План состоял в том, чтобы пройти вдоль побережья Бразилии, обогнуть мыс Горн и разделиться у Сандвичевых островов (название Гавайских островов, принятое в XVIII–XIX веках). «Надежде» с И.Ф. Крузенштерном и Н.П. Резановым на борту предстоял путь на Японию, а «Нева» под командованием Ю.Ф. Лисянского отправлялась на север к острову Кадьяк за грузом пушнины. Встреча их назначалась в Кантоне, где предстояло избавиться от пушнины, взять на борт груз китайских товаров, а потом вернуться в Россию. Сначала все шло вполне гладко. Мыс Горн обогнули в начале марта 1804 года, после чего суда разошлись по собственным маршрутам. Переоснащение «Надежды» провели в Петропавловске, считавшемся крупнейшим на Камчатке населенным пунктом, а на рейд Нагасаки ее поставили 6 октября. Японцы приветствовали русских моряков радушно, но приняли далеко не с распростертыми объятиями («Время нашего пребывания здесь можно назвать прямо-таки тюремным заключением, из которого посол [Резанов] получал освобождение не большее, чем самый последний матрос на судне», — записал И.Ф. Крузенштерн в своем дневнике). В столицу, город Эдо, Н.П. Резанов так и не попал, хотя очень надеялся его посетить, и от сёгуна он получил недвусмысленный ответ, что в будущем русским кораблям следует обходить Японию стороной. От предложенных даров японцы отказались, и незваным русским визитерам предложили убираться восвояси при первом же удобном случае. Короче говоря, данная часть великой экспедиции закончилась полным провалом. «Надежда» вышла в море 17 апреля без Н.П. Резанова, который перебрался на борт судна «Мария», направлявшегося на остров Кадьяк. И.Ф. Крузенштерн провел поверхностное исследование окрестностей акватории Сахалина и Камчатки, затем направил «Надежду» на юг, чтобы дожидаться Ю.Ф. Лисянского в Кантоне.
Когда в начале ноября 1805 года И.Ф. Крузенштерн достиг Макао, у него появились опасения по поводу гибели «Невы», которая где-то задерживалась. Он тогда еще не знал, что Ю.Ф. Лисянский обнаружил население городка Ситка и русской колонии в отчаянном положении. Подвергшееся разорению со стороны индейцев племени колющей тремя годами раньше данное русское поселение на аляскинском выступе едва держалось под натиском коренных жителей и в крайне неблагоприятных местных погодных условиях. В Макао Ю.Ф. Лисянский прибыл только 21 ноября 1805 года. Английский торговый дом Биля и Шайка «Магнук» (позже прославившийся как фирма Матесона «Жардин») привлекли в качестве посредника (Крузенштерн познакомился с Билем и Шанком во время его предыдущего вояжа в Китай), и товары с русских судов продали за 190 с лишним тысяч испанских пиастров. Пушнина с судна «Нева» ушла за 178 тысяч, а меха, привезенные с Камчатки на «Надежде», принесли 12 тысяч пиастров. Русские мореплаватели купили товаров на 117 тысяч пиастров, в том числе чаев ценнейших сортов — на 80 тысяч. Разгрузку и повторную загрузку судов практически закончили в середине января, когда «внезапно поступило сообщение о том, что китайское правительство не позволит нашим судам выйти в море до тех пор, пока не поступят конкретные распоряжения относительно нас из Пекина», читаем в дневнике И.Ф. Крузенштерна.
Такой удручающий поворот событий угрожал экспедиции провалом. Китайская стража приставила посты по всем судам, и последние товары, предназначенные на вывоз, остались на складах. Крузенштерн выразил самый решительный протест китайскому таможенному директору хоппо и наместнику британского короля в Кантоне, но в конце концов только благодаря заступничеству доверенного лица Английской Ост-Индской компании Джеймса Драммонда удалось предотвратить страшную судьбу русских мореплавателей. Дж. Драммонд созвал на совещание в своей резиденции всех торговцев Гонконга, а также участников специального комитета английской фактории в лице сэра Джорджа Стантона, сопровождавшего сэра Дж. Макартни в 1793 году, и господ Робертса с Паттлом. Гонконгские торговцы убедили хоппо, чтобы тот позволил продолжение погрузки товаров, и, как только ее закончили, русские суда 28 января 1806 года покинули Кантон. Только когда семь месяцев спустя И.Ф. Крузенштерн приказал бросить якорь в Кронштадте, ему сообщили, что указ из Пекина получили в Кантоне вскоре после отбытия русских судов. И в нем предписывалось задержать эти суда, а также содержался отказ в разрешении любым другим иноземцам посещать китайское побережье в будущем. Коммерческая деятельность русских купцов со Срединным царством, пояснили в Пекине, ограничивалась сухопутной торговлей через Кяхту — Маймачен.