В июле 1797 года Нельсон — теперь уже контр-адмирал — был послан захватить Санта-Крус, расположенный на одном из Канарских островов. Этот город был сильно укреплен испанцами как стратегически важный для защиты их торговли с Америкой. Он оказал неожиданно сильное сопротивление, чему способствовал бурный прибой, сделавший британские десантные суда почти неуправляемыми; некоторые из них разбились о камни, другие были выведены из строя испанскими пушками; атака провалилась. Сам Нельсон был ранен в правый локоть; руку некомпетентно ампутировали, и Нельсон был отправлен домой восстанавливать силы под присмотром жены.
Его мучила мысль о том, что Адмиралтейство внесет его — с одной рукой и одним глазом — в список постоянных инвалидов. Он умолял о новом поручении. В апреле 1798 года его назначили контр-адмиралом на H.M.S. Vanguard с приказом присоединиться к флоту лорда Сент-Винсента у Гибралтара. 2 мая он получил под командование три линейных корабля и пять фрегатов, с указанием наблюдать за окрестностями Тулона, где Наполеон готовил таинственную экспедицию под прикрытием фортов гавани. 20 мая эскадра Нельсона была так сильно повреждена штормом, что вынуждена была отойти в Гибралтар для ремонта. Когда корабли вернулись на вахту, Нельсон узнал, что французская флотилия под покровом темноты покинула Тулон и отплыла на восток, цель неизвестна. Он пустился в погоню, потратил много времени на поиски ложных следов, у него закончились припасы, и он остановился в Палермо, чтобы пополнить запасы провизии и восстановить свой флот. Это удалось сделать благодаря заступничеству леди Гамильтон перед неаполитанским правительством, которое, будучи в то время в мире с Францией, не решалось допустить нарушения своего нейтралитета.
Его корабли снова в полном порядке, Нельсон повел их на поиски наполеоновского флота. Наконец он нашел его в Абукире, недалеко от Александрии. Теперь он снова рисковал всем. В ночь на 31 июля 1798 года он приказал своим офицерам привести все корабли в готовность к бою на рассвете. «Завтра к этому времени, — сказал он, — я получу пэрство или Вестминстерское аббатство» — могилу героя.13 В бою он, как обычно, проявил себя. Осколок пули попал ему в лоб; в ожидании смерти его спустили на палубу, но рана оказалась поверхностной, и вскоре Нельсон с перевязанной головой снова оказался на палубе и оставался там до полной победы англичан.
Задержав опасного «Маленького капрала», Питт смог сформировать Вторую коалицию с Россией, Турцией, Австрией, Португалией и Неаполем. Неаполитанская королева Мария Каролина, сестра гильотинированной Марии Антуанетты, счастливая видеть свое хаотичное королевство вновь вовлеченным в борьбу на стороне династии Габсбургов и католической церкви, вместе со своим беззаботным королем Фердинандом IV подготовила королевский прием для победоносного, но поврежденного флота Нельсона, который бросил якорь в гавани Неаполя 22 сентября 1798 года. Леди Гамильтон, увидев раненого адмирала, бросилась вперед, чтобы поприветствовать его, и упала в обморок на его руках.14 Она и ее муж отнесли его в свое легатство, Палаццо Сасса, и сделали все для его комфорта. Эмма не пыталась скрыть своего увлечения, и изголодавшийся герой согрелся под ее улыбками и заботой. Ему было сорок, ей — тридцать семь; она уже не была восхитительна, но была рядом и питала британца обожанием, которое стало для него, наряду с битвой, вином жизни. Сэр Уильям, которому сейчас было пятьдесят восемь, испытывавший нехватку средств и поглощенный искусством и политикой, принял ситуацию философски и, возможно, почувствовал облегчение. К весне 1799 года Нельсон оплачивал значительную часть расходов Эммы. Британское адмиралтейство, наградив его высочайшими почестями и солидными суммами и предоставив ему должный отдых, просило его отправиться на помощь другим адмиралам; он оправдывался тем, что для него важнее было остаться и защитить Неаполь от распространяющейся революции.