В марте 1939 года немецкие войска перешли через границу Чехословакии и оккупировали эту страну. И на этот раз их действия сопровождались воздушной операцией, в которой участвовало до 500 самолетов Люфтваффе, которые обеспечили доставку в Прагу воздушного десанта. В результате оккупации этой страны немцам удалось получить в свое пользование еще ряд самолетостроительных производств, главным образом заводы «Татра», а также несколько хороших аэродромов. К концу августа 1939 года численность боевых самолетов Люфтваффе увеличилась до 3750 единиц, из них 1270 – двухмоторные бомбардировщики Хе-111 и До-17. Но в это время в небе также начали появляться и первые образцы Ю-88, запущенного в серийное производство в том же году.
По предназначению все самолеты Люфтваффе были разделены на три группы. Первую группу (первая линия) составили более 2,5 тысячи лучших самолетов ударной группы, предназначенные для непосредственного участия в воздушных операциях. Во вторую входило около одной тысячи самолетов более старых конструкций, которые составляли оперативный резерв. В третью – различные учебные самолеты.
К этому времени Г. Геринг сделал многое для того, чтобы укрепить кадры ВВС, превратив их в элитный вид вооруженных сил. Каждый, кого направляли на службу в ВВС, вначале направлялся на 6–12-месячные курсы, где получал навыки работы на средствах связи, в чтении топокарт, закалялся физически и воспитывался нравственно. Затем новобранца направляли на два месяца в так называемую «стажерскую роту», где он продолжал изучение общих дисциплин и проходил психологические и физические испытания на предмет годности для службы в рядах летного состава.
Летная подготовка новобранца начиналась только после прохождения двух первых этапов в специальных летных школах, где он получал практику полета в 100–150 летных часов на учебных самолетах. При этом только 5 часов будущий летчик летал с инструктором, затем до 25 часов самостоятельно отрабатывал взлет-посадку и простые виражи. После этого принималось решение, какому виду самолета наиболее соответствует данный человек (бомбардировщик, истребитель, разведчик), и начиналась непосредственная подготовка пилота. При необходимости обучение специалиста доводили до 250 летных часов. Только после этого будущие летчики Люфтваффе получали соответствующие удостоверения.
Но и на этом учеба не кончалась. Будущие истребители направлялись в истребительную школу, где проходили трехмесячный курс обучения, вначале на истребителях простейшего типа, а затем на Ме-109 или Ме-110. Налет на машинах одного из этих двух типов мог составить около 50 часов. Таким образом, в момент назначения в строевую часть общий налет летчика-истребителя Люфтваффе мог составлять около 200 часов.
Подготовка пилотов пикирующих бомбардировщиков также продолжалась и после окончания официальной учебы в специальной школе в течение четырех месяцев. Вначале курсанты совершали порядка 15 практических вылетов с инструкторами, а затем начинали отрабатывать бомбометание самостоятельно. При этом предъявлялось требование, чтобы вход в пикирование происходил на высоте около 1600 метров, а бомбометание велось с высоты не более 900 метров. В результате такой подготовки достигалась высокая точность бомбометания.
Особое внимание уделялось подготовке летчиков-наблюдателей. Так, в бомбардировочной авиации наблюдатель выполнял функцию командира экипажа, то есть был самым опытным из летчиков. Подготовка штурманскому делу осуществлялась в специальной школе наблюдателей в течение 9–12 месяцев. Наблюдатели учились осуществлять полеты ночью и по приборам (вслепую).
На основе созданной системы к сентябрю 1939 года система подготовки личного состава Люфтваффе обеспечивала выпуск от 10 до 15 тысяч пилотов в год, что превосходило текущие потребности немецкой авиации на то время.
В организационном отношении в начале 1939 года все силы Люфтваффе были сведены в три воздушных флота, а в марте 1939 года был создан четвертый воздушный флот. Каждый воздушный флот состоял из соединений бомбардировочной, истребительной, штурмовой и разведывательной авиации. Основной боевой единицей Люфтваффе считалась авиагруппа (часть), которая насчитывала около 30 самолетов. В состав каждой авиагруппы входило по три эскадрильи по 9–10 самолетов. Самолеты, в зависимости от типа, могли базироваться на аэродромах в составе авиагрупп или даже эскадрилий.
Польская кампания, начавшаяся 1 сентября и фактически завершившаяся 18 сентября 1939 года, для немецкой авиации стала испытанием всех теорий воздушной войны, разработанных Люфтваффе в предвоенные годы. Для поддержки наступления 3 и 4-й армий был предназначен 1-й воздушный флот генерала Кессельринга, для поддержки 9, 10 и 14-й армий – 4-й воздушный флот генерала Лера. Всего против поляков, имевших в своем первом стратегическом эшелоне до 500 самолетов, было брошено до 1600 самолетов Люфтваффе.