Когда на смену им были посланы другие полки, они надеялись, что им будет дозволено возвратиться в Москву, однако им приказали идти в Великие Луки, к литовской границе.
Они повиновались, но в марте 1698 года 175 человек самовольно ушли из Великих Лук в Москву бить челом от лица всех товарищей, чтобы их отпустили по домам.
Во время пребывания в Москве стрельцы имели сношения с царевнами. Два стрельца, Проскуряков и Тума, успели через знакомую им трижды вдовую стрельчиху Офимку Кондратьеву, приживалку Софьи, доставить царевне письмо с челобитной о стрелецких нуждах.
В Москве стрельцы распустили слухи, что царь умер за границей, и иноверцы из Немецкой слободы хотят захватить в России власть и продать ее еретикам.
Правительство под руководством Шеина после получения писем от Петра с требованием ужесточить порядок в Москве, издало указ от 28 мая, которым объявлялось, что стрельцы должны оставаться в пограничных городах, а бегавших в Москву стрельцов велено сослать в малороссийские города на вечное житье.
Но когда около пятидесяти бежавших в Москву стрельцов были арестованы для отправления в ссылку, товарищи отбили их. Вернувшись в расположение стрелецких частей, один из ходивших в Москву, стрелец Маслов, взобравшись на телегу, начал читать письмо от царевны Софьи.
В своем письме она убеждала стрельцов прийти к Москве, стать табором под Новодевичьим монастырем и просить ее снова на державство, а если солдаты станут не пускать их в Москву, то биться с ними.
Решив воспользоваться отсутствием царя, стрелецкие войска, «сидевшие» под Великими Луками, 6 июня отправились маршем на Москву.
Но уже в Кракове Петр получил известие, что восстание было успешно подавлено и что в сорока верстах от Москвы 17 июня 1698 года задержали выборных стрельцов с челобитной и письмом к населению Москвы против Петра I и «немцев».
На следующий день правительственные войска наголову разбили повстанцев у Новоиерусалиского монастыря.
Сразу после боя ордин из его героев, воевода Алексей Шеин, пошел в соборную церковь и прослушал молебен, после чего приглашен был на трапезу к архимандриту.
После обеда он приступил к допросу стрелшьцов и розыску по их делу. Под пытками стрельцы показали, что намеревались разгромить Немецкую слободу и перерезать всех ее обитателей, убить главных царевых бояр и объявить Петра умершим на Западе, чтобы поставить на престол Софью.
После распроса и пытки казнили 24 человека, кто ходил в Москву. В следующие дни розыски и пытки продолжились и 57 стрельцам отрубили головы, а 67 бунтовщиков повесили по дороге.
Тысяча девятьсот шестьдесят шесть стрельцов были закованы в железо, колоды и брошены в монастыри. Малолетних стрельцов отослали в другие города.
Успокоенный Петр отправился в Раву для встречи с новым королем Польши — Августом II и прибыл в Москву вечером 25 августа 1698 года. После небольшого отдыха Петр прибыл в село Преображенское.
Петр велел вновь приступить к расследованию. В своем страстном желании навсегда покончить с стрельцами царь действовал с особой жестокостью. Слишком страшные воспоминания оставили стрельцы в его памяти детства, чтобы он мог быть к ним милосерднее.
Петр приказал создать десять следственных комиссий, которые возглавили преданные Петру. Первые сто тридцать человек были доставлены из Ростова.
В первый день допрашивались выявленные и оставшиеся в живых зачинщики и представители духовенства стрелецких полков. Для арестованных стрельцов в Преображенском были построены бараки и приготовлено четырнадцать пыточных камер со всем необходимым оборудованием.
Приказной дьяк начинал допрос в одной камере и составлял протокол, в другой же в это время уже начинали пытку нового стрельца.
Закончив запись, дьяк переходил в другую камеру, где подследственный был готов рассказать всю правду. В Преображенском ежедневно курилось до 30 костров с угольями для поджаривания стрельцов. Петр Алексеевич присутствовал при этих истязаниях.
Длились допросы по шесть — восемь часов в день с отдыхом только в воскресение. Вздернутых на дыбе стрельцов били кнутами, жгли головешками, прижигали ноги, пытали раскаленными щипцами.
30 сентября 1698 у всех ворот московского Белого города расставлены были виселицы. Первые казни начались в Преображенском. Главным распорядителем казни был боярин князь Михайло Никитич Львов.
Стрельцы, многие из которых уже не могли самостоятельно передвигаться, были усажены по одному в телеги с сопровождающим солдатом: семеновцем или преображенцем, и с зажженными свечами в руках, были вывезены к месту казни. Процессию сопровождали голосящие стрельцовы жены, матери и дети.
У места казни колонну встретил сам Петр Алексеевич, сидевший на коне. Одетый в польскую военную форму, он был немногословен. Отдавал лишь короткие распоряжения.
После того как приговор был зачитан, приговореные медленно побрели к виселицам, с величайшим трудом переставляя ноги, к которым были прикованы деревянные колоды. Но на их лицах не было печали. Они шли на смерть спокойно и достойно.