Но уничтожение мусульман в Гоа было неполным в одном очень важном аспекте. Не были убиты ни сам хан, ни его отборные солдаты, которых, как и при первой атаке португальцев, в городе не было. Они вели очередную военную кампанию внутри страны. Принимая во внимание высокую вероятность повторения успешной попытки хана вернуть свою столицу, Албукерки был вынужден провести самые тщательные приготовления, включая возведение постоянных фортификационных сооружений в стратегически важных точках, в том числе и в местах бродов. Им было суждено пройти испытание на прочность еще до конца года. Во главе города он поставил индийского правителя, наделив его всей полнотой административной власти в муниципальных делах, за исключением торговли и финансирования порта. Этим занимался португалец. Однако в случае войны оба чиновника должны были подчиняться португальскому коменданту гарнизона. Одновременно Албукерки сделал приготовления к переводу из Кочина в Гоа всех португальских служб, чтобы Гоа заменил Кочин в качестве столицы короля Мануэла и резиденции португальского правительства в Индии. Дворец хана был переделан в официальную резиденцию высшего представителя монарха.
Эта трансформация Гоа была внутренней, но внешне положение морского порта претерпело еще более фундаментальные изменения, когда за дело взялись португальцы. Расставив патрули, чтобы закрыть все прочие гавани юго-запада Индии для международной торговли, Албукерки вынудил приходящие в Индию суда заворачивать для разгрузки в Гоа. А чтобы обеспечить их обратными грузами, он создал торговую базу со всеми основными продуктами южных провинций Индостана. На ней работал португальский агент, выступая в роли посредника между индийскими производителями и иностранными покупателями, что приносило большой доход казне в Лиссабоне. Албукерки так грамотно решил торговые и финансовые вопросы на суше, что доходы от оккупации Гоа покрыли не только все военные и гражданские расходы, но и содержание блокирующих патрулей. Более того, чтобы переключить весь экспорт, шедший из Индии в Красное море, где португальское морское господство не было установлено, Албукерки не позволял судам плыть на запад из всех контролируемых портов, равно как и из Гоа, сделав исключение только для судов, направляющихся в Персидский залив. Это нанесло чувствительный удар купцам Каира и Мекки, а когда на более позднем этапе аналогичные правила были введены и на Малайском архипелаге, они были окончательно разорены. Одним из примечательных последствий абсолютного диктата над морской торговлей стала власть, которую получили португальцы над местными правителями, недосягаемыми для прямого нападения с моря. Дело в том, что португальцы получили возможность контролировать их импорт лошадей для нужд армии. Во всех местных армиях кавалерийская составляющая была велика, но, поскольку в Индии лошадей не разводили, кавалеристы ездили на арабских конях, выращенных в Сирии и Месопотамии. Каждый год их сотнями привозили из портов Персидского залива. Полностью контролируя движение торговых судов, португальцы имели возможность нормировать распределение лошадей между индийскими правителями по собственному усмотрению, что и делали с большой пользой для себя.
Сосредоточение всех торговых операций в одном месте необычайно возвысило Гоа. Этот город стал одним из самых богатых и известных на Востоке. Но это был насильственный рост, поддержание которого зависело от способности португальского флота осуществлять свое господство на морских торговых путях. Когда же в более поздний период главенствующее положение в Индийском океане заняла другая страна, Гоа утратил свою монополию и пришел в упадок так же быстро, как возвысился. А пока, к изрядному разочарованию Албукерки, он обнаружил, что король Мануэл вовсе не испытывает энтузиазма по поводу расширения своего королевства, что явствовало из послания, доставленного спустя десять месяцев. Не то чтобы он сомневался в больших потенциальных возможностях торговли в Индийском океане. Просто король опасался, что расходы на ее поддержание и защиту захваченного будут слишком велики и превысят доходы казны. Мнения советников Мануэла по этому поводу разделились. Одни придерживались теории Алмейды о том, что территориальные завоевании Португалии на Востоке должны быть сведены к минимуму. К такому мнению был склонен и сам Мануэл. В перспективе оказалось, что приверженцы этого мнения были правы, хотя и не по тем причинам, которые они приводили. Но другие выступали за территориальную экспансию, утверждая, что торговля следует за флагом, что, безусловно, было верным при власти и методах управления Албукерки, хотя не подтвердилось впоследствии для английских связей с Индией. Тогда первой была торговля, а флаг последовал за ней.