Первая эскадра под командованием Диогу Лопиша Сикейры достигла Кочина осенью 1508 года, как раз перед началом северо-восточных муссонов, что помешало ей продолжить плавание до весны. Но это произошло как раз в тот момент, когда Алмейда собирал все доступные силы для нападения на флот Красного моря у побережья Гуджарата, и, хотя Сикейра выполнял прямой приказ короля, вице-король воспользовался своей властью, как представителя короля на месте, чтобы привлечь его корабли для атаки. Они оказались весьма кстати и прекрасно проявили себя в сражении. Но когда флот Красного моря был уничтожен, Сикейра покинул индийские воды и с весенней переменой ветра в 1509 году отплыл в Малакку. По прибытии он был сначала принят местным султаном приветливо, но чуть позже ему пришлось пережить то же самое, что и Кабралу в Каликуте и по тем же причинам. Лишенные права заходить в порты Индостана, не подвергая себя величайшему риску, купцы с Красного моря продолжали вести высокодоходную торговлю с Малайским архипелагом и полуостровом Малакка. Они совершали океанский переход между Аденом и южной частью Суматры, обходя Индию южнее. Как и в Каликуте, мусульмане Малакки не обрадовались появлению конкурентов из Европы. Арабские торговцы сумели убедить невежественного султана, что белые пришельцы чрезвычайно опасны. Встревоженный султан приказал втайне организовать предательское нападение на большую группу португальцев, своих же гостей. Многие были убиты, некоторые попали в плен… Однако кое-кому удалось спастись и вернуться на суда. Сикейра сразу приказал поднимать якоря и покинул порт, взяв курс к родным берегам через Индию. Он поклялся рано или поздно отомстить. С тех пор отношения между португальцами и Малаккой только ухудшались, и в конце концов султан был вынужден бежать из собственных владений.
Вторая экспедиция под командованием Мендеса Васконселлоса вышла из Европы раньше, чем слухи о трагедии достигли Лиссабона. Как и первая, она прибыла в Кочин за припасами и лоцманами слишком поздно, чтобы следовать дальше до начала зимних муссонов. Как и в случае с Сикейрой, Васконселлос обнаружил, что его помощь нужна на месте, потому что Албукерки собирал корабли для второй атаки на Гоа. Эскадра приняла участие в сражении, и после взятия Гоа и весенней перемены ветра Васконселлос собрался продолжить плавание к Малакке. Однако к этому времени Албукерки было передано через дружественного индийского торговца письмо от одного из пленных португальских офицеров в Малакке. В нем содержалось предостережение: если планируется следующий заход в Малакку – или для спасения своих соотечественников, или как еще одна попытка начать торговлю, – флот должен быть очень мощным, иначе экспедиция закончится катастрофой. Прочитав это письмо, генерал-капитан пришел к выводу, что шести кораблей Васконселлоса недостаточно для демонстрации силы, и в изменившихся обстоятельствах не позволил ему продолжить выполнение своей миссии.
Албукерки еще не знал, что, когда новость о его повторном и окончательном взятии Гоа достигла Каира, египетский султан был настолько обескуражен, что отменил приказ о строительстве и оснащении в Суэце флота для новой атаки на португальцев. Вице-король Индии все еще оставался в убеждении, что должен как можно скорее направиться к Красному морю и уничтожить корень проблемы, хотя сезон попутных муссонов уже близился к концу. Албукерки уведомил Васконселлоса о том, что поскольку тот не может идти в Малакку, то должен присоединиться к экспедиции в Красное море. Однако дисциплина на всех флотах мира в XVI веке не отличалась строгостью, и Васконселлос поддался на уговоры капитанов своих кораблей проигнорировать этот приказ. Проявив вопиющее неповиновение, его корабли вышли из Гоа и в нижней гавани были настигнуты посланными вслед галерами, которые сбили мачты на корабле Васконселлоса. После этого Васконселлос приказал остальным вернуться, и эскадра снова бросила якоря. Всех капитанов арестовали, судили, лишили командных постов и подвергли разным срокам тюремного заключения в Гоа.