Покуда Магеллан держался на ногах, он несколько раз оборачивался к шлюпкам, словно желая убедиться, что надежно прикрыл отступление. Он совершил просчет, отправившись на Мактан. Теперь, прикрыв отступление, он готов был уплатить за ошибку собственной жизнью. Может быть, он успел вспомнить своего португальского командира Алмейду, который также жестоко поплатился, напав на готтентотов. А может быть, на мгновение перед ним встала Малакка, Франсишку Серран, все, окруженные малайцами, когда он, Магеллан, бросился им на выручку и спас от верной гибели. Он был не из тех, кто стал бы отсиживаться в шлюпке, когда рядом товарищи попали в беду.
Спасшиеся участники набега без помех вернулись в Себу. Ввиду гибели Магеллана экипажами трех кораблей были избраны два руководителя экспедиции — Д. Барбоза и Ж. Серран. Раджа Хумабон с согласия моряков известил Лапулапу, что он может требовать любой выкуп за выдачу тела Магеллана и других убитых европейцев. В ответ было сообщено, что тело Магеллана не будет выдано ни при каких условиях, что оно останется на Мактане «на память».
Трудно сказать, что сделали жители Мактана с останками мореплавателя. Участники экспедиции и историки XVI в. ничего об этом не говорили. Об обычаях, исчезнувших после крещения висайя в конце XVI в., не так много сведений. Косвенно о них можно судить по заметкам европейцев касательно соседних племен Минданао, Лусона и других островов. На Минданао у убитых врагов съедали сердце с соком лимона и апельсина. Неизвестно, можно ли было отнести висайя тех времен к «охотникам за черепами». К ним долгое время принадлежали калинга — жители глубинных районов Лусона. Часть калинга делали из основания черепа убитых неприятелей ручки, на которых подвешивали гонг. У других племен отрезанные головы передавались местному сторожу, чтобы они помогали охранять селение от теней усопших и от здравствующих недругов.
За гибелью Магеллана последовали дальнейшие беды экспедиции. Через четыре дня после боя на Мактане экспедиции был нанесен новый удар, стоивший потери более 20 (по другим сведениям, более 30) человек, в том числе несколько маэстрес, Серрана, Барбозы и других. Почти все рассказы об этом событии сводятся к тому, что 1 мая 1521 г. раджа Хумабон якобы заманил европейцев под предлогом угощения в город, где на них напали его воины. Раджа, если верить рассказам, собирался захватить европейские корабли с их грузом. Доказать это, правда, было нельзя, в частности, потому что ни о каких действиях против кораблей, ни о какой концентрации сил против них не было речи. Что касается угощения в городе, то тут все выглядело правдоподобно, так как экспедиция постоянно кормилась за счет Себу и окрестных селений.
Двое историков XVI в., испанец А. де Эррера-и-Тордесильяс и португалец Ж. де Барруш, писали, что Хумабону приходилось выбирать между союзом с европейцами и настроенными против них соотечественниками, в том числе собственной знатью, прочими вождями висайя, включая Лапулапу. Историки повторяли слова Элькано (в его показаниях после возвращения в Европу) и Пигафетты о том, что раджу подбил на нападение Энрике, раб Магеллана. Словно оправдывая Энрике, Пигафетта добавлял, что испанцы заставляли его работать на берегу, несмотря на рану, полученную на Мактане. В тот день, продолжал Пигафетта, до столкновения с висайя на корабли с берега вернулись двое моряков и сказали, что подозревают что-то неладное. Их подозрения были вызваны только тем, что висайя отозвали в сторону испанского священника (на него смотрели как на целителя), отделили его от общей группы моряков. Едва вернувшиеся с берега успели это сообщить, как со стороны города на кораблях услышали крики и причитания. Затем появились висайя, тащившие связанного и окровавленного Серрана. Он стал кричать, что все погибли, кроме переводчика Энрике, что его, Серрана, отпустят только за выкуп, который он просит немедленно уплатить.
Если висайя не убили Энрике, то это еще не значило, что он был в сговоре с Хумабоном, что раджа организовал нападение на испанцев. И почему надо было принимать на веру крики Серрана о том, что всех убили? Испанский историк XVI в. Ф.Л. де Гомара рисал, что все европейцы остались живы. Судя по всему, он передавал слухи, ходившие на Филиппинах и на соседних островах после гибели Магеллана. В достоверности этих слухов можно усомниться, но тогда почему нужно принимать на веру то, что писал Пигафетта о гибели всех своих товарищей, пропавших без вести, возможно убитых, а возможно и плененных.
Никакого выкупа за Серрана моряки платить не стали. Произошло приблизительно то же, что после боя на Мактане: испанцы подняли якоря и поспешили отчалить. Серран остался на берегу, и никто не собирался выяснять, живы ли остальные матросы и маэстрес, отправившиеся с ним в город.