Отношения Военно-Морских Флотов России и США всецело зависят от того, как развиваются общегосударственные российско-американские отношения. Но эти отношения во втором десятилетии XXI века стали ухудшаться и в настоящее время находятся в глубоком кризисе. Поэтому и современные отношения Военно-Морских Флотов России и США находятся тоже в крайне негативном состоянии.
Как разрушались российско-американские отношения в начале XXI века:
* С конца 1980-х между США и СССР, а с 1991 года между США и Россией, установились партнёрские и дружественные отношения.
* Эти отношения стали заметно ухудшаться с весны 1999 года вследствие военной кампании НАТО против Югославии.
* К основным проблемным вопросам между РФ и США в начале 2000-х гг. относились: помощь России Ирану в осуществлении ядерной программы, энергобезопасность, ситуация в Грузии, Украине и Палестине, а также развёртываемая Соединёнными Штатами в Европе система противоракетной обороны (ПРО). В целях развития демократического общества США финансировали российские неправительственные организации и движения.
* 13 июня 2002 года США денонсировали договор по ПРО от 1972 года, мотивируя это необходимостью защиты от «стран-изгоев». Шаг был расценён Москвой как дестабилизирующий фактор глобального значения
* В начале 2003 года Россия совместно с Францией и Германией возглавили лагерь несогласных с вторжением США в Ирак
* В конце 2004 года в российско-американских отношениях наступило похолодание, связанное с событиями на Украине («Оранжевая революция»).
* 4 мая 2006 года вице-президент США Ричард Чейни, находясь в Вильнюсе, произнёс речь, где жестко заявил, что США не устраивает «использование Россией своих минеральных ресурсов в качестве внешнеполитического оружия давления, нарушение в России прав человека и деструктивные действия России на международной арене».
* Отказ России от прекращения военного сотрудничества с Ираном, Сирией, КНДР и другими государствами, «вызывающими тревогу» у США, приводит к постоянным российско-американским конфликтам в Совете Безопасности ООН
* В начале 2007 года между США и РФ с новой силой разгорелся конфликт по поводу намерения США разместить в Польше и Чехии элементы своей системы ПРО.
* 8 февраля 2007 министр обороны США Роберт Гейтс заявил, что «Соединённым Штатам Америки следовало бы быть готовыми к возможному вооружённому конфликту с Россией».
* В свою очередь, на Мюнхенской конференции по безопасности 10 февраля 2007 Владимир Путин с жёсткой критикой обрушился на внешнюю политику США. Главнокомандующий РВСН РФ заявил, что в случае, если элементы ПРО США всё-таки будут размещены в Восточной Европе, Россия может денонсировать Договор о ликвидации ракет средней и меньшей дальности.
* 14 июля 2007 года президент России Владимир Путин подписал Указ «О приостановлении Российской Федерацией действия Договора об обычных вооружениях в Европе и связанных с ним международных договоров». Наблюдатели полагают, что это решение стало первым шагом российского руководства в сторону коренного изменения военно-политической обстановки на европейском континенте, складывающейся с начала 1990-х годов не в пользу России.
* В августе 2008 года новый виток противостоянию России и США дало вторжение грузинских войск в Южную Осетию. Российские войска очистили территорию почти полностью захваченной непризнанной республики от грузинской армии и в течение нескольких дней продолжали бомбардировки военных объектов на всей территории Грузии, после чего Россия официально признала Южную Осетию и Абхазию независимыми государствами. Под вопросом оказалось дальнейшее существование Совета Россия-НАТО
* В 2012 году велась подготовка к визиту президента США Барака Обамы в Россию, однако его встреча с В. В. Путиным была отменена.
* В 2013 году как темы разногласий между РФ и США выделяются ситуация в Сирии и КНДР, противоракетная оборона, положение некоммерческих организаций в России, «Закон Магнитского» и «Закон Димы Яковлева».
* Новый этап напряжения между странами начался из-за событий на Украине и присоединения Крыма к Российской Федерации в 2014 году.
*
В июне 2015 года ещё больше повысился градус напряжённости между странами, в связи с планами США разместить в Восточной Европе танки, БТРы, реактивную артиллерию и другое тяжёлое вооружение. В России назвали этот шаг «самым агрессивным шагом со времен холодной войны».*. 7 ноября 2015 года министр обороны США Эштон Картер объявил о мерах по сдерживанию «российской агрессии». В числе планируемых мер министр назвал модернизацию ядерного оружия, развитие беспилотной авиации и стратегических бомбардировщиков, развитие систем лазерного и рельсотронного оружия, а также новых систем вооружений.