В боях на Курской дуге Скоморохову довелось сбить два Ме-109 лично и один в группе. Одну из личных побед он одержал в критической, смертельно опасной ситуации, когда ему чудом удалось запустить заглохший в воздухе двигатель и расправиться с уже предвкушавшим легкую добычу противником. В конце августа забытому в сержантах летчику было наконец присвоено звание младшего лейтенанта.
Среди тех, кто оказал на него, как на истребителя, наибольшее влияние, Скоморохов всегда называл командира 31-го истребительного авиационного полка Г. Д. Онуфриенко. Отважный воздушный боец, сильный пилот, тактически грамотный и гуманный командир, обаятельный «сталинский сокол», Герой Советского Союза Г. Д. Онуфриенко вызывал восхищение большинства общавшихся с ним людей. В скромном и застенчивом, немного нескладном парне он разглядел будущего аса, воспринял его как равного, по возможности опекал на земле и в воздухе.
В боях над Днепром и в Запорожье Скоморохов продолжил список сбитых им «мессеров» и «Фоккеров», одержал свою тринадцатую победу.
В начале 1944 года из лучших летчиков 295-й истребительной авиационной дивизии была создана «эскадрилья охотников», заместителем командира Н. Краснова был назначен Н. Скоморохов. В эскадрилью вошли такие асы, как В. Кирилюк, О. Смирнов, А. Володин. Эскадрилья базировалась на одном аэродроме с 31-м иап, тесно взаимодействуя в воздухе с его летчиками. За три месяца своего существования эскадрилья уничтожила в воздушных боях несколько десятков самолетов противника, но была расформирована, поскольку полки, давшие туда лучших бойцов, понесли в боях тяжелые потери, и командиры настояли на возвращении своих «орлов». Н. М. Скоморохов был переведен на должность комэска первой эскадрильи в 31-й полк, которым командовал Онуфриенко.
В ходе Яссо-Кишиневской операции старший лейтенант Скоморохов сбил два Ме-109.
В конце 1944 года участвовал в освобождении Румынии и Болгарии. В декабре в небе Югославии его пара во время патрулирования была вызвана в район Апатина, где на виду тысяч бойцов сухопутных войск летчик атаковал группу истребителей-бомбардировщиков и в течение 10 секунд сбил два из них, смешав строй и сорвав бомбометание. За этот бой он был награжден орденом Александра Невского.
Особенно успешными были его бои в Венгрии, где интенсивность воздушных схваток может быть сравнима с напряженностью боев на Кубани, Курской дуге, над Днепром. В декабре 1944 года в бою над Секешфехерваром, в долгой изматывающей дуэли с Ме-109, пилотируемым немецким асом, на высоте более 9000 метров в третьей лобовой атаке он сбил «мессер», его летчик спасся с парашютом и был пленен. Через несколько дней, в первом же боевом вылете на первом в дивизии Ла-7, Н. Скоморохов и его ведомый И. Филиппов, последовательно атаковав три группы «Фокке-Вульфов», сбили 5 из них.
10 апреля, уже в бою над австрийскими Альпами, ас атаковал несколько плотных групп ФВ-190, двух «Фоккеров» Скоморохов «свалил» в первой же атаке в течение секунд: первого — с ходу, второго — резко изменив траекторию полета, снизу. Продолжая атаковать истребителей-бомбардировщиков, летчик сбил еще один самолет. Хотя господство советской авиации в воздухе было безусловным, бои велись исключительно упорные и кровопролитные. Погиб ведомый Скоморохова младший лейтенант Филиппов. Он сам с трудом сумел посадить машину, получившую повреждения от огня зениток и ставшую в конце пробега на попа. Последний «Фоккер» был сбит Скомороховым в районе Вены, в Австрии, в ходе «провозного» полета, когда, продемонстрировав молодым летчикам мастерскую атаку, он провел затем «практическое занятие», выведя новичка на дистанцию эффективного огня.
В своих мемуарах Николай Михайлович вспоминал, как командование 17-й воздушной армии «шефствовало» над ним и над капитаном А. И. Колдуновым, воевавшим в той же воздушной армии. Нередко из штаба армии кто-нибудь выходил на связь со Скомороховым и «делился» с ним: «Колдунов-то уже 30-го завалил, отстаешь, Коля, отстаешь!» С аналогичными посланиями обращались и к Колдунову. Войну эти замечательные летчики окончили, имея одинаковое количество официальных побед.
Майор Скоморохов совершил 605 боевых вылетов, более чем в 130 воздушных боях лично сбил 46 и в группе 8 самолетов противника. Среди личных побед майора Н. М. Скоморохова два Ю-52, два ФВ-189, три Ю-87, 19 Ме-109, 20 ФВ-190. Это подлинный истребитель истребителей: из 46 сбитых им самолетов 39, или почти 85 %, — истребители — рекордный процент среди советских асов.
После войны Скоморохов окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. Командовал авиационными частями и соединениями. Летал на разных типах боевых реактивных самолетов.
В 1949 году Николай Михайлович женился. Брак с Марией Яковлевной оказался крепким и счастливым. Вместе они вырастили дочь Светлану.