Император требовал маневра силами обоих фронтов – участников Виленской операции – Северного и Западного. Так, Н.В. Рузский телеграфировал свои подчиненным – командующим 5‑й (П.А. Плеве) и 12‑й (В.Н. Горбатовский) армиями 4 сентября: «Государь Император повелел указать, что успех в настоящем положении дела может быть достигнут только энергичными и быстрыми ударами возможно большими силами Северного и Западного фронтов от Двинска и Неменчина совместно с наступлением II армии, сосредотачиваемой в районе Ошмяны – Молодечно»
Координация действий фронтов, сосредоточение максимальных сил на направлении главного удара, энергичное маневрирование – вот суть оперативных указаний нового Верховного главнокомандующего. Многие историки считают, что за фразой «Государь Император повелел» скрывается исключительно оперативная деятельность начальника штаба Верховного главнокомандующего М.В. Алексеева. О том, что это не так, и роль императора проявлялась непосредственно, говорит следующий документ: «Разделяю соображения генерала Эверта о сборе частей гвардии в районе Вилейка – Молодечно. Николай». Эта телеграмма, адресованная именно М.В. Алексееву, говорит о руководящей и координирующей роли государя, о том что он контактировал с руководством фронтов, вникал в оперативную обстановку и давал указания. Спокойное и взвешенное руководство со стороны руководства Ставки и императора лично принесло свои плоды – Виленская операция заканчивалась в пользу русских войск, вновь увидевших, что они могут бить немцев.
Особое значение государем придавалось борьбе с инерцией отступления, упадком и восстановлением боевого духа. Совершенно справедливыми представляются в этой связи слова генералов Д.Н. Дубенского и А.И. Спиридовича.
Д.Н. Дубенский отмечал: «Этот крупный боевой эпизод великой войны, известный под названием Вильно – Молодечненской операции, является первым ответственным делом, совершенным, от начала до конца под личным водительством Верховного главнокомандующего Государя Императора. Важность этой операции приобретает тем больше значение, что она положила предел дальнейшему продвижению германской армии в наши владения».
А.И. Спиридович писал: «Новое командование (Государь и Алексеев) с честью вышло из того критического положения… Смелый маневр германцев был побит искусным контрманевром русского Главного командования и доблестью русских войск и их начальников… Военный, историк расскажет когда-нибудь беспристрастно, как часто многое в той операции, казавшееся почти, невозможным, выполнялось блестяще только благодаря магическим словам: «По повелению Государя Императора», «Государь Император указал», «Государь Император приказал»… Беспристрастный военный историк должен будет указать на то, сколь большую роль играл в успехе той операции лично Государь Император, помогая генералу Алексееву своим спокойствием, а когда нужно было, твердым и властным словом. Еще столь недавно растерянный (в роли Главнокомандующего Северо-Западным фронтом), генерал Алексеев, как бы переродился, нашел себя, овладел своим умом и талантом. Таково было влияние на него спокойного и вдумчивого Государя. Это счастливое сочетание столь разных по характеру людей, как Государь и Алексеев, спасло в те дни русскую армию от катастрофы, а Родину от позора и гибели».
Дежурный генерал Ставки П.К. Кондзеровский следующим образом характеризовал роль государя в Виленской операции: «Дело было в первых числах сентября 1915 года. Вести со всех фронтов поступали все неутешительные… я пришел к начальнику штаба, дабы выяснить события на фронте. Генерал Алексеев сидел в своем кабинете за огромным столок, окруженный картами, бумагами. Вид у него был расстроенный, тревожный. На мой вопрос, в каком состоянии находится наши армии за эти дни и справедлива ли тревога охватившая Ставку, Михаил Васильевич схватил себя за голову и голосом полного отчаянья ответил: «Какие у нас армии? Войска наши погибли на полях Галиции и Польши. Все лучшее перебито. У нас в полках остались теперь сотни, а в ротах десятки людей. У нас иногда нет патронов, снарядов… Я не знаю, что мы будем делать, как сдержать напор и где остановимся. Я нахожу, что наше положение никогда не было так плохо. Вот я сейчас все это доложу Его Величеству». Видимо, человек находился в полном ужасе от событий и не владел собою. Я ушел от Алексеева смущенный и с большой тревогой в душе.
В половине первого в тот же день я снова увидел генерала Алексеева на Высочайшем завтраке. Он совершенно переменился, смотрел бодро, говорил оживленно, и пропала та тревога, которую я видел несколько часов назад. Я задал ему вопрос, что, вероятно, с фронта получены лучшие вести, и он стал бодрее смотреть на будущее.