Тем не менее, приняв решение, Албукерки начал действовать с присущей ему энергией и решительностью, и спустя день флот отплыл в Гоа, куда благополучно прибыл и бросил якоря за пределами отмели. Здесь заявили о себе первые проблемы. Ни один местный лоцман на португальских судах не мог провести их через отмель без ее тщательного исследования, которое было поручено Антонио Норонхе, способному молодому офицеру. Во время прилива Норонха пересек отмель на трех легких галерах, измеряя глубины и отмечая фарватер буйками, и, как ему и было приказано, вышел на глубоководье нижнего рейда у форта Панджим. Это было смелое предприятие, и не только потому, что он попал под огонь из форта. Дело в том, что внутренняя гавань скрыта от внешней изгибом реки, и оттуда в любой момент могли появиться вражеские корабли. Никто не появился, но когда Норонха подошел ближе, огонь из Панджима стал опасным, и возник вопрос, сможет ли он продвинуться дальше, не потеряв свои корабли. Однако, заметив, что огонь ведется только из одного или двух орудий, Норонха предположил, что на батарее не хватает артиллеристов, что соответствовало заверению Тимоджи об отсутствии войск в городе. Панджим располагался в четырех или пяти милях от города и был довольно-таки изолированным. Вдохновленный этими соображениями, Норонха имел дерзость высадиться с тридцатью людьми. Это было все, что он мог отправить на берег, не оставив корабли в беспомощном положении в случае внезапного появления противника. Португальцы не встретили никаких трудностей в подавлении горстки защитников и уничтожении орудий. Один из кораблей был отправлен к генерал-капитану, чтобы доложить об успехе, и в течение следующих сорока восьми часов весь португальский флот перешел через отмель и бросил якоря настолько близко к городу, насколько позволили глубины. На следующий день на борт прибыли представители местного населения из числа недовольных и доложили, что небольшой гарнизон, оставшийся в Гоа, ночью бежал. Албукерки тотчас приказал начать высадку, и очень скоро Гоа был захвачен для Португалии. Адмирал не потерял ни одного человека. Местное население ликовало.
Пока единственными препятствиями для португальцев были навигационные, и даже в преодолении их им повезло, поскольку там, где неизвестным мелям сопутствует энергичная оборона, гавань может оказаться неприступной. И Албукерки считал, что ему посчастливилось с такой легкостью обнаружить и обозначить глубоководный проход. Если бы корабли Норонхи были атакованы вражескими судами, которые португальцы обнаружили на верфях и у пристаней хана без команд, они бы, безусловно, отступили под давлением превосходящих сил, не завершив работу и не имея возможности ее возобновить, и тяжелые корабли так и остались бы по другую сторону мели. Отныне, как бы ни пошли дела, Албукерки, по крайней мере, знал, как войти в гавань и выйти из нее, а значит, мог думать о последующих шагах. Теперь проблема была военной. Он мог войти и занять гавань, но цель тем самым была достигнута только наполовину, а постоянное обладание захваченной территорией зависело от его возможности удержать броды на южной стороне. При этом в распоряжении Албукерки было всего лишь несколько сотен человек, а у хана – многотысячная армия.
Для нового хана, ведущего континентальную кампанию, новость о захвате Гоа стала полной неожиданностью. Он сомневался, что сумеет отобрать его у португальцев, и решил начать с переговоров, написав Албукерки письмо, в котором предложил другую гавань в обмен на Гоа. Вице-король отказался от этого предложения, но предложил восстановить местную власть хана, если тот признает верховную власть Мануэла и позволит португальцам использовать Гоа в качестве своей штаб-квартиры вместо Кочина. В качестве еще одного побуждающего мотива Албукерки обещал, что португальцы воспользуются своим господством на море, чтобы обеспечить для хана монополию на некоторые очень ценные импортные товары, которые прибывают в Индию, например лошадей из Персидского залива.