Стена также потеряла свое прежнее значение как линия, отделяющая цивилизацию юга от варварства севера. Однако, как и монгольская династия Юань, маньчжуры стремились подчеркнуть определенные расовые различия — между югом и севером от старой преграды — для насаждения своей власти как иностранных завоевателей над покоренными китайцами. Проделали они это двумя способами. Во-первых, путем насилия: император Цяньлун в конце XVIII века систематически подвергал цензуре и уничтожал все письменные источники, и старинные и современные, где критиковались «варвары»; в то же время всех китайцев после 1645 года под страхом смерти вынудили носить маньчжурскую прическу: выбритый лоб и длинная косичка. Во-вторых, путем сегрегации: ради сохранения устрашающего военно-кочевого образа маньчжурских правителей Маньчжурию — географически, исторически и этнически тщательно перемешанную степную и земледельческую территорию — преобразовали в некую этническую прародину мифической кочевнической чистоты, путь в которую китайцам с их грязными привычками должен быть закрыт. Теперь, когда варвары могли разъезжать по империи куда им заблагорассудится, они поменялись местами с китайцами: после 1668 года Цины запретили китайцам бывать севернее Великой стены. Лорд Макартни в 1794 году по пути в летнюю резиденцию цинского императора, переехав стену, отмечал пренебрежительное отношение маньчжуров к китайцам. Он ощутил другую власть, правившую на северо-востоке и находившуюся вне досягаемости этнических китайцев.
«Один татарин-слуга из низшего класса, прислуживавший во дворце, видимо, украл что-то из утвари, приготовленной для нас, и когда его отчитывали за кражу [наши китайские провожатые], он отвечал с такой дерзостью, что те приказали наказать его бамбуковыми палками прямо на месте. Как только его отпустили, он заговорил в крайней степени высокомерных выражениях и настаивал на том, что китайский мандарин не имеет права наказывать бамбуковыми палками татарина по ту сторону Великой стены».
В этом контексте Цины придавали некоторое значение сохранению укреплений на северо-востоке. Существует множество рассказов, касающихся странной привычки императора Канси (1661–1722 годы) проверять крепость данной искусственной этнической границы. Он, путешествуя в Шаньхайгуань в обычной одежде, пытался удостовериться, сможет ли он, одетый как простолюдин, запросто проехать через нее. Рассказы неизменно подтверждали надежность цинской службы безопасности. По одной версии Канси пытался проехать верхом, не спеша. Бдительные стражники, которых не убедило заявление, будто он шляпник из Пекина, побили его и заставили развернуться (рассказ заканчивается трагически для бравых стражников. Позднее, когда Канси посылал за ними, намереваясь вознаградить их усердие, они, ужаснувшись того, что подняли руку на Сына Неба, и будучи уверены в ожидающем их ужасном наказании за такое неуважительное поведение, повесились).
А в остальном стена, отдельные участки которой продолжали строить и ремонтировать даже после падения династии Мин в 1644 году, превратилась в китайскую «линию Мажино», особенно в глазах класса китайских ученых-чиновников, который был главным виновником неудач поздних Минов и глубоко осознавал свою ответственность за это. Она стала для них символом военной слабости китайцев при династии Мин, распада и капитуляции, в очередной раз, перед иностранными «варварами». Ван Сытун, историк и поэт конца XVII века, которому во время падения Минов исполнилось всего шесть лет, как один из авторов, нанятых цинским правительством для составления стандартной «Хроники династии Мин», в первые десятилетия новой династии имел больше возможностей, чем основная масса современников, озвучить вопросы недавнего прошлого. Он говорил от имени всех — и особенно тех, кто отдал часть жизни или саму жизнь строительству рубежных стен, — показывая ощущение абсурдности и тщетности, окутывавшее возведение стен всеми династиями со времен Цинь, но особенно при Минах: