5 сентября 1918 г. Совнарком РСФСР принял постановление «О красном терроре» большевиков — массовых репрессиях политических противников. За одну только ночь в Москве и Петрограде были убиты 2200 человек.
В петроградской «Красной газете» публикуется статья под заголовком «Ответ на белый террор». В ней говорится, что старое офицерство не очень многочисленно и если оно не бросит своих безумных попыток вернуть свои привилегии и царя, то такие военные, за исключением тех отдельных честных из их среды, которые смирились с реалиями, поголовно будут уничтожены.
Министр внутренних дел Григорий Петровский разослал местным органам власти циркулярную телеграмму, предписывающую всем Советам немедленно произвести арест представителей офицерства и держать их в качестве заложников.
6 сентября 1918 г. приказом РВСР № 1/1 штаб упраздненного Высшего военного совета преобразован в Штаб Реввоенсовета Республики.
8 сентября 1918 г. образовано Бюро ЦК РКП(б) по заграничной работе.
Из доклада начальника Оперативного управления ВГШ С.А. Кузнецова и временно исполняющего должность (врид) начальника ВСО А.В. Станиславского в Коллегию народных комиссаров по военным делам от 9 сентября 1918 г.: «В связи с заключением Брестского мирного договора агентурная разведка постепенно замерла и, в каком положении были оставлены к моменту ее ликвидации существующие в момент войны агентурные организации, Всероссийский Главный Штаб никаких сведений не имеет. Сейчас обстановка настойчиво требует восстановления деятельности негласной военной агентуры за границей, и Всероссийский Главный Штаб при соответствующих условиях рискует стать перед задачей налаживать заново ту работу, которая во время войны потребовала больших трудов и больших денег, прежде чем удалось добиться от нее положительных результатов. На западе в военное время руководящие по разведке центры находились: в Швеции, Дании, Голландии, Швейцарии, Франции и Румынии, причем работа центров велась под наблюдением и указанием наших военных представителей за границей. В настоящее время все эти представители считаются уволенными от службы и заместителей им, кроме Швеции (с июля военным агентом в Швеции был Т.М. Стремберг, но донесений от него не поступало) и Германии, пока не назначено. Между тем безотлагательное назначение если не всех, то хотя бы некоторых новых представителей за границей в те государства, где назначение их допускается общей политической обстановкой, безусловно, позволило бы использовать плоды трудов военного времени, путем привлечения на службу опытного личного состава прежней негласной агентуры, работавшей у уволенных ныне агентов».
С 9 по 11 сентября 1918 г. сделан очередной шаг в борьбе за единоначалие в разведке.
По инициативе Всероглавштаба состоялось совещание начальников разведывательных отделений ВГШ, ВВС, Оперода, Орловского, Московского и Ярославского военных округов, а также штабов войсковой «завесы». На нем подвели первые итоги организации агентурной разведки Красной армии на Западе, которые отразили ее плачевное состояние. Как оказалось, штабы Ярославского и Московского военных округов еще и не приступали к разведке. Более того, в них даже еще не сформировали разведывательных отделений. В штабе Орловского военного округа дело продвинулось несколько дальше, разведотделение было создано и даже имело на руководстве две резидентуры — в Харькове и Гкатеринославе. Процесс формирования разведывательных органов и штабов войсковой «завесы» тоже находился в зачаточном состоянии. Однако в ее интересах действовало 6 резидентур и 14 отдельных агентов, отслеживающих обстановку в южной части Финляндии, Эстонии и Латвии и контролирующих воинские перевозки противника по важнейшим железнодорожным магистралям: Рига — Двинск — Витебск — Смоленск; Варшава — Вильно — Двинск — Псков. Нельзя сказать, что это были агенты высокого качества, но они, по крайней мере, были.
Разведывательное отделение Оперода Наркомвоена имело 34 резидентуры, агентурную группу в составе шести агентов и двух агентов-маршрутников. Большинство их состава работало на территории, оккупированной германскими войсками, и преимущественно в городах.
Таким образом, на сентябрь 1918 г. агентурная сеть военной разведки состояла из резидентур (во главе с резидентами и помощниками резидентов; в резидентуры могли входить агентурные группы и отдельные агенты без горизонтальной связи между ними), агентурных групп и отдельных агентов.