Когда сообщение об этой вспышке достигло Наполеона в Байонне (5 мая), он вызвал к себе Карла и Фердинанда и в одном из своих расчетливых гневов осудил их за то, что они по своей некомпетентности позволили Испании впасть в беспорядок, который сделал ее опасно ненадежным союзником Франции. Отец и мать осыпали сына упреками и оскорблениями, обвиняя его в том, что он задумал отцеубийство. Наполеон дал испуганному юноше время до одиннадцати часов вечера, чтобы отречься от престола; если он откажется, его передадут родителям для заключения в тюрьму и суда за измену. Фердинанд уступил и вернул корону своему отцу. Карл, жаждавший скорее безопасности и мира, чем власти, предложил скипетр Наполеону, который предложил его своему брату Людовику, который отказался, затем Жерому, который посчитал, что не совсем подходит для столь опасного поста, и, наконец, Жозефу, которому фактически было приказано принять его. Карл, Мария Луиза и Годой были отправлены жить в Марселе под охраной. Фердинанда и его брата успокаивали обильными доходами, а Талейрану было поручено разместить их с комфортом и безопасностью в своем замке в Валенсе. Затем, чувствуя, что заключил выгодную сделку, Наполеон неторопливо поехал обратно в Париж, на каждом шагу прославляемый как непобедимый хозяин Европы.
Мюрат, надеявшийся стать королем Испании, с негодованием отправился заменять Иосифа на посту короля Неаполя. После остановки в Байонне Иосиф въехал в Мадрид 10 июня 1808 года. Он привык к Неаполю, и вскоре в суровой и благочестивой Испании ему стало не хватать той радости жизни, которая в Италии смягчала общую горючесть южноитальянской души. Он привез в Испанию полулиберальную конституцию, наспех придуманную Наполеоном, предложив многое из Кодекса Наполеона, но (как настаивал Карл IV) признав католицизм единственной законной религией в Испании. Жозеф изо всех сил старался быть популярным правителем, и многие испанские либералы поддержали его; но дворянство держалось в стороне, духовенство осуждало его как тайного вольнодумца, а население было потрясено тем, что Наполеон заменил их благословленную церковью династию человеком, который почти ни слова не знал по-испански и совершенно не обладал харизмой времени.
Медленно, а затем быстро недовольство переросло из угрюмых выражений в восстание. Крестьянские отряды возникали в сотне населенных пунктов; они вооружались старым оружием и острыми ножами, которые превратили каждый дом в арсенал, а каждый плащ — в ловушку; они брали на мушку любого француза, который отходил от казармы или отряда. Против французских карабинов испанское духовенство подняло крест; они осудили Жозефа как «лютеранина, масона, еретика» и призвали свою паству к восстанию «во имя Бога, Его Непорочной Матери и Святого Жозефа».20 Народный энтузиазм закипал, приводя к таким ампутациям, кастрациям, распятиям, обезглавливаниям, повешениям и импичментам, которые Гойя изобразил на картине Los Desastres de la Guerra. Испанские армии вновь формировались и присоединялись к восстанию; их объединенные батальоны одолевали разрозненные и недоукомплектованные французские гарнизоны; их лидеры иногда превосходили французских офицеров, которых подводило незнание местности и недостаточная численность, оснащение и подготовка войск. При Байлене (к северо-востоку от Кордовы) 20 июля 1808 года две французские дивизии, ошибочно полагая, что окружены значительно превосходящими силами, сдались в плен, потерпев одно из самых позорных поражений в истории: 22 800 человек были взяты в плен и интернированы на маленьком острове Кабрера, где сотни из них умерли от голода или болезней. Лишившись своей главной военной опоры, Жозеф и его оставшихся солдат отошли от Мадрида к линии обороны вдоль Эбро, в 170 милях к северо-востоку от столицы.
Тем временем английское правительство, уверенное, что уменьшающиеся силы Жюно в Лиссабоне больше не могут быть подкреплены из Испании, отправило сэра Артура Уэлсли (будущего герцога Веллингтона) с флотом и армией в Португалию. Он высадил своих людей в устье реки Мондего 1 июля 1808 года, и вскоре к ним присоединились отряды португальской пехоты. Жуно, который позволял себе жить в удовольствиях и легкости, вместо того чтобы поддерживать свои войска в форме, вывел свои 13 000 новобранцев из Лиссабона навстречу 19 000 солдат Уэлсли в Вимейро (21 августа 1808 года) и потерпел поражение. Португалия вернулась к союзу с Англией, а французское вторжение на полуостров казалось полной катастрофой.