Хэлси и его штаб сразу решили, что можно обойти Минданао и высадиться на Лейте гораздо раньше, чем планировалось. Быстроходные авианосцы и два десятка эскортных авианосцев 7 Флота вполне могли обеспечить поддержку войск, пока на берегу не будут построены аэродромы. В полдень 13 сентября Хэлси передал эти рекомендации Нимицу. Нимиц и МакАртур 14 сентября обсудили их и запросили утверждения у Союзного ОКШН, проводившего совещание в Канаде. Разрешение было получено, и сроки операций на Тихом океане были сдвинуты на 2 месяца вперед. Теперь планировалось высадиться 20 октября сразу на Лейте, а не на Минданао. Высадку на остров Миндоро, находящийся чуть южнее Лусона, планировалось провести 5 декабря, а на сам Лусон — 12 декабря, хотя эти операции позднее были немного задержаны. Войска, предназначенные для высадки на Минданао и другие острова, теперь должны были подготовиться к выполнению иных задач. Снова операция была связана с некоторым риском, так как осенние дожди могли помешать армии построить аэродромы на Лейте. Однако это был оправданный риск, типичный для Хэлси, и дальнейшие события показали, что он не потерял своей интуиции.
Остаток сентября авианосцы Хэлси наносили удары по японским укреплениям на Филиппинах. В результате было уничтожено почти 900 вражеских самолетов (большей частью на земле) и были потоплены торговые суда общим водоизмещением 224000 тонн. Пошли на дно также несколько мелких военных кораблей. Потом 3 Флот отошел на недавно захваченные якорные стоянки в центре Тихого океана, чтобы подготовиться к высадке на Лейте.
Задача Хэлси была совершенно ясна. 3 Флот — он же ОС 38 — должен был изолировать остров Лейте и не допустить переброски туда вражеских подкреплений по морю и воздуху. Это означало, что 4 авианосные группы будут наносить удары по японским аэродромам и судоходству на всех Филиппинах до начала высадки, во время ее и после 20 октября. 7 Флот вице-адмирала Томаса К. Кинкейда, который находился в прямом подчинении МакАртура, должен был оказывать тактическую поддержку армии. Его старые линкоры, крейсера и эсминцы должны были обстреливать побережье, а 18 эскортных авианосцев обеспечивали поддержку с воздуха. Неизвестным оставался лишь один фактор — японский флот. Американцы не предполагали, что он решится на выход в море до их высадки на Минданао или Лусоне. Однако Нимиц надеялся, что высадка на Лейте все-таки вынудит японцев выйти в район к востоку от Филиппин, откуда им будет очень трудно вернуться в свои базы.
Как был уверен Нимиц, если японские линкоры и авианосцы дадут бой, чтобы защитить Лейте, Хэлси постарается их уничтожить. Один из приказов, полученных Хэлси, гласил: «Если появится возможность уничтожить большую часть вражеского флота, его уничтожение становится нашей главной задачей». Причиной появления этого приказа было откровенное неудовольствие Нимица, высказанное после июньского боя в Филиппинском море, когда американцам не удалось окончательно разгромить японский флот. В этом сражении Спрюэнс держал авианосцы как можно ближе к десантным силам, чтобы не позволить японцам обойти себя и нанести удар по плацдармам на Сайпане. Были уничтожены 3 японских авианосца и 400 самолетов, однако 6 авианосцев удрали и снова могли вступить в бой. Нимиц не давал Спрюэнсу конкретных приказаний, отсюда и его решение четко определить задачу Хэлси у Лейте. Учитывая агрессивность Буйвола Хэлси, можно было не опасаться, что японцы обойдут 3 Флот, чтобы атаковать плацдармы МакАртура.
Поэтому перед Хэлси стояла двоякая задача. Он должен был прикрыть войска МакАртура от воздушных атак, что привязывало его к обороне Лейте, но в то же время он должен был выиграть морское сражение, которое могло потребовать активных наступательных действий в открытом море. Это была классическая проблема, которая стояла перед многими адмиралами прошлого. Ее решали испанские и французские адмиралы при попытках высадиться на Британских островах, ее решали американцы во время маневров 1930-х годов, ее решали японцы в Коралловом море, при Мидуэе, возле Гуадалканала, Спрюэнс у Марианских островов. Когда появляется вражеский флот, какую задачу считать более важной? Оставаться для охраны сил вторжения или двигаться вперед, чтобы дать бой? Ответ был очень прост — уничтожить вражеский флот, и тогда десанту ничто не будет угрожать. Однако при этом встает проблема тесного взаимодействия между флотом и десантными силами, как стало очевидным еще во время разгрома Непобедимой Армады в 1588 году.