6 июля 1918 г. левый эсер — сотрудник ВЧК Яков Блюмкин убил в Москве германского посла Мирбаха, что послужило сигналом к воодушевленному поддержкой левых коммунистов левоэсеровскому мятежу. В Москве, Ярославле, Рыбинске, Коврове и других городах начались восстания. Волнения большевики подавили, но левые эсеры не выдали своих тайных союзников — левых коммунистов и их вождя Бухарина. (В 1938 г. на суде над Бухариным были допрошены в качестве свидетелей члены ЦК тогдашней партии левых эсеров Камков и Карелин и соратник подсудимого по фракции левых коммунистов Осинский. Они показали, что Бухарин в 1918 г. требовал от левых эсэров «предпринять прямое действие, не останавливаясь перед физическим уничтожением Ленина, Сталина и Свердлова».)
10 июля 1918 г. в поддержку своих соратников попытался поднять восстание против большевиков командующий Восточным фронтом левый эсер Муравьев, прославившийся своей жестокостью на Украине в начале 1918 г. Но его со всем штабом под предлогом переговоров заманили в ловушку и убили.
10 июля 1918 г. на V Всероссийском съезде Советов большевики, несмотря на противодействие левых эсеров, находившихся в меньшинстве, приняли первую Советскую конституцию, закрепив в ней идеологические принципы нового режима. Основной его задачей было «установление диктатуры городского и сельского пролетариата, беднейшего крестьянства в форме могучей Всероссийской Советской государственной власти с целью полного сокрушения буржуазии». Рабочие могли послать от равного числа избирателей в 5 раз больше делегатов, чем крестьяне (городская и сельская буржуазия, помещики, чиновники и духовенство по-прежнему не имели избирательных прав при выборах в Советы). Будучи представителями интересов прежде всего крестьянства и являясь принципиальными противниками диктатуры пролетариата, левые эсеры перешли к активным действиям.
Параллельно с созданием органов военной разведки и контрразведки в армии и на флоте шла организация чрезвычайных органов по борьбе с контрреволюцией, находившихся в ведении ВЧК. Начало их формированию положило постановление Совнаркома от 16 июля 1918 г. «Об организации Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте». По мере расширения масштабов боевых действий, создания новых фронтов и армий создавались новые фронтовые и армейские ЧК, одновременно расширялись их функции и права. Они занимались предварительным расследованием, пресечением «контрреволюционной деятельности», преданием виновных суду военного трибунала. Им были предоставлены чрезвычайные полномочия: возможность применять в отношении «злостных врагов Советской власти» внесудебные репрессии вплоть до расстрела на месте преступления, изолировать «классово враждебные элементы» в местах лишения свободы, то есть в концентрационных лагерях.
В ночь с 16 на 17 июля 1918 г. в Екатеринбурге большевики без суда расстреляли бывшего российского императора Н.А. Романова, его жену и пятерых детей. Один из зарубежных историков сравнил такое действо новой власти с неписаным кодексом поведения пиратов: «Пока жив капитан, судно не считается захваченным».
18 июля 1918 г. большевиками расстреляны алапаевские мученики (члены дома Романовых и близкие к ним люди).
Приступило к практической работе разведотделение оперативного отдела Высшего военного совета.
В конце июля прекратила свою деятельность французская военная миссия в Москве.
Август 1918 года
В августе 1918 г., в условиях Гражданской войны и экономической разрухи, Ленин написал «Письмо к американским рабочим», в котором призывал их помочь в создании экономической базы нового рабочего государства, поскольку экономический кризис так глубок, что своими силами восстановить разрушенное хозяйство без оборудования и технической помощи из-за границы Россия не сможет. «Преданные делу, энергичные передовые рабочие Америки пойдут во главе всех рабочих из ряда промышленных стран, несущих Советской России свои технические знания, свою решимость пойти на лишения ради помощи рабоче-крестьянской республике для восстановления ее хозяйства».
В ответ группа американских рабочих во главе с Себальдом Рутгерсом и Биллом Хейвудом обратилась к советскому правительству с предложением создать колонию иностранных рабочих и специалистов в Кузбассе.
19 августа 1918 г. Советом народных комиссаров издан декрет «Об объединении всех вооруженных сил Республики в ведение Народного Комиссариата по военным делам».
30 августа 1918 г. эсеркой Фанни Каплан совершено покушение на В.П. Ленина; вождю нанесено тяжелое ранение. Левыми эсерами убит председатель Петроградской ЧК М.С. Урицкий. (В 1938 г. во время суда над Бухариным выяснилось, что подсудимый являлся одним из заказчиков покушения на вождя революции.)
Сентябрь 1918 года
2 сентября 1918 г. создается единый коллегиальный орган советской высшей военной власти — Революционный Военный Совет Республики (РВСР) во главе с его председателем Троцким. К РВСР перешли функции военной разведки.