8 июля 1803 года он присоединился к своим одиннадцати кораблям в Средиземном море у Тулона, в просторной гавани которого Вильнев и его флот находили защиту у орудий фортов. Французский адмирал недавно получил новые приказы от Наполеона: бежать из Тулона, форсировать Гибралтар, плыть в Вест-Индию, присоединиться там к другой французской эскадре и атаковать британские войска, где бы они ни встретились. Пока корабли Нельсона набирали воду в сардинском порту, Вильнев бежал из Тулона (30 марта 1805 года) и полным ходом направился в Америку. Нельсон запоздало преследовал его и 4 июня достиг Барбадоса. Услышав об этом, Вильнев отправился обратно через Атлантику, и заключил союз в Корунне с испанской эскадрой из четырнадцати кораблей под командованием адмирала Федерико де Гравины.
Пересмотренный приказ Наполеона предписывал ему плыть на север, присоединиться к другим французским силам в Бресте и попытаться установить контроль над Ла-Маншем до того, как Нельсон сможет подойти из Вест-Индии. Но корабли Вильнева после Карибского круиза были не в состоянии принять бой. 13 августа он повел свой увеличенный флот на юг, в хорошо оборудованную и укрепленную гавань Кадиса, и начал там восстановление своих кораблей и людей. В конце августа британская эскадра под командованием вице-адмирала Катберта Коллингвуда взяла на себя задачу следить за Вильневом. Нельсон, завершив свою комедию переходов, решил, что ему и его людям тоже нужен ремонт и отдых, и ему было позволено провести несколько недель со своей любовницей в Мертоне. 28 сентября он со своими кораблями присоединился к Коллингвуду у Кадиса и с нетерпением ждал, когда французы выйдут на бой.
Наполеон снова изменил свои инструкции: Вильнев должен был покинуть Кадис, попытаться ускользнуть от британского флота и отправиться сотрудничать с Жозефом Бонапартом в деле установления французского контроля над Неаполем. 19 и 20 октября неохотно согласившийся адмирал вывел свои тридцать три корабля из Кадиса и направился к Гибралтару. 20-го числа Нельсон увидел их и сразу же приказал своим двадцати семи кораблям подготовить палубы к бою. Этой ночью он начал, а на следующее утро закончил письмо леди Гамильтон:
Моя дорогая, любимая Эмма, дорогой друг моей груди, поступил сигнал, что объединенный флот противника выходит из порта. У нас очень слабый ветер, так что у меня нет надежды увидеть их раньше завтрашнего дня. Пусть Бог битв увенчает мои старания успехом, во всяком случае, я позабочусь о том, чтобы мое имя всегда было самым дорогим для вас и Горации, которых я люблю так же сильно, как свою собственную жизнь….. Пусть Бог Всемогущий даст нам успех над этими людьми и позволит нам обрести мир.17
А в своем дневнике в день битвы он написал:
…Пусть Великий Бог… дарует моей стране и Европе в целом великую и славную Победу, и пусть ни один проступок не омрачит ее; и пусть гуманность после победы будет преобладающей чертой британского флота. Что касается меня самого…. я посвящаю свою жизнь Тому, Кто меня создал; и пусть Его благословение озарит мои усилия по верному служению моей стране. Ему я поручаю себя и справедливое дело, которое мне доверено защищать. Аминь. Аминь. Аминь.18