Федор Лихачев пробыл начальником Посольского приказа немногим больше года. При нем русская дипломатия продолжала работу по созданию русско-шведско-турецкой коалиции против Речи Посполитой. Первой важной акцией Посольского приказа под его руководством была отправка в январе 1631 года к шведскому королю Густаву II Адольфу посольства Племянникова и Аристова с извещением о готовности России открыть военные действия против Польши весной того же года. Впрочем, начало войны зависело от того, удастся ли договориться с Османской империей о совместном выступлении. С этой целью в Стамбул еще в мае 1630 года было направлено посольство Совина и Алфимова, но Порта, занятая войной с Персией, не торопилась с ответом. Московская дипломатия намеревалась также поднять против Речи Посполитой восстание Запорожского войска. Инициатива здесь принадлежала шведам; шведский эмиссар Барон, проезжая через Москву, поставил в известность о целях своей миссии царское правительство; тайные переговоры с ним вели боярин Шеин и Лихачев. Впрочем, думный дьяк был посвящен не во все тайны внешней политики. В марте 1631 года в Москву прибыл представитель Густава Адольфа Руссель, который устно изложил следующее предложение своего короля: московский государь вербует армию в Германии, которая официально будет состоять на его службе, и нанесет по Польше удар из Силезии. Лихачев не знал об этом проекте, переговоры Черкасский вел без его участия: "в Посольском приказе ни о чем не ведомо, потому что Яков Руссель приехал с великим и тайным делом". Только в мае Федора Федоровича посвятили в этот замысел. Тогда приехал шведский посол Мониер, вручивший королевское предложение Михаилу Федоровичу в запечатанном виде. Содержание этих предложений было известно Лихачеву, он участвовал в их рассмотрении и в составлении царского ответа, текст которого хранился у него "в тайном посольском столпу". Больше никто из служащих Посольского приказа не знал об этих планах.
В январе 1632 года в Москве был установлен новый срок начала войны с Польшей - лето того же года. Русско-шведские переговоры вызвали озабоченность Дании - союзницы Польши и противницы Швеции. Датский король Кристиан IV предпринял шаги, чтобы воспрепятствовать сближению России со Швецией. С этой целью он предложил Михаилу Федоровичу свой союз. Прежде чем дать ответ, Посольский приказ проконсультировался со шведским королем и просил его прислать в Копенгаген на переговоры своего представителя. В Данию было направлено посольство Коробьина и Баклановского. Русское правительство выражало готовность заключить такой союз лишь в том случае, если к нему присоединится Швеция. Это условие, заведомо неприемлемое, было оговорено со шведами. Наказ, составленный под руководством Лихачева в декабре 1631 года, строго предписывал посланникам "править посольство" лишь в том случае, если датчане согласятся в документах ставить титул московского государя перед титулом своего короля. Этим создавался повод для срыва переговоров, в благоприятном исходе которых Россия не была заинтересована.
25 декабря 1631 г. Федор Лихачев был смещен с поста судьи Посольского приказа и разделил участь своих предшественников Грамотина и Телепнева - его лишили думного чина и отправили в ссылку. Чем он прогневил государя, неизвестно. Скорее всего, разногласия были в вопросах внешней политики. Государь взял курс на скорейшее развязывание войны с Польшей, не дожидаясь истечения срока Деулинского перемирия, прежде чем будет окончательно решен вопрос о союзе со Швецией и Турцией. К своей цели он шел напролом, не считаясь с сомнениями осторожных. Вероятнее всего, думный дьяк разделял эти сомнения и пытался противодействовать линии патриарха, что и послужило причиной его отставки. Примечательно, что новый думный дьяк Посольского приказа - им стал Грязев - был назначен только 1 октября 1632 г. Один за другим три посольских думных дьяка не оправдали надежд правителя и этим навлекли на себя опалу. Теперь на длительное время государь оставил ведомство внешних сношений без руководителя, чтобы облегчить себе непосредственное руководство дипломатией и не встречать препятствия своим планам.