Джон Мейер родился в Бруклине, Нью-Йорк, в 1919 году, окончил школу в Нью-Йорке и отказался от продолжения учебы в Дартмутском колледже ради карьеры летчика-истребителя. Впоследствии, после войны, он окончит этот колледж и станет бакалавром искусств по специальности «политическая география». Один из преподавателей колледжа заметит позднее, что он никогда не встречал студента с таким острым и быстрым мышлением, как у Мейера. В ноябре 1939 года был зачислен в Воздушный корпус Соединенных Штатов и стал авиационным кадетом. В июле 1940 года он получил звание второго лейтенанта и «крылышки», т. е. стал пилотом. Летные способности молодого человека были очевидны, и его назначили инструктором. А затем он был направлен в 33-ю истребительную эскадрилью 8-й истребительной группы, летчики которой летали на «Киттихауках» П-40 и базировались на аэродроме Митчел Филд, Нью-Йорк. За несколько дней до того, как Соединенные Штаты вступили во Вторую мировую войну, группа была направлена в Исландию, откуда с началом войны совершала вылеты на прикрытие северных конвоев. В сентябре 1942 года он был возвращен в Штаты и определен во вновь сформированную 352-ю истребительную группу. Получив звание первого лейтенанта, он был назначен командиром 34-й истребительной эскадрильи, вскоре вооруженной первыми «Тандерболтами». В мае 1943 года эскадрилья была переименована в 487-ю истребительную эскадрилью и направлена в Англию. 23 ноября 1943 года 1-й лейтенант Мейер на истребителе «Тандерболт» П-47 одержал первую победу. Летая на «Тандерболте», он довел свой счет до трех побед и, получив звание майора, стал признанным лидером группы. Весной 1944 года эскадрилья была перевооружена на «Мустанги» П-51, и Мейер продолжил победный счет, доведя его до 24 побед в воздухе и 13 неприятельских самолетов, уничтоженных на земле. Среди побед Мейера некоторые американские авторы числят реактивный немецкий самолет.
Носы «Мустангов» его эскадрильи окрашивались в голубые цвета, за что эскадрилья получила название «Голубоносой». Всего он совершил около 200 боевых вылетов, налетав 462 часа. В ноябре 1944 года Мейер был назначен заместителем командира 352-й истребительной группы, ему было присвоено звание подполковника.
За бой, проведенный 8 мая 1944 года, Мейер был награжден первым из трех своих Отличительных крестов за службу. Возглавляя группу из 8 «Мустангов», летчики которых пришли в часть только в предыдущем месяце, он решительно атаковал большую группу неприятельских истребителей, уже готовую к перехвату американских тяжелых бомбардировщиков. Сам контратакованный неприятельскими истребителями, он был вынужден пикированием уйти. Секундами спустя, набирая высоту, Мейер заметил еще одну группу неприятельских истребителей из 15 машин, уже готовую атаковать бомбардировщики. Мейер мгновенно сам устремился в атаку. Ему удалось сбить два неприятельских истребителя и расстроить неприятельский замысел. В том же вылете ему довелось сбить еще один неприятельский истребитель и приземлиться на аэродроме в Бодни (Великобритания) на последних каплях бензина и без единого снаряда в ящиках. За три сбитых Ме-109 и один ФВ-190, уничтоженный 11 ноября 1944 года, Мейер, теперь уже подполковник, был удостоен дубовых листьев к его Серебряной Звезде. Десятью днями позже он получил свой второй Отличительный крест за блестящий бой, который под его руководством восточнее Лейпцига провела эскадрилья из 11 «Мустангов» против более чем 40 немецких истребителей. В этом бою Мейер, неожиданно и скрытно атаковав противника, лично сбил три «Фокке-Вульфа».
Своим третьим Отличительным крестом Мейер был награжден за отражение массированного налета Люфтваффе на аэродром Y-29 в Бельгии 1 января 1945 года. Предусмотрев, что в первый новогодний день фашисты могут совершить крупный налет, он подготовил экипажи к вылету, информировал летчиков, увеличил втрое число дежурных экипажей, благодаря чему удалось своевременно поднять в воздух самолеты и успешно противостоять крупному налету. Сам он, взлетая на виду неприятельских истребителей, пошел во встречную атаку на один из «Фокке-Вульфов» и сбил его, еще не убрав до конца шасси.
«Как правило, я не состязался с вражескими летчиками в маневренности. Я мог совершить один разворот только для того, чтобы осмотреться вокруг, да и то делал это не часто. Слишком это было рискованно. Я больше всего любил атаковать сверху, по возможности стремительно, а затем, обстреляв врага, сразу уходил в сторону и вверх. Таким образом, можно было быстро выйти из-под обстрела и подождать, пока противник сделает свой шаг. Если враг выполнял разворот, он терял скорость, а я оказывался в выгодной позиции, чтобы вернуться и вновь напасть сверху. Хочу отметить, что в те времена многие немецкие пилоты, которых я встречал, уже не отличались особым мастерством. На последнем этапе войны (конец 1944 года) среди них редко попадались настоящие профессионалы», — писал после войны Мейер. Недаром соратники называли Мейера «по-немецки мыслящим», имея в виду манеры ведения боя.