михайловичу. От него и пошли Нащокины. Европейская знатность на Руси не котировалась, поэтому потомки герцога думных чинов не достигали и считались худородными. К началу XVII века одна из ветвей разросшегося семейства потомков итальянца, носившая фамилию Ордины-Нащокины, проживала в городке Опочке близ Пскова. Там в 1605-м (а может, и в 1606-м) появился на свет мальчик Афанасий. Жила семья небогато, но отец не поскупился на образование сына. Приходской священник обучил мальчика грамоте, какой-то поляк, осевший в Пскове, преподал азы польского, немецкого и латинского языков. С помощью другого нанятого учителя Афоня освоил начала математики и геометрии.
Службу Афанасий начал в 15 лет, когда отец отвёз его в Псков и записал в тамошний полк. Ордин-Нащокин в продвижении по служебной лестнице не мог опираться, подобно многим другим, на знатность происхождения. Карьеру он делал только благодаря своим личным качествам, уму и образованности.
В начале 1640-х Ордины-Нащокины перебрались в Москву, и вскоре Афанасий Лаврентьевич получил первое серьёзное поручение. В 1642 году его направили на русско-шведскую границу для утрясания вопросов спорных территорий близ рек Меузице и Пижвы. Ордин-Нащокин удивил начальство глубоким погружением в суть проблемы. Он изучил в местных архивах писцовые книги, опросил окрестных жителей и убедил шведов вернуть захваченные ими покосные луга.
После такого дипломатического успеха Ордина-Нащокина перекинули на южные рубежи – в Молдавию, чтобы выяснить, не готовится ли антироссийский союз Турции и Польши. В октябре 1642 года Афанасий Лаврентьевич с тремя помощниками прибыл в Яссы, где развернул настоящую шпионскую сеть. Из столицы Молдавии он узнавал, о чём спорили на польско-литовском сейме и что шептали визири султану в Константинополе. Через полгода наблюдений он посоветовал Москве отправить к султану посольство и дал возглавлявшему его Ивану Милославскому подробные инструкции. В результате замысел антироссийского союза был сорван, Москва обезопасила южные границы от крымских набегов и смогла сосредоточить усилия для противостояния с Польшей. Навыки дипломатического анализа пригодились Ордину-Нащокину и в 1644 году, когда он предсказал невозможность в ближайшее время польско-датского союза против России.
Карьерный рост споткнулся в 1645 году, после смерти царя Михаила Фёдоровича. При дворе Алексея Михайловича Ордин-Нащокин поначалу не нашёл для себя достойного места и уехал в своё псковское имение. Там его застала весть о хлебных бунтах неурожайного 1650 года. Афанасий Лаврентьевич направил в Москву два проекта подавления этих волнений. Документы были по достоинству оценены, и Ордина-Нащокина вернули в столицу.
В середине 1650-х годов Афанасия Лаврентьевича назначили воеводой в Друю, городок неподалёку от шведских владений в Прибалтике. Новый воевода развернул бурную деятельность, в первую очередь дипломатическую. После затеянных им переговоров шведские войска покинули окрестности Друи, в которых хозяйничали уже несколько лет, а жители Риги начали подумывать о преимуществах русского подданства. Из Друи неслись сообщения не только в Москву. Ордин-Нащокин вёл переписку с курляндским правительством, с иностранными послами в Варшаве, принимал у себя австрийского посла. В конце концов ему удалось войти в доверие к герцогу курляндскому Иакову, и 9 сентября 1656 года Курляндия подписала договор о дружбе и союзе с Москвой, став фактически русским протекторатом.
В 1656 году началась война со Швецией. Ордин-Нащокин понимал, как необходимы России выход к Балтике и порты на побережье. Его назначили воеводой города Кокнесе, и он получил в управление всю завоёванную русскими войсками территорию Лифляндии. Ордин-Нащокин считал главным стратегическим противником России Швецию и уговаривал царя замириться с Польшей и объединиться с нею против общего северного противника. Шведские дипломаты с тревогой писали в Стокгольм о планах «русского Ришелье», как они его называли.
Момент казался удачным: против Швеции сложилась коалиция из Речи Посполитой, Германской империи, Дании и Бранденбурга. Ордин-Нащокин убеждал Алексея Михайловича присоединиться к этому союзу. Однако царю Речь Посполитая представлялась не союзником, а противником в борьбе за Украину. Пожаловав Ордину-Нащокину чин думного дворянина, государь поручил ему начать секретные переговоры и «у шведов выговорить в нашу сторону в Канцах (Ниеншанц) и под Ругодивом (Нарва) корабельные пристани и от тех пристаней для проезда к Кореле на реке Неве город Орешек, да на реке Двине город Кукуйнос, что теперь Царевичев-Дмитриев, и иные места, которые пристойны».