В феврале 1943 года Габрецки вошел в состав 61-й истребительной эскадрильи 56-й истребительной группы, летавшей на П-47 «Тандерболт», и быстро стал ее лидером. Он был признан большинством летчиков как дисциплинированный и внимательный летчик, умеющий принимать верное решение в критической ситуации. Вскоре после того, в мае 1943 года, эскадрилья провела свои первые бои, Габрецки было присвоено звание майора. 9 июня он возглавил 61-ю истребительную эскадрилью. Габрецки чувствовал себя неудобно, поскольку при этом он обошел двух более старых и, как ему тогда казалось, заслуженных летчиков. Однако неудобство исчезло, когда оба эти летчика были потеряны в большом бою 26 июня 1943 года, а тем более когда Габрецки открыл счет, сбив ФВ-190 (24 августа 1943 года) над Дро, во Франции. Его первая победа стала достойным ответом на критику некоторых товарищей, находивших его пилотирование слишком быстрым и резким, что затрудняло возможность удержаться за ним менее отважным, умелым и решительным пилотам.
26 ноября 1943 года 56-й истребительной группе неожиданно было приказано прикрыть четырехмоторные бомбардировщики Б-17, наносившие удар по Бремену. Истребители, среди которых был и Ф. Габрецки, прибыли вовремя, застав 4 десятка бомбардировщиков, ведущих тяжелый оборонительный бой с немецкими истребителями в районе Ольденбурга. В этом бою Габрецки записал на свой счет четвертую и пятую победы и стал асом. Но и смерть напомнила ему о себе 11 декабря, когда 20-мм снаряд прошил мотор его истребителя, заставил его замолчать и разрушил турбонагнетатель. Выйдя из-под атаки немецкого истребителя, Габрецки занял относительно безопасное место внутри группы «Тандерболтов», оторвался от противника и, уменьшив высоту, сумел завести двигатель, когда разрушенный турбонагнетатель был уже не нужен.
В ноябре 1943 года командир 56-й группы полковник Хуберт Земке был на два месяца заменен полковником Робертом Ландри (принятый в Штатах метод контроля командования). По докладам полковника Ландри непосредственная боевая работа в группе велась под командованием его заместителя подполковника Дэвида С. Шиллинга и Габрецки, который действовал как помощник последнего. Когда Земке вернулся к командованию группой 19 февраля 1944 года, Габрецки немедленно был назначен командиром 61-й истребительной эскадрильи.
В феврале Габрецки привел в группу двух польских пилотов, с которыми служил еще в английских RAF. Среди них был Болеслав Майк Гладых, ставший впоследствии асом USAF. С поддержкой Габрецки, интересовавшегося и знавшего польскую истребительную авиацию, его эскадрилья вскоре пополнилась пятью другими опытными польскими летчиками, получив прозвище «Польское звено».
Счет Габрецки неуклонно рос зимой 1943/44 года. 27 марта 1944 года ему была записана 18-я победа при шести боях, когда он одерживал по две победы (что учитывалось истребительным командованием 8-й воздушной армии при ведении результатов «гонки асов»). До 22 мая он одержал еще лишь одну победу, по результативности пропустив вперед двух летчиков — майоров Роберта С. Джонсона и Валкера М. Махурина. Но эти летчики к тому времени были отосланы домой, в Штаты, как вылетавшие свой «боевой лимит».
В апреле 1944 года 56-я группа перебазировалась на аэродром RAF в Бокстеде, и Габрецки получил звание подполковника. Теперь именно ему доверялось командование группой, когда ее командир вызывался в штаб 8-й воздушной армии.
22 мая 1944 года Габрецки сбил три ФВ-190 над аэродромом Люфтваффе на северо-востоке Германии. Как лучший ас на Западноевропейском театре, он преследовал другого американского летчика — Джонсона (превзойдя достижение в 26 побед американского аса Первой мировой войны Эдди Рикенбэйкера) и 5 июля 1944 года с 28 сбитыми неприятельскими машинами стал лучшим асом из американских летчиков, сражавшихся с Люфтваффе.
20 июля 1944 года, в тот самый день, когда ему, как налетавшему 300 боевых часов, полагалось возвращение в Штаты, где ждала его невеста — Кэй Кохран, Габрецки заметил, что эскорт бомбардировщиков для налета на Расселхейм недостаточно «представителен», и решил слетать «еще разок». В этом вылете его «Тандерболт» получил повреждения (по-видимому, от зенитного огня), и Габрецки был вынужден совершить вынужденную посадку на территории, занимаемой немецкими войсками, неподалеку от Бассенхейма. В течение 5 дней ему удалось скрываться, но в конце концов он был схвачен и после долгой беседы с «мастером допроса» Хансом Шарффом, допрашивавшим всех сбитых американских и английских летчиков, помещен в шталаг Люфтваффе 1, где содержались пленные летчики и члены экипажей. Из лагеря Габрецки был освобожден советскими войсками в апреле 1945 года.
Подполковнику Габрецки официально был засчитан USAF 31 уничтоженный самолет противника: 28 сбитых в воздухе (4 Ме-110, 3 Ме-410, 11 Ме-109, 10 ФВ-190) и три сожженных на земле самолета. Во время службы в 56-й истребительной группе он сменил 5 «Тандерболтов» П-47Д, на этом типе он одержал все свои победы.