Матери и отцу Матроны нравилось ходить в храм вдвоем, и вот однажды собрались они уже выходить из дому, но Дмитрий Никонов вдруг почувствовал себя нехорошо и предпочел остаться, так что жене его пришлось пойти в церковь одной. Отец девочки принялся с усердием молиться перед домашними образами. В отличие от матери, которая, находясь в церкви, мыслями пребывала дома, волнуясь о занемогшем муже. Как только литургия закончилась, Наталья без промедления вернулась домой, где Матрона, едва мать переступила порог, упрекнула ее, что она не была в храме. Наталья возразила, что она не могла там не быть, ведь только что вернулась оттуда, отстояв службу полностью. Девочка покачала головой: «Вот отец был в храме, а тебя там не было». Матронушке духовное зрение позволило увидеть, что мать ее душой оставалась дома, в храме же пребывала лишь телесно.
Родственницей Матроны было сообщено, что однажды девочка предупредила мать, что сейчас она уйдет и переночует у тетушки, а завтра случится пожар, но та не сгорит. Утром в селе в самом деле вспыхнул пожар, огонь множество домов охватил и уже приближался к дому Матроны, но неожиданно ветер изменил направление. Огонь двинулся на другую сторону деревни, так и не дойдя до дома Никоновых.
Местный помещик Яньков и его дочь Лидия с почтением относились к Матроне. Благочестивая и набожная девица, Лидия всячески благожелательствовала слепой девочке и, любя путешествовать по святым местам России, ездить на богомолье, время от времени брала с собой Матрону. Это позволило ей в отроческом возрасте благодаря своей благодетельнице посетить Киево-Печерскую и Троице-Сергиеву лавры, другие обители в разных российских городах. Согласно преданию, когда Лидия Янькова привезла Матрону в Петербург и повела ее в Андреевский собор в Кронштадте, четырнадцатилетняя Матрона сподобилась встречи с отцом Иоанном Кронштадтским.
Перед самым окончанием службы Матронушка хотела было пройти от входных дверей дальше в храм, однако ей это не удалось из-за скопления народа, стоявшего плотной массой. В это время отец Иоанн что-то почувствовал, вышел на возвышение перед иконостасом и, вытянув руку в сторону дверей, громким голосом попросил прихожан расступиться. Тут же образовалось свободное пространство, и батюшка, увидев на входе в собор рядом с молодой дамой благородной наружности слепую крестьянскую девочку, ласково позвал Матронушку подойти к нему. Когда Лидия Янькова повела ее по узкому проходу к солее, отец Иоанн громко, чтобы все слышали, произнес: «Вот идет моя смена — восьмой столп России!» Считается, что святой праведный предвидел, что в годы, когда Церковь в России будет подвергаться гонениям, особое служение Матроны будет помогать верующим соотечественникам.
Достигнув уже семнадцатилетнего возраста, однажды Матрона, намереваясь идти в храм к службе, задержалась с молитвой возле иконы. Мать ей сказала, что она ведь в церкви помолится, дочь же ей отвечала, что в церкви она, само собой помолится, однако сейчас ей требуется укрепление Господне, чтобы туда идти.
Наталью не удивил Матронин ответ, ей уже было не привыкать, что зачастую в словах дочери не было очевидного смысла, понятного всем окружающим, и что подразумеваемое ею прояснялось спустя некоторое время. Этот день не оказался исключением. Когда закончилось причастие, Матрона двинулась к выходу и в этот момент почувствовала, как до нее дотронулась какая-то женщина. Ноги ее ослабели, и она оказалась на полу. Бросившиеся к ней односельчане подняли и поставили ее на ноги, но ноги больше не держали Матрону. Отнесенная на руках домой, она призналась матери: «Я знала, что та женщина явится и мои ноги отнимутся». На слезный вопрос той, зачем же она в таком случае пошла в церковь, дочь со смирением отвечала, что такова была Господня воля, которой нельзя противиться. С того дня всю оставшуюся жизнь она оставалась «сидячей», не имея возможности передвигаться без помощи со стороны. Даруя же исцеление другим, Матрона не роптала из-за собственного недуга, напротив, как истинная христианская подвижница, она его полагала Божьей милостью и кротко исполняла свое предназначение.
Сколько бы людей ни обращалось к ней со своими недугами телесными и скорбями душевными, Матрона ни одному не отказывала в помощи. В одном селении в нескольких верстах от Себина у взрослого мужчины отнялись ноги. Сердобольными односельчанами ему было предложено: отвезем тебя к Матроне — однако недужный от помощи отказался, заявив, что если она сама себя, обезноженную, исцелить не способна, то как же его на ноги поставит.