Он начал с переделки Пруссии и Австрии. Талейран, которого он вызвал в Вену, чтобы изложить императорскую волю дипломатическим языком, посоветовал ему предоставить Австрии умеренные условия при условии подписания с Францией союза, который мог бы положить конец связи английских субсидий с австрийской политикой и дать Франции некоторую поддержку, пусть даже географическую, в конфликте с Пруссией и Россией. Наполеон, подозревая непрочность союзов, думал скорее ослабить Австрию, чтобы она не могла снова бросить вызов Франции, и отвоевать Пруссию у России легким миром. Тем временем он позволил Александру увести оставшихся в живых русских в Россию без преследования.
По договору, подписанному в кабинете Марии Терезии в австрийском королевском дворце Шёнбрунн (5 декабря 1805 года), Наполеон требовал от Пруссии распустить армию, уступить Баварии маркграфство Ансбах, а Франции — княжество Невшатель и принять обязательный союз с завоевателем. Фридрих Вильгельм III рассчитывал получить взамен провинцию Ганновер, которую Наполеон с радостью пообещал ему в качестве сдерживающего фактора для любых проанглийских настроений в Пруссии.
Прессбургский договор с Австрией (заключенный в отсутствие Наполеона, 26 декабря 1805 года) был безжалостным. Австрия начала военные действия с вторжения в Баварию; теперь она должна была отдать Баварии, Бадену и Вюртембергу все свои земли в Тироле, Форарльберге и на юге Германии. Таким образом, Бавария и Вюртемберг стали королевствами, а Баден — великим герцогством в союзе с Францией. Чтобы возместить Франции затраты людей, денег и материальных средств на войну, Австрия передала под французский протекторат все свои владения в Италии, включая Венецию и ее внутренние районы, и согласилась выплатить Франции репарации в размере сорока миллионов франков, часть из которых, как с радостью узнал Наполеон, недавно прибыла из Англии.20 Кроме того, он приказал своим знатокам искусства прислать в Париж несколько избранных картин и статуй из австрийских дворцов и галерей. Всю эту дань землей, деньгами и искусством победитель, на свой римский манер, считал законными военными трофеями. Наконец, он приказал воздвигнуть на Вандомской площади в Париже триумфальную колонну, покрытую металлом, взятым из вражеских пушек, захваченных при Аустерлице.
Талейран подписал эти договоры, но, разочарованный тем, что его советы были отвергнуты, он начал использовать свое влияние — не всегда по эту сторону измены — против дальнейшего расширения власти Наполеона. Позже он оправдывался тем, что послужил Франции, оказав услугу своему нанимателю, но он заставил их обоих заплатить.
15 декабря 1805 года Наполеон покинул Вену и присоединился к Жозефине в Мюнхене. Там они помогали в бракосочетании Эжена (который был назначен вице-королем Италии) с принцессой Августой, старшей дочерью короля Баварии. Перед свадьбой Наполеон официально усыновил Эжена как своего сына и пообещал ему корону Италии в качестве наследства. Это был брак по политическим соображениям, чтобы скрепить союз Баварии с Францией; но Августа полюбила своего мужа и помогла спасти его после падения приемного отца.
Император и императрица отправились в Париж, где его встретили с такими официальными торжествами и всеобщим одобрением, что госпожа де Ремюзат задалась вопросом, «возможно ли, чтобы человеческая голова не вскружилась от такого избытка похвал».21 Факты помогли ему отрезвиться. Он обнаружил, что за время его отсутствия бесхозяйственность довела казначейство почти до банкротства; на помощь пришла австрийская компенсация. Ему все еще приходилось бороться с покушениями на свою жизнь: 20 февраля 1806 года он получил от Чарльза Джеймса Фокса, тогдашнего премьер-министра Англии, сообщение о том, что ему следует быть начеку, поскольку потенциальный убийца предложил убить Наполеона за разумную сумму.22 Фокс приказал держать этого человека под стражей, но, вероятно, были и другие подобные патриоты, которым можно было заплатить. Поскольку Англия в то время находилась в состоянии войны с Францией, поступок премьер-министра соответствовал как христианскому, так и рыцарскому кодексу. На фоне индивидуальных и коллективных убийств Франция 1 января 1806 года вернулась к христианскому григорианскому календарю.