Хан не был склонен соглашаться на эти условия и не ответил, но для того, чтобы избежать ненужного риска, отложил нападение до прихода летних муссонов, которые закроют гавань и не позволят португальцам получить подкрепление. После этого он атаковал крупными силами, его тюрко-египетские подразделения перешли вброд реку, вытеснили португальцев на их суда и вернули себе территорию. Это был первый случай, когда азиаты предприняли наступление против европейцев, иными словами, важное событие в истории развития отношений между Востоком и Западом, и успех азиатов привлек даже больше внимания к нему, чем события в Каликуте. Португальцы оказались в сложном и весьма своеобразном положении. Ничего подобного в военно-морской истории еще не было. Они стали пленниками на своих кораблях, и, хотя флаги спущены не были, их со всех сторон окружали враги. Вряд ли они могли серьезно опасаться атаки на воде, но огонь с берега доставлял немало неприятных минут, да и риск остаться без воды и продовольствия был велик. Предстояло пережить четыре или даже пять самых жарких и влажных, то есть самых мучительных месяцев обычно комфортного климата на очень скромном рационе воды и соли, и без активной работы, способной отвлечь внимание от лишений. Первыми взбунтовались капитаны, которые стали утверждать, что отмель вполне проходима, несмотря на утверждения местных лоцманов. Недовольные были так настойчивы, что в минуту слабости и крайнего раздражения Албукерки позволил одному из них сделать попытку. В результате судно было полностью разрушено. Следующий сюрприз преподнесли противники, которые откуда-то приволокли в форт Панджим два дальнобойных орудия. Они стали обстреливать суда на нижней якорной стоянке, для которых не хватило места выше по реке. По неизвестной причине Албукерки не мог ответить своими тяжелыми орудиями. Можно предположить, что форт располагался слишком высоко, и не было возможности так сильно поднять дуло пушки. Однако ущерб становился слишком большим, и следовало что-то придумать. Адмирал лично возглавил нападение на форт на шлюпках, которое оказалось в высшей степени успешным. Португальцы убили артиллеристов и вывели из строя все орудия раньше, чем подоспело подкрепление из города. Поскольку вся тяжелая артиллерия хана была стянута в Панджим, это был важный успех, который поставил хана перед выбором: или досаждать противнику другими методами, или оставить его в покое. У местных рыбаков Албукерки узнал, что хан готовит брандеры и во время отлива пустит их дрейфовать к португальцам. Пришлось в целях обороны срочно готовить еще один превентивный рейд на пять миль вверх по реке, где стояли галеры. Его возглавил Норонха, который сначала встретил и уничтожил сторожевые суда противника, а через несколько часов добрался до верфи, где стояла флотилия хана, которую португальцы сожгли. Но и потери португальцев были высоки. Норонха был смертельно ранен.
А тем временем генерал-капитана начали беспокоить враги худшие, чем хан. Май, июнь и июль – самые нездоровые месяцы в году, и цинга, малярия и дизентерия скосили очень много людей. Албукерки стал всерьез опасаться, что выводить корабли в море будет попросту некому. Необходимо было добыть свежие продукты. Люди были деморализованы, что проявлялось в грубейших нарушениях дисциплины, за что Албукерки приказал повесить одного из капитанов, не обращая внимания на яростные протесты других. Ему удалось спасти ситуацию, организовав ряд ночных вылазок на мелкие острова в южном рукаве реки, которые не только стали волнующим занятием для офицеров и матросов, но и позволили захватить много скота и свежих овощей. Это позволило Албукерки обеспечить здоровье оставшихся членов команды до окончания сезона муссонов. В общем, спустя шесть месяцев после первого входа португальских кораблей в реку в конце августа им все же удалось, дважды потерпев неудачу при попытке преодолеть отмель, выйти в море и вернуться в Кочин.