Филарет наставлял сына исподволь и не навязывал ему своего мнения о государственных делах, разве что вот о земцах дал понять. Но беспокойство у Филарета по поводу сына имелось. Хотя Михаилу шёл уже двадцать третий год, он ещё не созрел для важных государственных решений. А причина, как догадывался Филарет, была в том, что государыней в державе являлась мать Михаила, бывшая супруга Филарета, инокиня Марфа. Цепкий ум Филарета без труда определил роль Марфы в управлении делами. Она властвовала открыто, но узость её мышления сводила на нет её же усилия. Жажда оградить царский трон людьми по родству и свойству, поставить их во главе всех возможных государственных служб в конце концов сослужили ей плохую службу.
Честный и прямодушный Филарет понял, что ему и Марфе не дано быть вместе близ царя. Либо он не должен был вмешиваться в державные дела, либо она. Когда же здравый смысл подсказал, что её стояние рядом с сыном губительно отражалось на всей жизни России, то вывод напрашивался один. И было над чем подумать Филарету, прежде чем встать в открытую возле царского трона и отторгнуть от дел Марфу. Между тем в нём уже созрело убеждение, что его место только возле сына. Он верил, что в этом случае царствование Михаила будет благодатным для России. И оставалось одно: заявить о себе как о человеке, имеющем право на участие в государственных делах. Решение было принято, и Филарет вступил на тропу борьбы за своё место в державе.
Но, входя в круг государственных забот, вникая в них, Филарет не мог обойти стороной и семейные дела, потому как считал их неотъёмной частью державных. Ещё в первый день своей встречи с сыном Филарет узнал о тяжких переживаниях Михаила из-за того, как неудачно сложилось его желание жениться на Марии Хлоповой. Оказалось, что кому-то из царедворцев род Хлоповых не нравился, а кое-кто и боялся боярина Ивана Хлопова.
Когда ехали лесными дорогами калужской земли, Филарет попросил:
— Миша, расскажи, как всё было. Кто она, твоя избранница?
— Она боярская дочь, Мария Ивановна Хлопова. И смотрины были, и обручение — тоже. И батюшка Маши благословил нас...
— Знаю боярина Ивана. Помню его добрую семью. Хлоповы всегда тянулись к нам с открытой душой. Какая же напасть расстроила вашу свадьбу?
— Ведома мне та напасть, да не верю я в неё. Вскоре же после обручения и застолья Мария Ивановна, назвавшая себя в честь твоей тётушки Анастасией, заболела якобы какой-то чёрной хворью, а какой — не ведаю. Дальше — хуже. Сказано было мне, что Мария Ивановна не способна быть царицею, потому как роду-племени от неё не прибудет.
— Вон как повернули, проныры, — вздохнул Филарет.
— И ещё сказали мне лекари, что она не способна служить радостям государя. Холодна, говорили, аки вода в проруби.
— Ну, а матушка что сказала, защищала ли тебя и Хлопову?
— Ей Марьюшка приглянулась. И матушка была с нею ласкова. Бояр она увещевала, говорила, что лекари обмишулились, но бояре удила закусили.
— И что дальше было? — торопил сына Филарет.
— Совсем худо приключилось. Хворь Марьюшки сочли Божиим наказанием. И Боярская дума по настоянию боярина Михаила Салтыкова нашла в ней виновность. Её и всю семью Хлоповых приговорили к ссылке в Пелым или Верхотурье.
— Защитил бы невестушку. Ты ведь царь, — попрекнул Филарет.
Михаил молча и виновато посмотрел на отца. И Филарет без слов понял сыновью боль и то, что он был бессилен что-либо сделать. Отец прижал сына к себе.
— Держись, сынок, держись! Мы эти напасти одолеем и ещё выпьем кубок на твоей свадьбе.
Филарету было жалко сына, как бывает жалко сильному слабого. Он больше не затевал разговора о неудачном сватовстве, но сам запомнил всё, о чём рассказал Михаил, и дал себе слово во всём беспристрастно разобраться. Однако окунувшись в московскую жизнь, Филарет не скоро смог взяться за расследование причин опалы Марии Хлоповой и её родителей. Лишь спустя четыре месяца после возвращения из плена он нашёл возможность возбудить дело о Хлоповой вкупе с другими неблаговидными делами боярина Михаила Салтыкова, сына боярина Михаила Борисовича Салтыкова, первого рьяного царедворца у обоих Лжедмитриев.
Отстранённая московская жизнь Филарета завершилась. И как только он взялся расследовать дело Хлоповых, о нём заговорили царедворцы и все московские вельможи. Но и архиереи церкви не оставили Филарета без внимания. И первым его посетил местоблюститель патриаршего престола митрополит Крутицкий Ефрем. Сильно постаревший и страдающий ногами, он с трудом сошёл с амвона Благовещенского собора и в сопровождении услужителя пришёл в царские палаты, с укором сказал Филарету:
— Брат мой, ты уже многие дни в Москве, почему же не пришёл на совет архиереев, о коем тебя уведомляли? — Ефрем всегда был строг и прямодушен в общении.
Филарет выдержал суровый взгляд Ефрема и честно признался:
— Я был не готов, сомнения одолевали. Ты уж прости, владыко.
— Бог простит, — ответил Ефрем. — Приходи ноне вечером в патриаршие палаты на беседу.
— Приду, владыко, — ответил Филарет.