Отшумели, отгремели в Москве и по Руси торжества и гуляния в честь патриарха, остывали колокола от долгих звонов. Москвитяне взялись за свои привычные дела, ладили жизнь по своему разумению. В Кремле после торжеств тоже началась работа, правда, пока неторопливая, полусонная. Митрополит Ефрем перебрался жить в палаты Крутицкого подворья, что возвышалось за Чудовым монастырём тут же, в Кремле. А первосвятитель Филарет поселился в патриаршем дворце по чину. Да в первые же часы и загрустил. В просторных залах и покоях было пусто, ни живой души, кроме услужителей. Катерина и Михаил Бутурлин покинули дворец ещё раньше Ефрема, уехали в свои палаты на Пречистенку. Не было и архидиакона Николая, который остался при Ефреме. Однако, не выдержав одиночества, Филарет послал служку за Николаем. И тот пришёл не мешкая и повинился, потому как знал, что уходить ему не следовало.
— Стар Ефрем, да и свыклись мы с ним. Так уж прости, святейший.
— Понимаю тебя. Да и сам я одинок оказался, как перст. Потому тоже винюсь пред тобой, за то что оторвал от любезного человека.
Николай пришёлся Филарету по душе. Он был умён, расторопен, знал всю подноготную церковной жизни и вечер за вечером посвящал Филарета во все тонкости патриарших забот, кои святейшему ещё не были ведомы. Главное же, Николай скрасил одиночество Филарета.
Жизнь, однако, вскоре же избавила патриарха от праздного состояния. По совету Николая, как делалось при Иове и Гермогене, Филарет не отпустил тотчас из Москвы российских иерархов и архиереев, а не единожды собирал их в Благовещенском соборе, беседовал с ними о том, как вести церковные дела в епархиях, как помогать воеводам в налаживании жизни, в их радении о державе. Ещё он добился того, что иерархи и архиереи приняли соборное решение об отлучении ложного патриарха Игнатия-грека от церкви. Оно родилось не сразу. Иерархи и архиереи спорили, не соглашались с Филаретом. Он же сказал им:
— Мнимый патриарх Игнатий, угождая еретикам латинской веры, в церковь соборную Пресвятой Богородицы вводил еретической веры Маринку. Святым же крещением совершенным христианского закона не крестил её, но токмо святым миром помазал и потом венчал её с тем самозванцем, и обоим сиим врагам Божиим, расстриге и Маринке, подал пречистое тело Христово ести и святую кровь Христову пити. Его же, Игнатия, за таковую вину церковь российская, яко презревшего правила святых апостолов и Святого Отца, от престола и от сиятельства по правилам святым отринула. Вы же и от церкви его отлучить подумайте.
Иерархи и архиереи подумали и сказали должное слово: «Нет места Игнатию-отступнику в нашей вере».
Филарет порадовался, что его правдивое слово дошло до каждого духовного лица. Историки российского христианства сказали о Филарете убедительно и точно определили его значение и роль в становлении как церкви, так и государства. Они утверждают, что как правитель русской церкви, патриарх, чуждый церковно-богословской книжности, являлся, прежде всего, властным и искусным администратором. Церковь была для него учреждением, требующим устройства на началах строгой дисциплины и иерархического господства, и он целиком перенёс в своё патриаршеское управление формы приказного заведования делами. Суд в патриаршем судном приказе был в «духовных делах и в смертях и в иных во всяких делах против того же, что и в царском суде...» Казённый приказ ведал доходы патриаршей области: дань со дворов духовенства и сборы с церковных доходов за требы, за пользование пахотой и угодьями и другим.
Получив патриаршество не по каноническому избранию, а по естественному праву какое признавали за государевым отцом, Филарет и для духовенства был прежде всего «великим государем». Но таким же «великим государем» выступал он и в делах управления государственного. Человек властной и крутой воли, он всякими царскими и ратными делами владел не только путём личного влияния на сына-царя. Его участие в государственной власти было установлено формально, как титулом «великого государя», так и порядком делопроизводства: дела докладывались обоим государям и грамоты писались от имени обоих. Царь Михаил пояснял, что «каков он государь, таков и отец его, государев, великий государь. Святейший патриарх и их государе кое величество нераздельно».
Шаги Филарета к верховной власти в державе не являлись случайным стечением обстоятельств, а были выстраданы и выношены им всей жизнью и просчитаны от первого до последнего шага. Но, получив власть, Филарет не упивался честолюбивыми желаниями. Он считал себя рабом Божиим, поставленным к державному кормилу для избавления детей своих от разорения и нищеты, чтобы поднять Россию на тот высокий холм, на котором стояла она в лучшие годы царствования Фёдора Иоанновича. И он не скидывал со счёта того, что благоденствие при царе Фёдоре было достигнуто благодаря правителю Борису Годунову За этим лютым врагом рода Романовых Филарет признавал многие заслуги. И сам не сумняшеся многое взял себе на пользу от годуновского умения управлять великой державой.