Уйдя на запад от Мариан, Магеллан через 10 дней увидел Филиппины. Он назвал центральную часть этих островов архипелагом Св. Лазаря. Название не утвердилось, и с середины XVI в. вся островная группа стала именоваться Филиппинами в честь короля Филиппа II, сына и преемника императора Карла V. Гористый филиппинский архипелаг тянется на полторы тысячи километров, замыкая с востока Южно-Китайское море. Омываемый обильными теплыми дождями, он во времена Магеллана был больше чем наполовину покрыт лесом. Прибрежные долины тонули в экваториальной растительности, тогда как выше в горах росли сосны, дубы и мирт. Животный мир на островах, отделенных от материка, лежавших на периферии Малайского архипелага, был сравнительно беден в видовом отношении. В то же время он отличался своеобразием, заметными контрастами. Рост филиппинского буйвола в холке не превышает одного метра; столько же, или даже больше, составляет размах крыльев у местной летучей собаки — достопримечательности, которую смогли увидеть Магеллан и его спутники.
Участники экспедиции встретились с исконными жителями Филиппин, низкорослыми чернокожими, которые некогда говорили на особых языках. Они их утратили, смешавшись в большинстве случаев с пришлыми индонезийцами, людьми того же монголоидного типа, что малайцы. По прошествии ряда столетий образовались многочисленные народности, отличные друг от друга по цвету кожи, говорящие на разных австронезийских языках, далеко не всегда понимающие друг друга. Среди этих народностей наиболее крупными были — в северных и центральных районах архипелага — тагалы и висайя, на юге — моро («мавры»), потомки исламизированных переселенцев из Индонезии. После начала испанской колонизации тагалы и висайя приняли христианство, тогда как моро остались мусульманами. Опытные моряки, они всегда отличались воинственностью, совершали набеги на соседей, угоняли их в рабство. Вплоть до наших дней на мусульманском Юге, сохранившем многие черты прошлого, обстановка неспокойна, сильны сепаратистские настроения.
Первым островом Филиппин, которого достиг Магеллан, был обширный и сравнительно населенный Самар. Капитан-генерал не стал у него задерживаться, предпочитая остановки у близлежащих мелких и менее людных островов, где он чувствовал себя в большей безопасности. Там филиппинцы установили с экспедицией добрые отношения и доставили свежие продукты. Мелкие острова стали для испанцев лазаретом под открытым небом, и спустя три недели многие больные выздоровели. На одном из островов раб Магеллана Энрике, уроженец Суматры, впервые был понят местными жителями. Правда, объясняться ему удавалось с немногими, понимавшими индонезийские или малайские наречия.
Капитан-генерал не упускал из виду главную цель — поиск Молуккских островов. Филиппины на них не походили, хотя здесь встречались пряности (например, имбирь), так же как золото, что заставляло не торопиться с отъездом в другие края. Нужны были сведущие местные моряки, знавшие путь к Молуккам. Таких людей легче всего было найти в торговых центрах, а потому был взят курс на о. Себу. На нем располагался одноименный город, или, точнее, скопление нескольких разросшихся селений. По мнению местных жителей, Себу был наиболее крупным из ближайших портов.
Висайя и другие народности, населявшие Самар, Себу, Минданао и прочие острова, были схожи в культурном отношении со своими индонезийскими предками. Рисоводы и рыбаки, они жили по берегам своих островов в свайных постройках, недоступных океанским волнам ни во время прилива, ни в бурную погоду. Разводили домашних животных, включая свиней и коз. Железо на их островах не выплавлялось, а потому ценилось высоко, чем, конечно, воспользовались испанцы. В военных действиях шли в ход мечи, копья и дротики, духовые ружья с отравленными стрелами. Население делилось на знать, простолюдинов и рабов. Правитель Себу, стареющий раджа Хумабон, обнаженный до пояса, покрытый татуировкой, в торжественных случаях восседал перед народом на площади в окружении знати. Висайя Себу торговали с дальними странами: Малаккои, Бирмой, Китаем. Существовала письменность на основе индийской графики.