Были и первые, обманчивые успехи. Пьемонт и Тоскана были завоеваны, оккупированы и обложены налогами. Победа короля Фердинанда IV, изгнавшего французов из Рима, была аннулирована французами под командованием Жана-Этьена Шампионне, которые вошли в Рим 15 декабря. Фердинанд и его двор с леди Гамильтон и двадцатью миллионами дукатов отступили в Палермо под защиту флота Нельсона. Шампионне захватил Неаполь и основал Парфенопейскую республику под протекторатом Франции. По мере продолжения войны, когда к русско-австрийско-английским войскам присоединялись новые контингенты, французские войска оказались в меньшинстве 320 000 против 170 000. Французским генералам, несмотря на блестящие операции Массены в Швейцарии, не хватало способности Бонапарта преодолеть численное превосходство с помощью стратегии, тактики и дисциплины. Журдан потерпел поражение при Штокахе (25 марта 1799 года), отступил к Страсбургу и подал в отставку. Шерер потерпел поражение при Маньяно (5 апреля), в беспорядке отступил, потерял почти всю свою армию и передал командование Моро. Затем прибыл настоящий «дьявольский человек» Александр Суворов с восемнадцатью тысячами русских и повел их и несколько австрийских дивизий в жестокую кампанию, отвоевывая у французов одну за другой области, которые Наполеон завоевал в 1796–97 годах; 27 апреля он победоносно вошел в Милан; Моро отступил в Геную; Цизальпинской республике Наполеона пришел ранний конец. Оставшись в Швейцарии в одиночестве со своей небольшой армией, Массена оставил свои завоевания и отошел к Рейну.
С легкостью вернув Ломбардию Австрии, Суворов выступил из Милана навстречу французским войскам, наступавшим из Неаполя и Рима; при Треббии (17–19 июня 1799 года) он так разгромил их, что до Генуи дошли лишь их разрозненные остатки. Парфенопейской республике пришел конец; Фердинанд вновь занял неаполитанский трон и установил режим террора, в ходе которого сотни демократов были преданы смерти. Жубер, поставленный командовать всеми уцелевшими французскими войсками в Италии, повел их против Суворова при Нови (15 августа); он безрассудно подверг себя опасности и был убит в самом начале сражения; французы сражались храбро, но напрасно; двенадцать тысяч из них пали на этом поле; и Франция, узнав об этой кульминационной катастрофе, поняла, что ее с таким трудом завоеванные границы рушатся и что русские Суворова могут скоро оказаться на французской земле. Воображение жителей Эльзаса и Прованса представляло его и его людей как «гигантских варваров», как приливную волну диких славян, нахлынувшую на города и деревушки Франции.
Страна, еще недавно гордившаяся своей мощью и победами, теперь находилась в состоянии смятения и страха, сравнимого с тем, что в 1792 году привело к сентябрьской резне. В Вандее снова вспыхнуло восстание; Бельгия восстала против своих французских владык; сорок пять из восьмидесяти шести департаментов Франции были близки к полному развалу власти и морали. Вооруженная молодежь сражалась с чиновниками, посланными призвать ее в армию; убивали муниципальных служащих и сборщиков налогов; сотни разбойников терроризировали торговцев и путешественников на городских улицах и проселочных дорогах; преступники одолевали жандармов, открывали тюрьмы, выпускали заключенных и пополняли их ряды; каждое поместье, аббатство и дом подвергались разграблению; «Большой террор» 1794 года вернулся. Народ надеялся на защиту со стороны людей, которых он послал в Париж; но Советы сдались Директории, а Директория казалась еще одной узурпировавшей власть олигархией, правящей с помощью подкупа, сутяжничества и силы.
В мае 1799 года некогда бывший аббат Сьес, который десять долгих лет назад вызвал Революцию вопросом «Что такое Третье сословие?» и ответил, что оно является и должно называть себя нацией, был извлечен из своей осторожной безвестности и избран в Директорию; поскольку, будучи составителем конституций, он отождествлялся с законом и порядком. Он согласился служить при условии, что Рюбель уйдет в отставку; Рюбель ушел в отставку, получив утешительное выходное пособие в 100 000 франков.93 18 июня сильное меньшинство якобинцев в обеих законодательных палатах заставило директоров Ларевельера, Трейльяра и Мерлена уступить свои места Луи-Жерому Гойеру, Жану-Франсуа Мулену и Роже Дюко. Фуше стал министром полиции, а Робер Линде — главой казначейства; оба были воскрешены из Комитета общественной безопасности. Вновь открылся Якобинский клуб в Париже, где звучали хвалебные отзывы о Робеспьере и Бабёфе.94