А 29 апреля 1918 года
, в тот самый день, когда черноморцы присягали Украине в Севастополе, немцы в Киеве разогнали Центральную Раду и на смену УНР пришла гетманская Украинская держава. 1 мая 1918 года немцы с музыкой вошли в Севастополь. В порту они немедленно расставили караулы, на кораблях подняли свои флаги, а экипажи пусть и временно, но объявили пленными. Правда, немцы постепенно возвратили украинскому командованию все военные корабли Черноморского флота. Начинал функционировать украинский военно-морской флот. Сложнее была ситуация с базой флота – Севастополем. Ведь подавляющее большинство сил Украинского Черноморского флота было размещено за пределами Украины. Немцы в Крыму образовали Краевое правительство во главе с генералом Сулькевичем, который 25 июня 1918 года прямо провозгласил создание в Крыму независимого государства. Гетман Скоропадский ввел экономическую блокаду Крыма, поставляя питьевую воду и продовольствие только немецким войскам.Но революция в Германии и широкое народное восстание против гетмана в Украине прекратили существование обоих правительств
. В Крыму на смену Сулькевичу в ноябре 1918 года пришло проантантовское правительство, объявившее Крым составляющей «единой и неделимой», в Киеве же была возобновлена УНР и установлена власть Директории. В середине ноября 1918 года, после капитуляции Турции, в Черное море вошла морская армада Антанты. В конце ноября союзники захватили и Новороссийск, и Севастополь. Украинский военно-морской флот, разваленный русской агитацией (как белых, так и красных), не смог противостоять Антанте. Более того, его командующий контр-адмирал Ключковский приказал поднять на кораблях российский андреевский флаг, надеясь, что англичане, французы, итальянцы и греки не тронут «союзников». Но интервенты захватили все украинские военные корабли и поделили их между собой как военную добычу. Только один линкор – «Воля», крейсер «Кагул», несколько эсминцев, канонерок и сторожевиков передали генералу Деникину с тем, чтобы он мог частично возродить морскую мощь Российской империи на Черном море.Весной 1919 года большевики захватили Херсон, Николаев, Одессу и Крым.
В мае, после двух недель подводных работ они подняли со дна Севастопольской бухты линкор «Императрица Мария» и отбуксировали его в николаевский док. Там же, в Николаеве, срочно достраивали крейсер «Гетман Богдан Хмельницкий», линкор «Соборная Украина», ряд миноносцев. Но воспользоваться всем этим большевики не успели. Вследствие наступления Добровольческой армии генерала Деникина летом 1919 года весь юг (как и восток) Украины, в том числе и Крым, был захвачен белогвардейцами. На севастопольский рейд возвратился линкор «Воля», который теперь уже назывался «Генерал Алексеев», и крейсер «Кагул», переименованный белогвардейцами в «Генерала Корнилова».Однако на подступах к Москве осенью-зимой 1919 года большевики нанесли сокрушительное поражение деникинским вооруженным силам юга России
. Сам Деникин подал в отставку и в апреле 1920 года отправился в Константинополь на британском дредноуте «Мальборо». Преемник Деникина Врангель пытался удержаться в Крыму и на юге Украины не в последнюю очередь за счет флота – у большевиков тогда на Черном и Азовском морях совершено не было боевых кораблей. На многие небольшие корабли Врангель направил экипажи из офицеров-добровольцев. Он не доверял мобилизованным матросам-черноморцам Первой мировой войны. И вполне справедливо. Когда по приказу Врангеля кое-как достроенный крейсер «Гетман Богдан Хмельницкий» отправился из Одессы в Севастополь, команда преднамеренно посадила его на мель. По окончании Гражданской войны его оттуда сняли и отремонтировали. Крейсер получил имя «Червона Украина» и погиб при обороне Севастополя 12 ноября 1941 года. Аналогичной была участь современнейшего в то время миноносца «Незаможник», который команда тоже посадила на мель. В 1922 году его оттуда сняли, и вместе с «Червоной Украиной» он стал зародышем нового, уже советского Черноморского флота.