Став летчиком, ввиду исключительного желания и сил, он занимался инструкторской деятельностью в годы Второй мировой войны, а в 1948–1949 годах пилотировал транспортный самолет Си-47, осуществлявший доставку продуктов, топлива и вооружений в блокированный Берлин. В 1950 году Фернандес переучился на истребителя.
Капитан Мануэль Дж. Фернандес из 334-й эскадрильи 4-го авиакрыла большинство своих боевых вылетов совершил на «Сейбре» F-86F-1-NA 51-2857. Здесь, в Корее — Китае, капитан Фернандес воевал во время своего девятимесячного военного тура с сентября 1952-го по май 1953 года, где совершил 124 боевых вылета. На упомянутом выше самолете нередко летал Джабара в период своего второго тура в Корею. Постоянно самолет был закреплен за другим выдающимся асом корейского неба капитаном Питом Фернандесом. Первую победу капитан Фернандес одержал 4 октября 1952 года, а последние полторы (самый последний самолет был сбит им в паре) — 10 мая 1953 года. Все сбитые им самолеты — истребители МиГ-15бис Горьковского авиазавода. В мае 1953 года Фернандес в негласном соревновании асов обогнал Р. Бейкера, но уступил Д. МакКоннелу. Как летчик Фернандес отличался исключительно точной стрельбой в воздухе, при этом умел учесть не только скорость и ракурс неприятельского самолета, но также его скольжение, а также направление и силу ветра! Не раз, по его собственному признанию, Фернандес устремлялся за уходившими на свои аэродромы противниками и настигал жертву в десятках, а то и в сотне километров от корейско-китайской границы. Соратники Фернандеса отмечали, что победа не являлась для него главным, главное было, чтобы все летчики вернулись на базу.
Большое впечатление на боевого летчика произвел прием, который устроил в США президент Эйзенхауэр: торжественные рауты, в том числе в Белом доме, парады, роскошные балы и банкеты в крупнейших городах страны, словно соревновавшихся друг с другом в размахе и изобилии, могли поколебать кого угодно.
Интересного тогда американской публике Фернандеса пригласили в Голливуд как технического редактора нового художественного фильма «Тигр в небе», посвященного его соратнику МакКоннелу. Впоследствии он работал с известными американскими режиссерами еще на двух или на трех картинах, посвященных корейской войне.
В 1956 году Фернандес на «Сейбре» Ф-100 выиграл престижный Бендекс Трофи — специальный приз за максимальную скорость на участке длиной более 1100 миль, от Лос-Анджелеса до Оклахомы, при минимальном расходе топлива.
Не имевший даже среднего образования, Фернандес не мог получить ответственной и хорошо оплачиваемой работы, хотя был прекрасным летчиком. В последний год своей военной службы он был на инструкторской работе в Аргентине.
В июне 1963 года Фернандес демобилизовался в звании майора.
Жизнь Фернандеса вне армии напоминает сюжет не то детектива, не то шпионского романа. Не имея за спиной колледжа, Фернандес не мог стать в США пилотом пассажирских авиалиний и скрепя сердце уселся за штурвал транспортного самолета. Он пилотировал Си-46, Си-47, ДС-6, ДС-7. Имидж блестящего военного летчика и известность, еще окружавшие Фернандеса, не давали покоя определенного рода деятелям, и в 1965 году Фернандес подписал контракт с ЦРУ на угон военного самолета (предположительно МиГ-17) с Кубы. Данные об этих событиях информаторы Википедии называют до сих пор секретными, но, возможно, при участии Фернандеса машину удалось угнать. На появившиеся деньги он наконец купил дом в районе Майами. В 1972 году он вновь заключил контракт с ЦРУ, где обязывался угнать советский самолет Ан-26, на этот раз из Лимы в Перу. Для подготовки к работе требовались прежде всего особые взаимоотношения с перуанскими офицерами ВВС. По слухам, с заданием Фернандес успешно справился. Не найдя себя в мирной жизни, он занимался сомнительным бизнесом в странах Центральной и Южной Америки. В апреле 1980 года Фернандес был заключен в колумбийскую тюрьму. Испытания эти, прежде всего моральные, продолжались в течение семи недель.
Фернандес погиб 18 октября 1980 года ночью, пытаясь приземлить свой транспортный самолет на Большой Багамский остров одноименного архипелага.
Когда Фернандес погиб, были опубликованы некрологи в «Майами Геральд» и «Нью-Йорк таймс». Он был с почетом похоронен на Арлингтонском национальном кладбище.
Награжден Отличительным крестом за службу (DSC), Серебряной медалью (SM) и Воздушной медалью (AM).
Джордж ДЭВИС (George A. Davis, Jr.) — ас Второй мировой войны и войны в Корее (7 побед во Вторую мировую и 14 побед в Корее), майор USAF.