В начале 1987 года У. Кейси был вынужден уйти в отставку по болезни. На этом завершилась так называемая эпоха Кейси, которую с точки зрения влияния ЦРУ на все аспекты внутри- и внешнеполитической жизни страны исследователи спецслужб США небезосновательно сравнивают с «эпохой Даллеса» 50-х годов. Именно при Кейси, пользовавшемся непререкаемым авторитетом у президента, численный состав ЦРУ удвоился, а бюджет управления вырос до беспрецедентных размеров [3, с. 426]. С целью избежать разоблачений работы разведчиков и излишних утечек информации о работе управления Рейган был вынужден поставить во главе Центральной разведки пунктуального и сдержанного Уильяма Уэбстера, до этого в течение девяти лет возглавлявшего ФБР. Искушенный в работе «разоблачителей» Уэбстер в целом справился с этой задачей, хотя под давлением некоторых влиятельных законодателей, недовольных чрезмерной самостоятельностью оставшихся в ЦРУ соратников Кейси, новому руководителю управления пришлось уволить некоторых из них.
На внешнеполитической арене ЦРУ продолжило обозначенный ему администрацией курс, направленный на всестороннее противоборство с СССР. При этом по-прежнему основной болевой точкой в этой борьбе оставался Афганистан. Операции ЦРУ в данной стране превратились в мощную военную программу с бюджетом в 700 млн долларов, что составляло приблизительно до 80 % всего зарубежного бюджета тайных операций. При этом финансовые средства, выделенные на борьбу с Советами, распределялись в определенной пропорции между сотрудниками управления и представителями американской военной разведки, задействованными в большинстве диверсионных операций в странах региона в целом. В данном плане показательным является факт формального выделения значительных средств на так называемый электронный шпионаж с привлечением разведывательных спутников для слежения за советскими вооруженными силами. Эти средства проходили по секретным статьям расходов ЦРУ, но фактически контролировались и применялись соответствующими структурами военной разведки. Именно в этом в обозначенный период заключалась специфика тесного взаимодействия обоих ведущих членов Разведывательного сообщества США — гражданской и военной разведок.
20 января 1989 года представитель Республиканской партии Джордж Буш-старший был приведен к присяге в качестве нового президента США. Данный факт с энтузиазмом был встречен не только в ЦРУ, но и во всех организациях, входивших в Разведывательное сообщество страны. В истории США Буш был единственным верховным главнокомандующим вооруженными силами, который досконально знал все нюансы работы национальных разведывательных ведомств.
Новый президент с уважением относился к директору ЦРУ, но, имея опыт работы в этой организации, зачастую пренебрегал сложившейся практикой доклада информации по той или иной проблеме, поступающей для обобщения в аналитические структуры ЦРУ от членов Разведсообщества, и напрямую сам анализировал сырую информацию либо вызывал на беседу резидентов тех или иных представительств разведки. В целом ряде случаев такая практика оказывалась эффективной и приносила относительно быстрый результат. В качестве примера следует привести операцию американской разведки по свержению в 1989 году оказавшегося неугодным Вашингтону лидера Панамы генерала Норьеги. Причем вынужденное непосредственное вмешательство Буша в осуществление данной операции впервые привело к постановке вопроса о замене директора ЦРУ Уэбстера как утратившего необходимый контакт с исполнителями акции. Во многом этому способствовало и негативное мнение военных в лице министра обороны Дика Чейни и подчиненной ему военной разведки относительно деловых качеств руководства ЦРУ в решении чувствительных проблем, таких, например, как прямое военное вмешательство США в дела суверенных государств.
Оказавшееся неожиданным для Вашингтона вторжение иракских войск в Кувейт летом 1990 года стало очередным поводом для созревшего у президента Буша решения о чистке ЦРУ. Помимо этого МО США уже в открытой форме предъявило серьезные претензии к ЦРУ, соответствующие структуры которого, в частности, оказались не в состоянии выдать точное целеуказание для американской авиации, в результате чего в первой фазе военных действий в январе 1991 года ВВС США допустили ряд оплошностей и наносили удары по второстепенным, в том числе гражданским целям. В результате американский командующий операцией «Буря в пустыне» генерал Норманн Шварцкопф официально отказался от помощи ЦРУ и целиком перешел на содействие военной разведки в обеспечении военных действий. Это касалось в том числе и неудовлетворительной работы гражданских разведчиков по расшифровке снимков, полученных с разведывательных спутников. Данный факт явился одной из причин, приведших уже после окончания войны в Заливе к формированию в рамках ЦРУ специального так называемого военного управления, которое должно было подыгрывать Пентагону и выполнять вторичную роль разведобеспечения в предстоящих боестолкновениях [3, с. 441].