Исход этого предприятия – в некотором роде уникальный – является хорошим примером ограниченных возможностей флота, используемого для прямой атаки на позиции на суше. Веком позже Гоа – теперь португальской колонии – пришлось испытать силу флота, полностью разрушившего морской порт, даже не войдя в него. Но его захват был осуществлен военными методами, отличными от военно-морских. Броды позволяют противнику вторгнуться на эту изолированную территорию, не прибегая к водному транспорту. С географической точки зрения Гоа остров, и его изолированное положение облегчает оборону, когда ее подкрепляет господство на море, вынуждая атакующую армию использовать для подхода два узких коридора. Но сам факт возможности такого подхода лишает эту территорию характеристики острова, как с военной, так и с военно-морской точки зрения. По этой же причине и флот не мог ухудшить ситуацию для осаждающего противника, перерезав пути подвоза. Все это, безусловно, было бы указано Алмейдой, будь он жив, в качестве доказательства мудрости своей политики противодействия расширению португальских территорий в Индии. Даже Албукерки, возможно, оставил бы Гоа в покое впоследствии, будь это европейская крепость. Но теперь Португалии предстояло решить вопрос значительно более серьезный, чем проблема стратегической выгоды. После двойной неудачи в Каликуте и Гоа престиж европейцев оказался под угрозой уничтожения. Глубокое впечатление, произведенное на азиатов первыми победами белых людей, что в большой степени способствовало развитию торговли, теперь благополучно забылось. Следовало как можно скорее провести еще одну демонстрацию силы. В Каликуте португальцы не смогли захватить позиции, что было само по себе плохо, но в Гоа они не смогли позиции удержать, и это было еще хуже. Впервые в истории индийский правитель не только взял в свои руки инициативу против европейцев, но и заставил сдаться город, который находился в руках португальцев в течение двух месяцев. В такой ситуации даже Алмейда не мог бы не признать, что необходимо принятие немедленных и решительных мер, чтобы восстановить репутацию европейцев, на которой, собственно говоря, основывалось европейское присутствие на Востоке. До тех пор, пока Албукерки не вытеснили из Гоа, он считал, что обладание этой территорией имеет второстепенное значение по сравнению с другими планами. Но после столь жестокого унижения он больше ни о чем не мог думать, отодвинув все остальное на задний план.
Не самым последним из преимуществ, даваемых уверенным господством на море, является то, что, когда оно используется в качестве основы для нападения на береговые объекты, поражение не обязательно является окончательным, если нападающие хотят возобновить операции. Теперь, когда Албукерки знал все тонкости проводки судов по бухте, ничто не мешало ему вернуться и снова войти в реку, как только людские потери будут восполнены. И он действительно вернулся. К счастью для португальцев, когда потерпевшие поражение люди Албукерки вернулись в Кочин, здесь их уже ожидало сильное подкрепление. После выполнения необходимого ремонта, списания на берег больных и пополнения команд новыми людьми Албукерки в ноябре снова вышел в море и взял курс на Гоа. В его распоряжении было двадцать три корабля разных типов – караки, каравеллы и галеры. Адмирал был уверен: что бы ни случилось, он не попадет в ловушку летних муссонов, до начала которых еще пять месяцев. В реку он вошел легко, несмотря на то что защитники установили ряд подводных препятствий. Его флот продвигался вперед до тех пор, пока это позволяла глубина, а потом выслал вперед легкие суда, которые и подошли к городу. Хан не смог восстановить галеры, уничтоженные Норонхой, и ничего не мог противопоставить португальцам на воде. А поскольку и одна, и другая часть кораблей Албукерки постоянно находились в движении вверх-вниз по реке, хан даже примерно не знал, в какой точке ожидать нападения. Наконец, 25 ноября крупные силы португальцев высадились на берег в трех разных местах. Две колонны атаковали город, а третья вторглась в крепость, прибегнув к нехитрой уловке: европейцы атаковали сначала внешний форт, а потом последовали за отступающими защитниками в ворота, которые для них открыли. После десяти часов непрерывных боев португальцы основательно разгромили гарнизон. Когда же индусы поняли, что угнетавшие их мусульмане проигрывают, они присоединились к нападавшим, и последовала трехдневная жестокая резня мусульман. Следует отметить, что, когда христиане и мусульмане в XVI веке скрещивали мечи, ни одна из сторон не проявляла милосердия. А поскольку целью Албукерки было искоренение мусульман в Гоа, его люди не щадили ни стариков, ни женщин, ни детей, несмотря на протесты некоторых священников. В донесении королю адмирал сообщил, что с помощью индусов убито 6000 мусульман – мужчин, женщин и детей, и он надеется, что в Гоа их больше не осталось. К индусам он проявлял явное расположение и всячески старался помочь.