В начале 1989 года в канун вывода войск, уже будучи тяжело и неизлечимо больным, он нашёл в себе силы совместно с заместителем председателя КГБ СССР – начальником Главного управления пограничных войск КГБ СССР генералом армии Матросовым В. А. облететь на вертолётах пограничной авиации все дислоцирующиеся на советско-афганской границе погранотряды и Особые отделы КГБ СССР по Среднеазиатскому и Восточному пограничным округам, внимательно и терпеливо беседовать с каждым начальником Особого отдела.
Уровень подготовки военных контрразведчиков, степень их концентрации на выполнение задач на финальной фазе трансграничной операции оказались настолько высоки, что им не пришлось выслушать от начальника 3 Главного управления КГБ СССР ни одного замечания о недостатках или упущенных проблемах обеспечения безопасности пограничных войск.
Последовали только указания: не допустить проникновения агентуры противника на советскую территорию «на плечах» выводимых из-за границы войск, сохранить наработанные информационные позиции на сопредельной территории, обеспечив их надёжными средствами связи на длительный период, любой ценой исключить или минимизировать потери личного состава на маршрутах выдвижения к границе.
Особое отношение В. С. Сергеева к контрразведке по пограничным войскам осталось и после вывода войск из Афганистана. Он в значительной степени способствовал поощрению руководителей и оперативного состава правительственными и ведомственными наградами, продвижению по службе или переводу сотрудников из Средней Азии в более щадящие климатические условия.
Кроме того, он добился приоритетного рассмотрения вопроса о совершенствовании контрразведывательной деятельности органов военной контрразведки в пограничных войсках на Коллегии КГБ СССР в апреле 1989 года, где своим авторитетом, компетентностью и настойчивостью сумел снять преднамеренно созданные со стороны одного из заместителей председателя Комитета искусственные препоны и надуманные противоречия, добившись общей положительной оценки деятельности всех без исключения Особых отделов КГБ СССР на государственной границе и санкции высшего руководства Комитета госбезопасности на расширение их оперативных возможностей.
В ноябре 1985 года 8 отдел 3 Главного управления КГБ СССР возглавил генерал-майор Юрий Александрович Калганов. В январе 1987 года он сменил И. А. Ермолаева в должности заместителя начальника Главка, оставаясь на этом посту до сентября 1991 года.
До перевода в центральный аппарат Ю. А. Калганов получил колоссальный опыт руководящей работы в особых отделах по пограничным войскам, начав её в середине 1950-х годов в Закавказском пограничном округе, где последовательно прошёл путь от оперуполномоченного до начальника особого отдела по пограничному отряду. С 1974 года – заместитель начальника Особого отдела КГБ СССР по Дальневосточному пограничному округу, с 1978 года – начальник Особого отдела КГБ СССР по Забайкальскому, а с 1981 года – по Тихоокеанскому пограничным округам.
За десятилетия пребывания на руководящих должностях путём повседневной самостоятельной работы по качественному совершенствованию, прежде всего, персонально своего оперативно-чекистского мастерства, Ю. А. Калганов сумел выработать присущий только ему специфический стиль организационно-управленческой деятельности, характеризующийся подавляющим интеллектом, жёсткой требовательностью, поощрением инициативы снизу, непрерывным повышением компетентности, непревзойдённой трудоспособностью и усидчивостью, высочайшей исполнительской дисциплиной, запредельной интенсивностью оперативной работы, умением мотивировать подчинённых на достижение конечных конкретных результатов и «выжимать» из них всё возможное и невозможное на пределе человеческих сил.
Приобретя с годами масштабность мышления, он в тоже время не утратил детального знания специфики оперативно-служебной деятельности войск, обращая первоочередное внимания на мониторинг каналов агентурного проникновения спецслужб противника в войска: по линии закордонной работы пограничной разведки, погранпредставительских встреч, нарушителей госграницы и в пунктах пропуска лиц и грузов через государственную границу.
Был великолепным оратором, готовящим доклады, в том числе и экспромты, тщательно и придирчиво, не стесняясь при этом регулярно использовать подчинённых в качестве спичрайтеров. Свои выступления на оперативных совещаниях в центральном аппарате или органах на местах завершал, как правило, словами: «Вы в большом долгу перед Комитетом государственной безопасности, товарищи».