Вирусы: Скорее друзья, чем враги

Полная микробиота состоит из всех бактерий и других микроорганизмов, населяющих наш организм, которые находятся внутри него и вне его. Ежегодно журнал публикует список 10 ведущих научных прорывов, и в период 2011–2013 гг. там фигурировало открытие микробиома. Микробиом состоит из всех микроорганизмов, бактерий, вирусов, архей, грибов, независимо от того, известны они нам или нет, можем ли мы вырастить или описать их, – определяются только полные последовательности, и такой подход используется всеми учеными! Исследователи руководствуются принципом: «Нужно тестировать всё!» Технологии секвенирования усовершенствовались, настолько подешевели и получили такой импульс, что в настоящее время секвенируют всё, что только можно себе представить: микробиомы всех видов, находящиеся в ЖКТ, слюне, слизистой носа, легких и еще где бы то ни было. Теперь мы знаем, что организм человека – это целая экосистема. У каждого человека свой микробиом, как личный PIN-код. Результаты оказались настолько впечатляющими, что о них сообщили все газеты. В настоящее время появились новые данные о количестве микроорганизмов, населяющих наш организм, – их оказалось огромное число. Были получены соответствующие данные, в частности по итогам проекта «Микробиом человека» (ПМЧ), в рамках которого анализировался микробиом человека. В своем роде ПМЧ – преемник проекта «Геном человека», цель которого заключалась в том, чтобы секвенировать наши геномы, то есть все наши гены. Что касается ПМЧ, то изначально у 242 здоровых американцев многократно брали для секвенирования мазки – образцы (всего 5000) с различных частей организма. Было изучено 178 геномов из микробов, обитающих в организме человека и на поверхности тела. Было выявлено, что редкие микробы характеризуются относительно высокой вариабельностью, в то время как популяции распространенных микробов продемонстрировали меньшую сложность, приобрели преимущество роста и могут опередить другие виды, поэтому доминантными становится небольшое число видов. Все это чрезвычайно сложно. Самое большое число популяций бактерий присутствует в кишечнике, различных полостях организма, на коже, на локтях, за ушами и (менее всего) во влагалище. Микробиомы, находящиеся в районе подмышек, отличаются от микробиомов, локализующихся в районе предплечья. На руках определяется около 44 видов бактерий – это самое богатое сообщество, присутствующее вне организма человека. Микробиом влагалища отличается особенно выраженной стабильностью и незначительной сложностью. Микробиомы определенных частей тела имеют больше общего с микробиомами аналогичных частей тела другого человека, нежели с микробиомами других частей тела того же человека.

Таким образом, единственно возможным является метагеномный подход, и понятие «метагеномика» происходит от понятий «метаанализ» (процедура, используемая в статистике, чтобы сделать несхожие результаты сопоставимыми) и «геномика» (полная генетическая информация). Только представьте себе: нам не известны 99% всех существующих микроорганизмов, и никак иначе их исследовать невозможно.

Реализация проекта «Микробиом человека» дала немало удивительных результатов. Во-первых, большинство микробов не являются болезнетворными. Астрономическое количество бактерий, вирусов и грибов присутствует не только в кишечнике, но и на поверхности тела. Многие из них принципиально важны для человека с точки зрения его элементарных потребностей, в частности для получения витаминов или переваривания пищи, которую мы не можем переварить сами. Они синтезируют витамины, обеспечивают детоксикацию канцерогенов и метаболизируют лекарственные средства (желательно знать об этом больше!). Бактерии и вирусы влияют на нашу иммунную систему и защищают нас от инородных микробов, которые, вероятнее всего, для нас патогенны. Таким образом, полезные микробы могут контролировать болезнетворные, то есть известное защищает нас от неизвестного! Наш кишечник не является полем битвы микроорганизмов, это не война, а скорее гомеостаз, хорошо сбалансированное и стабильное сообщество. И это наша защита от внешних микроорганизмов!