Миграционная теория развития очень популярна среди европейских историков. Однако их японские коллеги придерживаются другой версии. Согласно ей культурная революция среди населения Японского архипелага происходила без участия соседей и напрямую связана с обострением отношений между императором Хань и правителем государства Кочосон (поражение последнего в середине 108 г. н. э. и привело к глобальному переселению народов). В дальнейшем на протяжении всего периода правления династии Хань поток недовольных стекался на остров Хонсю, образуя при этом новые государства.
Красноречивым подтверждением этой теории являются первые поселения периода Яей, подавляющее большинство которых обнаруживают на территориях островов Хонсю и Кюсю. На этих стоянках археологи находят руины хорошо укрепленных городских стен, большое количество керамической посуды, ритуальных украшений и металлического оружия.
Новая культура дала мощный толчок развитию экономики и сельского хозяйства. Так, например, историки считают, что высокие (по меркам первобытной общины) урожаи риса могли существенно ускорить процесс социального расслоения населения архипелага. К концу периода Яей в японском обществе появились привилегированные сословия шаманов и военных, а также первые рабы, попавшие в кабалу за долги и мелкие проступки. Новая экономика имела несомненные преимущества перед хозяйственной системой периода Дземон и позволила японской культуре распространиться далеко за пределы древнего японского государства (археологические находки периода Яей обнаруживают даже на территории современной префектуры Аомори, образованной в 1871 г.). К середине позднего Яей население островов Хонсю, Кюсю и Сикоку резко увеличилось, а в его социальной структуре продолжалось формирование правящего сословия. В сочетании с быстрым ростом прибавочного продукта эти процессы спровоцировали военные конфликты, которые, в свою очередь, привели к созданию коалиций общин и первых протогосударственных образований.
В качестве примера японского протогосударственного образования можно привести страну Яматай, которая часто упоминается в многочисленных китайских хрониках. В частности, авторы «Записей трех государств» описывают небольшую страну, которой управляла женщина по имени Химико. По утверждениям все тех же китайских источников, проклятием Яматай были постоянные междоусобные войны. Что касается местонахождения легендарного государства, то современные историки так и не смогли прийти к единому мнению. Большинство исследователей считают, что Яматай располагался на территории современного города Кинки или на острове Кюсю (сторонники последнего в подтверждение своей теории ссылаются на результаты археологических раскопок, проведенных на стоянках Есиногари).
Однако население Японского архипелага не было однородным, и на более мелких островах, таких как Окинава и Хоккайдо, к концу периода Яей все еще сохранялись постдземоновские традиции, распространенные среди немногочисленных племен айанов и рюкюсцев.
Первой раннеписьменной эпохой в японской истории является период Ямато, который историки датируют примерно 250 (300)– 700 гг. н. э. Название эпохе дало крупное государственное образование, располагавшееся на территории современной префектуры Нара. Как следует из некоторых письменных источников, государство Ямато являлось весьма воинственным политическим образованием. Наибольшее количество конфликтов приходится на годы правления принца Ямато – Такэру. В «Анналах Японии» описываются разрушение соседних с Ямато государств Киби и Итзумо (в IV в.), разгром племени Кумасо и дальние походы на остров Хонсю, вероятно, предпринятые принцем против протоайнов.