Услышав, что Турция готовит армию для захвата Египта, он решил ответить на вызов, направив тринадцать тысяч своих людей в Сирию. Они отправились в путь 10 февраля 1799 года, захватили Эль-Ариш и пересекли Синайскую пустыню. В письме Наполеона от 27 февраля описаны некоторые аспекты этого испытания: жара, жажда, «солоноватая вода, часто ее вообще не было; мы ели собак, обезьян и верблюдов». К счастью, в Газе, после тяжелого сражения, они обнаружили процветающее сельское хозяйство и сады с несравненными фруктами.
В Яффо (3 марта) они были остановлены обнесенным стеной городом, враждебным населением и цитаделью, которую защищали 2700 мужественных турок. Наполеон послал к ним эмиссара, чтобы предложить условия; они были отвергнуты. 7 марта французские саперы пробили брешь в стене; французские войска ворвались внутрь, перебили сопротивляющееся население и разграбили город. Наполеон послал Эжена де Богарне восстановить порядок; он предложил безопасный выход всем, кто сдастся; войска цитадели, чтобы спасти город от дальнейшего опустошения, сдали оружие и были приведены в качестве пленников к Наполеону. Тот в ужасе вскинул руки. «Что я могу с ними сделать?» — спросил он. Он не мог взять с собой в поход 2700 пленных; его люди должны были сами добывать себе еду и питье. Он не мог выделить достаточно многочисленную охрану, чтобы доставить турок в тюрьму в Каире. Если бы он освободил их, ничто не помешало бы им снова сражаться с французами. Наполеон созвал совет своих офицеров и попросил их высказать свое мнение. Они решили, что лучший выход — убить пленных. Около трехсот человек пощадили; 2441 человек (включая гражданских лиц всех возрастов и обоих полов) были расстреляны или заколоты штыками, чтобы сэкономить боеприпасы.74
Захватчики двинулись в поход и 18 марта достигли сильно укрепленного города Акко. Турецкое сопротивление возглавлял Джеззар-паша, которому помогал Антуан де Фелиппо — однокашник Наполеона по Бриенну. Французы осадили форт, не имея осадной артиллерии, которая была отправлена им морем из Александрии; английская эскадра под командованием сэра Уильяма Сидни Смита захватила эти орудия, доставила их в форт, а затем снабжала гарнизон продовольствием и снаряжением во время осады. 20 мая, после двухмесячных усилий и тяжелых потерь, Наполеон приказал отступить в Египет. «Фелиппо, — скорбел он, — задержал меня перед Акко. Если бы не он, я был бы хозяином ключа к Востоку. Я бы дошел до Константинополя и восстановил бы Восточную империю».75 В 1803 году, не предвидя 1812 года, он сказал госпоже де Ремюзат: «Мое воображение умерло в Акко. Я никогда больше не позволю ему мешать мне».76
Обратный путь вдоль побережья был чередой трагических дней, когда марши между колодцами иногда длились по одиннадцать часов, чтобы найти почти не пригодную для питья воду, которая отравляла организм и едва утоляла жажду. Тяжелая ноша раненых или больных чумой людей замедляла шествие. Наполеон попросил врачей вводить смертельные дозы опиума неизлечимо больным; они отказались, и Наполеон отозвал свое предложение.77 Он приказал перевести всех лошадей на перевозку больных, а своим офицерам показал пример пешего марша.78 14 июня, пройдя триста миль от Акко за двадцать шесть дней, измученная армия триумфально вошла в Каир, выставив семнадцать вражеских знамен и шестнадцать пленных турецких офицеров в доказательство того, что экспедиция увенчалась гордым успехом.
11 июля сто судов перебросили в Абукир армию турок, которым было поручено изгнать французов из Египта. Наполеон двинулся на север со своими лучшими войсками и нанес туркам столь ошеломляющее поражение (25 июля), что многие из них бросились в море, не желая встречаться с наступающей французской кавалерией.
Из английских газет, присланных ему Сиднеем Смитом, Наполеон с изумлением узнал, что Вторая коалиция держав вытеснила французов из Германии и захватила почти всю Италию от Альп до Калабрии.79 Все здание его побед рухнуло в череде катастроф от Рейна и По до Абукира и Акры; и теперь, в унизительном поединке, он обнаружил себя и свои поредевшие легионы запертыми во вражеском тупике, где для их уничтожения потребуется совсем немного времени.