Другой член общества, Джон Рэй, участвовал в придании современной формы науке ботаники. Он был сыном кузнеца, но пробился в Кембридж, стал стипендиатом Тринити-колледжа и был рукоположен в сан англиканского священника. Как и Бойль, он посвятил себя не только науке, но и религии. Из-за того, что он не подписал Акт о единообразии (1662), обязывающий не оказывать сопротивления Карлу II, он отказался от стипендии и вместе со своим учеником Фрэнсисом Уиллуби отправился в путешествие по Европе, чтобы собрать данные для систематического описания животного и растительного царств. Уиллугби взялся за зоологию, но умер, не успев закончить разделы о птицах и рыбах. В 1670 году Рей выпустил Catalogus Plantarum Angliae, который стал основой английской ботаники. С помощью усовершенствованной терминологии и классификации, созданной в 1678 году Иоахимом Юнгиусом, Рей предложил Methodus Plantarum Nova (1682), который разделил все цветковые растения на двудольные и однодольные в зависимости от наличия у них двух семядольных листьев или только одного. Он завершил свою великую задачу в одном из шедевров современной науки — массивной трехтомной «Истории растений» (Historia Generalis Plantarum, 1682–1704), в которой описано 18 625 видов растений. Рей был первым, кто использовал слово «вид» в его биологическом смысле, как группу организмов, произошедших от сходных родителей и способных воспроизводить себе подобных. Это определение, а также более поздняя классификация Линнея (1751) положили начало спорам о происхождении и изменчивости видов. Тем временем Рэй отредактировал рукописи Виллугби по ихтиологии и орнитологии и добавил к ним Synopsis Methodica Animalium Quadrupedum (1693), обеспечив современную зоологию первой действительно научной классификацией животных. 58 Порядок был первым законом Рэя.
Еще в древности ботаники признавали, что некоторые растения можно назвать женскими, потому что они приносят плоды, а другие — мужскими, потому что не приносят, а Теофраст в третьем веке до нашей эры заметил, что женская финиковая пальма приносит плоды только в том случае, если над ней стряхнуть пыль с мужской финиковой пальмы; но эти идеи были почти забыты. В 1682 году Нехемия Грю, член Королевского общества, придал новое очарование цветам, однозначно подтвердив сексуальность растений. Изучая растительные ткани под микроскопом, он отметил поры на верхней поверхности листьев и предположил, что листья являются органами дыхания. Цветы он описал как органы размножения: пестики — женские, тычинки — мужские, пыльца — семенная. Он ошибочно полагал, что все растения — гермафродиты, объединяющие мужские и женские структуры в одном организме. В 1691 году Рудольф Камерариус, профессор ботаники из Тюбингена, определенно доказал сексуальность растений, показав, что они не приносят плодов после удаления пыльников — пыльцесодержащей части тычинок.
В тот же день (7 декабря 1671 года), когда Лондонское королевское общество получило первое сочинение Грю (The Anatomy of Vegetables Begun), оно также получило рукопись от Марчелло Мальпиги из Болоньи. Общество опубликовало ее (1675) под названием Anatomes Plantarum Idea; использование латыни все еще способствовало международному развитию науки. Мальпиги разделил с Грю честь создания гистологии растений, но его основной вклад был сделан в зоологию. В 1676 году Мариотт, проведя химический анализ остатков растений и почвы, в которой они росли, показал, что они поглощают питательные элементы в воде, которую всасывают из земли. Ни Мариотт, ни Грю, ни Мальпиги не признавали способность растений получать питание из воздуха, но открытые процессы питания и размножения были огромным прогрессом по сравнению с туманным объяснением Аристотеля, объяснявшего рост растений экспансивными амбициями «растительной души».
Старое и популярное представление получило в 1668 году первое из нескольких потрясений, когда Франческо Реди из Ареццо опубликовал свои «Esperienze intorno alia generazione degli insetti-experiments», опровергающие абиогенез, или спонтанное порождение живых организмов из неживой материи. До второй половины XVII века почти все верили (Уильям Гарвей был выдающимся исключением), что мельчайшие животные и растения могут зарождаться в грязи или слизи, и особенно в разлагающейся плоти; так, Шекспир говорил о том, что «солнце разводит личинок в мертвых собаках». 59 Реди показал, что личинки не образуются на мясе, защищенном от насекомых, но образуются на открытом мясе. Свой вывод он сформулировал в фразе Omne vivum ex ovo — «Все живое происходит из яйца или семени». Когда были открыты простейшие, аргумент в пользу абиогенеза был возрожден; Спалланцани ответил на него в 1767 году, а Пастер — в 1861-м.