9 июня произошли крупные воздушные столкновения. Так, в одном из боев участвовало до 60 сирийских истребителей и 90 израильских. Израильские пилоты претендуют на десяток сбитых самолетов противника. Не меньшим видят свой успех и сирийцы.
10 июня израильские колонны продолжили продвижение в центральные районы Ливана. К 11 июня израильские войска вышли на дорогу, соединявшую Бейрут и долину Бекаа. К полудню ООН провозгласила перемирие. Всего за неделю тяжелейших сражений израильские ВВС претендуют на 85 сбитых самолетов противника. 44 израильских пилота, претендующих на победы, летали на Ф-16, а пилоты Ф-15 претендуют на 40 побед. Один сирийский самолет был сбит экипажем «Фантома». Большинство сбитых сирийских самолетов были МиГ-21, претендуют также на несколько сбитых МиГ-23 и Су-22.
Сирийцы признают потерю 32 своих самолетов, из которых 21 был сбит в воздушных боях. Коэффициент достоверности побед израильских летчиков в этом конфликте — несколько менее 0,25.
13 июня окончательно было подписано перемирие.
Иногда эту войну называют «войной вертолетов». Вертолеты понесли тяжелые потери среди летательных аппаратов. Израильтяне признают потерю лишь трех тяжелых транспортных вертолетов.
За время этой войны Израилем были получены новые, самые современные модификации Ф-16 — Си и Д.
Успех ВВС Израиля в кампании 1982 года показал, что страна располагает высокоэффективными ВВС.
Уже в январе 1983 года сирийцы получили в свое распоряжение новые советские «дальнобойные» (до 170 км) зенитно-ракетные комплексы С-200. Кроме того, палестинцы в большом количестве получили ПЗРК.
Израильские самолеты продолжали разведывательные полеты с целью выявления и уничтожения лагерей партизан. 3 марта 1983 года над Южным Ливаном бесследно пропал ударный «Кфир». 20 ноября того же года один из «Кфиров» был поражен ракетой ПЗРК, однако пилоту удалось катапультироваться.
Активности палестинцев была замечена и ООН. С целью недопущения таких акций было решено нанести ряд ракетно-бомбовых ударов силами ВВС США, Франции и других государств. В сентябре — ноябре 1983 года активно использовались палубные «Супер Этендары» ВМФ Франции для уничтожения артиллерийских батарей, а с 4 декабря к акциям подключились палубные штурмовики А-6 и А-7 ВМФ США. Огнем сирийских ЗРК было сбито пять палубных бомбардировщиков А-6Е, три истребителя Ф-14, один «Фантом» и два палубных истребителя «Супер Этендар».
Израильские потери неизвестны, но по крайней мере один разведывательный самолет был сбит расчетом ЗРК С-200 в этот период.
После войны 1982 года основные силы палестинцев переместились в Тунис, который стал основным прибежищем арабских террористов с многих стран Востока. В ответ на взрыв яхты на Кипре, приведшей к гибели трех израильтян, было решено провести силовую акцию. 1 октября 1985 года израильские Ф-15, совершив дальний перелет с несколькими дозаправками в воздухе, уничтожили штаб-квартиру Организации Освобождения Палестины в столице Туниса, при этом бомбами был накрыт и жилой квартал, в котором погибло 73 человека. Миссия заняла пять часов, в ней принимало участие несколько самолетов. Пока ударная группа выполняла атаку, еще несколько истребителей прикрывали их от возможных действий ВВС Туниса. В ответ на этот рейд сирийские самолеты начали разведывательные полеты над Ливаном. 20 ноября 1985 года, по израильским данным, было сбито два МиГ-23 ВВС Сирии.
Израильтяне тоже несли потери: 21 сентября того же года зенитной ракетой был сбит транспортный вертолет «Ирокез». Новые потери принес 1986 год: сначала 18 февраля ракетой ПЗРК был сбит боевой вертолет АН-1, а 16 октября в районе Тира ПЗРК был поражен «Фантом», выполнявший учебный налет.
В 90-е годы продолжалось дальнейшее развитие ВВС Израиля. Этого требовала обстановка на Ближнем Востоке: Саудовская Аравия получала современные «Торнадо» и Ф-15, Сирия — МиГ-29. Израильтяне пошли по пути увеличения количества и качества боевых самолетов: принятием на вооружение новейших модификаций Ф-16 и Ф-15.
2 февраля 1995 года пара израильских вертолетов АН-1 в районе поселка Ятар была атакована ракетами. В результате один вертолет был сбит.
В период войны в районе Персидского залива в январе — феврале 1991 года авиация Израиля не принимала участия в боевых действиях, однако территория Израиля подвергалась обстрелам иракскими ракетами «Эль-Хуссейн», борьба с которыми велась при помощи американских ЗРК «Пэтриот», обслуживаемых американскими расчетами. После окончания боевых действий в Ираке израильские самолеты выполняли разведывательные полеты над территорией Ирака. В составе ВВС Израиля появились новые самолеты. Из боевого состава стали постепенно выводиться А-4 «Скайхок». С 1993 года на вооружение стали поступать вертолеты АН-64 «Апач» и UH-60 «Блэк Хок».